More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4408 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1123 aa  2203    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  39.42 
 
 
1110 aa  419  9.999999999999999e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  29.27 
 
 
1117 aa  226  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  29.07 
 
 
1107 aa  212  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  29.22 
 
 
1115 aa  209  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  29.45 
 
 
1080 aa  198  4.0000000000000005e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  27.97 
 
 
1226 aa  198  4.0000000000000005e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.32 
 
 
1057 aa  195  4e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  25.52 
 
 
1149 aa  189  3e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 
1074 aa  188  5e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.54 
 
 
1139 aa  186  2.0000000000000003e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  21.27 
 
 
1121 aa  186  2.0000000000000003e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  22.2 
 
 
1218 aa  185  4.0000000000000006e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  21.07 
 
 
1270 aa  182  4e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  20.85 
 
 
1271 aa  181  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 
1110 aa  175  5e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.9 
 
 
1241 aa  174  7.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.58 
 
 
1241 aa  173  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.58 
 
 
1241 aa  172  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  24.58 
 
 
1244 aa  171  7e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  22.87 
 
 
1204 aa  171  7e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.48 
 
 
1241 aa  169  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.58 
 
 
1241 aa  169  4e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.72 
 
 
1241 aa  168  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.6 
 
 
1223 aa  167  8e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.48 
 
 
1241 aa  166  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 
1161 aa  166  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  30.04 
 
 
1131 aa  164  6e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.96 
 
 
1241 aa  163  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.96 
 
 
1241 aa  163  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  30.67 
 
 
1047 aa  163  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  28.74 
 
 
1240 aa  159  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 
1184 aa  158  7e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.71 
 
 
1061 aa  155  5e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  24 
 
 
1240 aa  155  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.83 
 
 
1238 aa  150  9e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  26.12 
 
 
1217 aa  150  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  26.12 
 
 
1217 aa  150  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.64 
 
 
1229 aa  149  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.71 
 
 
1251 aa  149  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.24 
 
 
1233 aa  147  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  24.48 
 
 
1248 aa  147  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.21 
 
 
1269 aa  145  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.86 
 
 
1230 aa  145  6e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.25 
 
 
1089 aa  144  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4021  UvrD/REP helicase  30.63 
 
 
1111 aa  143  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  26.74 
 
 
1242 aa  142  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.49 
 
 
1186 aa  142  3e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  25.18 
 
 
1242 aa  141  7.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.15 
 
 
1263 aa  140  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  22.81 
 
 
1216 aa  140  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.94 
 
 
1217 aa  139  2e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3984  UvrD/REP helicase  30.63 
 
 
1111 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.62 
 
 
1168 aa  139  3.0000000000000003e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  24.18 
 
 
1173 aa  139  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.94 
 
 
1244 aa  139  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.01 
 
 
1251 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3878  UvrD/REP helicase  29.94 
 
 
1111 aa  135  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  27.7 
 
 
1392 aa  135  6e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.62 
 
 
1251 aa  133  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0519  UvrD/REP helicase  20.86 
 
 
1130 aa  133  2.0000000000000002e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  21.51 
 
 
1207 aa  132  4.0000000000000003e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.07 
 
 
1274 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.74 
 
 
1273 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.77 
 
 
1273 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2417  Exodeoxyribonuclease V  20.56 
 
 
1124 aa  131  7.000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.449307  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.26 
 
 
1273 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  25.26 
 
 
1273 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.82 
 
 
1236 aa  131  7.000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  30.79 
 
 
1196 aa  131  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.87 
 
 
1224 aa  130  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.66 
 
 
1273 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  26.81 
 
 
1185 aa  129  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 
1120 aa  127  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  26.29 
 
 
1121 aa  127  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.41 
 
 
1224 aa  127  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  26.46 
 
 
1251 aa  127  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  29 
 
 
1147 aa  126  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  26.85 
 
 
1061 aa  126  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  24.35 
 
 
1212 aa  125  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.74 
 
 
1234 aa  125  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  25.22 
 
 
1282 aa  124  8e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.2 
 
 
1199 aa  124  8e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.48 
 
 
1259 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  24.42 
 
 
1208 aa  122  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.96 
 
 
1085 aa  122  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.13 
 
 
1203 aa  122  3e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1244  UvrD/REP helicase  25.61 
 
 
1165 aa  122  4.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0173598  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.63 
 
 
1234 aa  121  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  26.1 
 
 
1203 aa  121  7e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  21.69 
 
 
1089 aa  121  7.999999999999999e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4011  UvrD/REP helicase  27.29 
 
 
1083 aa  120  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  26.52 
 
 
1156 aa  120  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  27.09 
 
 
1245 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.04 
 
 
1240 aa  119  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.6 
 
 
1286 aa  118  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.26 
 
 
751 aa  118  6e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  28.45 
 
 
1157 aa  118  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  27.82 
 
 
1147 aa  118  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03906  exodeoxyribonuclease V beta chain  30.83 
 
 
1357 aa  117  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>