More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1596 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1596  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
235 aa  457  9.999999999999999e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4469  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  63.74 
 
 
191 aa  207  1e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00981278  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3468  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  53.53 
 
 
185 aa  155  4e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.88792 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.54 
 
 
189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40 
 
 
186 aa  110  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3352  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  39.89 
 
 
206 aa  109  4.0000000000000004e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4772  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.44 
 
 
182 aa  108  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
205 aa  99.8  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.59 
 
 
205 aa  99.8  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.71 
 
 
199 aa  99.4  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.95 
 
 
200 aa  99  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.17 
 
 
392 aa  98.6  8e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.95 
 
 
199 aa  98.2  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
199 aa  98.2  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
199 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
199 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.16 
 
 
199 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3390  RNA polymerase sigma factor  35.05 
 
 
239 aa  95.9  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00687646  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.62 
 
 
199 aa  95.5  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4136  RNA polymerase sigma factor  35.38 
 
 
239 aa  94.7  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.52 
 
 
199 aa  94  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.81 
 
 
195 aa  93.6  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  37.64 
 
 
187 aa  94  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.98 
 
 
192 aa  94  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1551  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.02 
 
 
532 aa  94  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.357255  normal  0.29633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2124  RNA polymerase sigma factor  36.72 
 
 
226 aa  93.2  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282888 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  37.3 
 
 
241 aa  93.2  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1395  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.01 
 
 
224 aa  92.8  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.2 
 
 
220 aa  92.8  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0524675 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.43 
 
 
185 aa  92.8  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
192 aa  91.7  9e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  91.3  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.46 
 
 
208 aa  91.3  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.29 
 
 
192 aa  91.3  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.29 
 
 
192 aa  91.3  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
199 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2937  RNA polymerase factor sigma-70  36.41 
 
 
357 aa  90.5  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0803223  normal  0.127014 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.63 
 
 
190 aa  90.9  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.29 
 
 
192 aa  89.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.51 
 
 
199 aa  89.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.86 
 
 
192 aa  89.7  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.41 
 
 
198 aa  89.4  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.6 
 
 
193 aa  89.4  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
199 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1441  RNA polymerase sigma factor  32.84 
 
 
229 aa  89  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1272  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
192 aa  88.2  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.178396  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
192 aa  88.2  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
192 aa  88.2  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1239  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
192 aa  88.2  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00674389  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
192 aa  87.8  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3684  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.94 
 
 
247 aa  87.8  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.328373  normal  0.718843 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
192 aa  88.2  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.29 
 
 
192 aa  87.8  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  31.35 
 
 
191 aa  87  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.35 
 
 
191 aa  87  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  87  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  33.33 
 
 
191 aa  87.4  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  87  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  87  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  87  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
192 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
192 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.25 
 
 
192 aa  87  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.38 
 
 
192 aa  87.4  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  31.35 
 
 
191 aa  87  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3138  RNA polymerase factor sigma-70  35.9 
 
 
363 aa  87.4  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  33.7 
 
 
236 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.35 
 
 
191 aa  87  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01711  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.6 
 
 
206 aa  86.7  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.45569  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3185  RNA polymerase factor sigma-70  35.18 
 
 
368 aa  86.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0418907 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.47 
 
 
191 aa  87  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
191 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
191 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
191 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
191 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
191 aa  86.3  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
191 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.63 
 
 
192 aa  86.3  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3653  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.61 
 
 
243 aa  85.9  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.150168  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1793  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.62 
 
 
189 aa  85.5  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2263  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.97 
 
 
205 aa  85.5  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.228052  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1182  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.32 
 
 
191 aa  85.5  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0314169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1129  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.32 
 
 
191 aa  85.5  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0822674  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3604  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.32 
 
 
191 aa  85.5  7e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0116592  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4230  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.67 
 
 
212 aa  85.1  8e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4992  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.13 
 
 
208 aa  85.1  8e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2963  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.07 
 
 
243 aa  85.1  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.361546  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  36.82 
 
 
234 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>