More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_00020 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
378 aa  749    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60 
 
 
376 aa  441  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  58.4 
 
 
376 aa  429  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  59.68 
 
 
383 aa  419  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.14 
 
 
377 aa  419  1e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.56 
 
 
378 aa  419  1e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.67 
 
 
376 aa  414  1e-114  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  54.67 
 
 
374 aa  408  1.0000000000000001e-112  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  53.6 
 
 
374 aa  400  9.999999999999999e-111  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.52 
 
 
374 aa  394  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.52 
 
 
374 aa  392  1e-108  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.7 
 
 
375 aa  389  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.98 
 
 
408 aa  383  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.23 
 
 
396 aa  378  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.74 
 
 
379 aa  379  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  51.99 
 
 
379 aa  376  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.72 
 
 
380 aa  369  1e-101  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.19 
 
 
378 aa  363  4e-99  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  52.79 
 
 
377 aa  354  2e-96  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.05 
 
 
377 aa  346  4e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  46.42 
 
 
402 aa  336  5e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.87 
 
 
388 aa  334  1e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  47 
 
 
384 aa  333  4e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.04 
 
 
387 aa  332  5e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.12 
 
 
378 aa  328  9e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  47.11 
 
 
379 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  43.3 
 
 
396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.51 
 
 
386 aa  325  9e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  46.4 
 
 
365 aa  323  4e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  48.71 
 
 
386 aa  321  9.999999999999999e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.89 
 
 
380 aa  322  9.999999999999999e-87  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.93 
 
 
408 aa  318  7e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.59 
 
 
398 aa  317  2e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  44.07 
 
 
398 aa  313  3.9999999999999997e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  42.89 
 
 
402 aa  310  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.67 
 
 
398 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.67 
 
 
398 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  43.67 
 
 
398 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  48.04 
 
 
379 aa  306  4.0000000000000004e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  39.47 
 
 
374 aa  303  5.000000000000001e-81  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  41.87 
 
 
374 aa  301  1e-80  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  44.65 
 
 
364 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  38.39 
 
 
404 aa  226  4e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  35.42 
 
 
433 aa  206  6e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.85 
 
 
375 aa  166  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.89 
 
 
369 aa  159  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.51 
 
 
365 aa  159  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.71 
 
 
380 aa  152  1e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  27.63 
 
 
366 aa  150  3e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.97 
 
 
365 aa  146  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 
381 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.13 
 
 
379 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  28.13 
 
 
379 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.11 
 
 
366 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.11 
 
 
366 aa  145  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.13 
 
 
379 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  28.13 
 
 
379 aa  143  5e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.03 
 
 
385 aa  143  5e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.13 
 
 
379 aa  143  5e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.17 
 
 
381 aa  142  7e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 
379 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  27.89 
 
 
381 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.89 
 
 
381 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.88 
 
 
379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  26.67 
 
 
385 aa  140  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.52 
 
 
378 aa  140  3.9999999999999997e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  25.93 
 
 
367 aa  139  6e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.58 
 
 
378 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0002  DNA polymerase sliding clamp subunit  26.04 
 
 
376 aa  139  1e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000188302  unclonable  1.4129e-28 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.44 
 
 
385 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.52 
 
 
385 aa  135  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.74 
 
 
378 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  26.85 
 
 
386 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  26.72 
 
 
366 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.64 
 
 
385 aa  133  5e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  29.13 
 
 
367 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.01 
 
 
367 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.13 
 
 
367 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  26.61 
 
 
376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  25.64 
 
 
385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  29.4 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.6 
 
 
386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.13 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.66 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.87 
 
 
367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.66 
 
 
367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.15 
 
 
397 aa  129  8.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.4 
 
 
367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.4 
 
 
369 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  29.43 
 
 
367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.46 
 
 
365 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.08 
 
 
390 aa  126  5e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  26.05 
 
 
366 aa  126  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  24.27 
 
 
367 aa  125  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 
366 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.53 
 
 
388 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.26 
 
 
366 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.26 
 
 
366 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 
366 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>