More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2007 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  73.3 
 
 
921 aa  920    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
692 aa  1378    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04155  Putative signal protein with GAF,PAS(PAC) and GGDEF domains  31.15 
 
 
874 aa  223  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.581833  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
3706 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2455  diguanylate cyclase  38.38 
 
 
699 aa  168  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.54 
 
 
904 aa  165  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.49 
 
 
729 aa  164  7e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.87 
 
 
1363 aa  160  7e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  27.44 
 
 
754 aa  158  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4265  signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 
930 aa  158  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.588648  normal  0.462436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3897  PAS sensor protein  28.76 
 
 
930 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240133 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3529  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.15 
 
 
1088 aa  153  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
620 aa  153  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  30.52 
 
 
732 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.63 
 
 
775 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1130  signal transduction histidine kinase  26.72 
 
 
1002 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.039296  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0172  signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 
897 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1651  PAS sensor protein  28.44 
 
 
895 aa  147  8.000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  27.05 
 
 
797 aa  146  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4368  signal transduction histidine kinase  28.31 
 
 
934 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.523014 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1877  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.76 
 
 
722 aa  145  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2070  sensory box protein  32.92 
 
 
771 aa  144  4e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.794479  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1003  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  47.21 
 
 
549 aa  144  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00204881 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1496  signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 
1253 aa  142  3e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.172842 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
1267 aa  142  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.81 
 
 
740 aa  140  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4345  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 
890 aa  140  8.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5665  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  27.64 
 
 
1079 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
1050 aa  139  2e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1516  signal transduction histidine kinase  25.9 
 
 
1205 aa  136  9.999999999999999e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.0460264 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3048  signal transduction histidine kinase  25.66 
 
 
1001 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.143163  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0429  signal transduction histidine kinase  29.12 
 
 
1093 aa  136  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.42 
 
 
1193 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  29.12 
 
 
1093 aa  136  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.2 
 
 
1369 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  51.06 
 
 
584 aa  135  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2234  signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
1676 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1671  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.99 
 
 
620 aa  134  6.999999999999999e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 
608 aa  133  9e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4311  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.21 
 
 
1291 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3143  sporulation kinase  29.52 
 
 
801 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.564779 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2889  sensory transduction histidine kinase; sporulation kinase A  29.52 
 
 
801 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.516791  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1944  signal-transducing histidine kinase  27.35 
 
 
1248 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.318144  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2169  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.56 
 
 
722 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0648584  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3122  sporulation kinase  28.8 
 
 
801 aa  131  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2115  sporulation kinase  28.8 
 
 
801 aa  130  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  25 
 
 
909 aa  130  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.59 
 
 
727 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.545647  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.17 
 
 
821 aa  129  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1190  PAS sensor protein  26.17 
 
 
1041 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0314947 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  33.33 
 
 
460 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1350  signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 
1016 aa  127  8.000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597121 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  25.07 
 
 
1289 aa  127  8.000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3247  sensory transduction histidine kinase  29.22 
 
 
746 aa  127  8.000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0645212 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2743  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.2 
 
 
929 aa  127  9e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00773709  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.56 
 
 
728 aa  127  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.55 
 
 
936 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1666  sensory transduction histidine kinase  30.14 
 
 
945 aa  126  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.515191  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  26.11 
 
 
1379 aa  126  1e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  28.14 
 
 
853 aa  124  6e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.3 
 
 
1439 aa  124  6e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131363  normal  0.44536 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.61 
 
 
1550 aa  124  7e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3278  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  29.2 
 
 
2468 aa  123  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0267066 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.45 
 
 
1785 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
1171 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135263 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5651  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.79 
 
 
801 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.285543 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0428  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.45 
 
 
943 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94781  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6593  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.22 
 
 
906 aa  122  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.35 
 
 
1959 aa  121  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.51 
 
 
849 aa  121  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03205  histidine kinase response regulator hybrid protein  38.41 
 
 
542 aa  120  9e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.132161  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.63 
 
 
820 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.41 
 
 
510 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  31.54 
 
 
515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2771  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.13 
 
 
1557 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0118  HWE histidine kinase  39.01 
 
 
538 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1946  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.27 
 
 
722 aa  118  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146362  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0534  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 
697 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.608337  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2059  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.73 
 
 
718 aa  117  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0475762  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.19 
 
 
1358 aa  117  6e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.117306 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5228  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.24 
 
 
1224 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.12 
 
 
1309 aa  117  6.9999999999999995e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  27.81 
 
 
821 aa  117  8.999999999999998e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0981  putative sensor/response regulator hybrid  34.13 
 
 
1418 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195382  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.66 
 
 
951 aa  117  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
657 aa  116  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.92 
 
 
994 aa  117  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  30.04 
 
 
823 aa  116  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
832 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2510  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 
640 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11543  sensory transduction histidine kinase  28.78 
 
 
952 aa  115  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.166055  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1845  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
878 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187428  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.22 
 
 
891 aa  115  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.88 
 
 
1313 aa  114  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  29.23 
 
 
812 aa  114  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2479  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.11 
 
 
531 aa  114  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.838154  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.44 
 
 
1075 aa  114  7.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0155  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 
404 aa  114  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
1021 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.54 
 
 
1333 aa  113  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>