More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4478 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4478  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
652 aa  1256    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0359873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0433  putative PAS/PAC sensor protein  53.87 
 
 
627 aa  288  1e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.546697  normal  0.0890628 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4019  putative PAS/PAC sensor protein  51.64 
 
 
614 aa  270  5e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0750  putative PAS/PAC sensor protein  52.56 
 
 
546 aa  266  7e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.0245877 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0227  putative PAS/PAC sensor protein  49.01 
 
 
607 aa  234  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.456595  hitchhiker  0.00174766 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4640  putative PAS/PAC sensor protein  49.82 
 
 
427 aa  228  3e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.74459  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4988  putative PAS/PAC sensor protein  49.02 
 
 
866 aa  227  5.0000000000000005e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.952168  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  49.02 
 
 
865 aa  224  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1571  putative PAS/PAC sensor protein  44.81 
 
 
562 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4347  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  47.64 
 
 
576 aa  213  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2239  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  45.79 
 
 
553 aa  212  2e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0086  putative PAS/PAC sensor protein  45.13 
 
 
685 aa  209  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.65346  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13090  Stage II sporulation protein E (SpoIIE)  40.87 
 
 
576 aa  207  3e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2009  putative PAS/PAC sensor protein  45.4 
 
 
932 aa  205  2e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240269  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0947  putative PAS/PAC sensor protein  48.21 
 
 
956 aa  205  2e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.360212  normal  0.074138 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06030  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  40.64 
 
 
567 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.486099  normal  0.150997 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4485  putative PAS/PAC sensor protein  46.31 
 
 
547 aa  196  8.000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.110526  normal  0.135585 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4996  putative PAS/PAC sensor protein  43.66 
 
 
572 aa  196  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3278  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  44.4 
 
 
775 aa  192  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.771244  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0401  putative PAS/PAC sensor protein  44.03 
 
 
544 aa  189  1e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00113041  normal  0.0129071 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1588  putative PAS/PAC sensor protein  40.3 
 
 
607 aa  187  4e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.127314 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2025  putative PAS/PAC sensor protein  48.01 
 
 
930 aa  187  4e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.76545  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1895  putative PAS/PAC sensor protein  39.22 
 
 
574 aa  187  5e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.757129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  46.24 
 
 
770 aa  187  6e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5033  putative PAS/PAC sensor protein  43.14 
 
 
760 aa  184  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1552  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  40.74 
 
 
618 aa  182  2e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1252  putative PAS/PAC sensor protein  43.65 
 
 
730 aa  181  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3356  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  42.34 
 
 
692 aa  180  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.223934  normal  0.0312208 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0347  putative PAS/PAC sensor protein  41.42 
 
 
723 aa  179  1e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2019  protein serine/threonine phosphatase  41.12 
 
 
308 aa  176  9.999999999999999e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1271  PAS:protein phosphatase 2C-like:GAF  39.34 
 
 
585 aa  172  2e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0325345  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0207  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.94 
 
 
613 aa  170  9e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00647646 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0106  PAS protein phosphatase 2C-like  38.31 
 
 
670 aa  164  3e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0659  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  40.35 
 
 
450 aa  162  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808889  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0116  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.89 
 
 
1711 aa  160  5e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.257821  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2399  putative PAS/PAC sensor protein  38.56 
 
 
700 aa  155  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.249407  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  37.76 
 
 
828 aa  154  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1632  putative PAS/PAC sensor protein  33.4 
 
 
583 aa  150  5e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3709  putative PAS/PAC sensor protein  40.27 
 
 
570 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.551598 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4776  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.19 
 
 
1248 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3855  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  39.13 
 
 
560 aa  148  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.574477  normal  0.471316 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3140  protein serine/threonine phosphatase  38.03 
 
 
745 aa  145  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.444013  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7089  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  38.59 
 
 
697 aa  145  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0288523  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2966  protein serine/threonine phosphatase  35.86 
 
 
716 aa  145  3e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451872  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3812  putative PAS/PAC sensor protein  40.47 
 
 
757 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.719446  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2140  PAS/protein phosphatase 2C-like  36.42 
 
 
688 aa  141  3e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731032  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1606  putative PAS/PAC sensor protein  34.58 
 
 
693 aa  141  4.999999999999999e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.132491  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1241  putative PAS/PAC sensor protein  39.26 
 
 
1432 aa  140  6e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00402812 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  32.67 
 
 
1427 aa  140  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3313  putative PAS/PAC sensor protein  34.96 
 
 
692 aa  139  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1931  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
1385 aa  140  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7300  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  39.39 
 
 
573 aa  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.94 
 
 
1361 aa  139  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.498632 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4521  putative GAF sensor protein  36.01 
 
 
851 aa  137  5e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3736  putative PAS/PAC sensor protein  43.85 
 
 
1017 aa  137  5e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2814  putative PAS/PAC sensor protein  32.2 
 
 
709 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0793374  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 
1390 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0937102  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0360  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 
1390 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
1383 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0339  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 
1390 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.726297  normal  0.77171 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3110  putative PAS/PAC sensor protein  35.79 
 
 
697 aa  134  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.63551  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0250  PAS containing protein phosphatase 2C-like  34.54 
 
 
753 aa  134  6.999999999999999e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337993  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.67 
 
 
1514 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.67 
 
 
1514 aa  134  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31980  serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit  36.46 
 
 
453 aa  134  7.999999999999999e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0585203  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4163  putative PAS/PAC sensor protein  38.08 
 
 
1039 aa  132  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0226672 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4164  putative PAS/PAC sensor protein  34.12 
 
 
688 aa  131  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.412767  normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.46 
 
 
1415 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5311  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  32.63 
 
 
952 aa  131  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7544  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.67 
 
 
1051 aa  130  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4080  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  35.95 
 
 
738 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.32388  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3954  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.99 
 
 
1370 aa  128  3e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.364846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31 
 
 
1426 aa  128  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4166  putative PAS/PAC sensor protein  35.84 
 
 
765 aa  127  8.000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.299427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6262  sensor histidine kinase  30.82 
 
 
1202 aa  127  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0163021  normal  0.538502 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.83 
 
 
957 aa  127  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3898  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
1003 aa  125  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.504038  normal  0.0804481 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.17 
 
 
1065 aa  124  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  44.17 
 
 
1065 aa  124  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 
1057 aa  124  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4200  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  39.33 
 
 
702 aa  124  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00190608  normal  0.0466919 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0776  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.11 
 
 
1559 aa  124  8e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0524  putative PAS/PAC sensor protein  33.04 
 
 
744 aa  124  8e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00695402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2079  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.26 
 
 
727 aa  124  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.79077 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.6 
 
 
927 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7237  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  33.88 
 
 
579 aa  122  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3634  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.38 
 
 
944 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103342  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2418  protein serine/threonine phosphatase  35.87 
 
 
746 aa  122  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.724517 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5808  sensor histidine kinase  31.44 
 
 
1299 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284316  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3651  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.55 
 
 
727 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.125923 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3638  protein serine/threonine phosphatase  39.5 
 
 
693 aa  122  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.718947  normal  0.379759 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  38.89 
 
 
692 aa  122  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1009  Serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit-like protein  33.43 
 
 
743 aa  122  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0109  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 
776 aa  121  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310164  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6994  putative PAS/PAC sensor protein  40.45 
 
 
797 aa  121  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.126059  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0617  putative PAS/PAC sensor protein  34.83 
 
 
580 aa  120  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.54 
 
 
951 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35220  PAS domain S-box  35.14 
 
 
771 aa  120  9e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1882  putative PAS/PAC sensor protein  34.54 
 
 
721 aa  120  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.755669 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.6 
 
 
1076 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.715458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>