21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3426 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_3426  LmbE family protein  100 
 
 
253 aa  484  1e-136  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00141665  normal  0.0279283 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1018  LmbE family protein  56.65 
 
 
240 aa  218  8.999999999999998e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2284  LmbE family protein  53.71 
 
 
254 aa  188  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0970807  normal  0.047773 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2913  LmbE family protein  50 
 
 
253 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.821813  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2686  LmbE family protein  49.13 
 
 
253 aa  176  3e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218362  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2808  LmbE family protein  50.89 
 
 
253 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3591  LmbE family protein  51.34 
 
 
252 aa  166  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  hitchhiker  0.00215841 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3052  LmbE family protein  36.21 
 
 
269 aa  95.1  9e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000237793 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0082  LmbE family protein  33.76 
 
 
250 aa  79  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3974  LmbE family protein  34.04 
 
 
263 aa  68.6  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.222206 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1416  LmbE family protein  35.32 
 
 
272 aa  63.5  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.993291  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3367  hypothetical protein  37.65 
 
 
248 aa  55.8  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0232623 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4890  LmbE family protein  33.33 
 
 
240 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0748012 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3813  LmbE family protein  33.33 
 
 
240 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3570  LmbE-like protein  23.11 
 
 
265 aa  45.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.839683  decreased coverage  0.00474608 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0697  LmbE family protein  22.71 
 
 
193 aa  44.7  0.002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5977  LmbE family protein  28.52 
 
 
447 aa  44.3  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0838  LmbE family protein  38.1 
 
 
254 aa  43.5  0.004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2252  hypothetical protein  22.87 
 
 
209 aa  42.7  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.960737  hitchhiker  0.007979 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6391  LmbE family protein  33.33 
 
 
235 aa  42.4  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.429883  normal  0.126432 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5643  hypothetical protein  33.15 
 
 
235 aa  42.4  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.184267  normal  0.153331 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>