127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1399 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1399  hypothetical protein  100 
 
 
79 aa  149  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00422733 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2482  hypothetical protein  73.42 
 
 
80 aa  114  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0272988  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2222  hypothetical protein  75.95 
 
 
80 aa  113  7e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.57625e-11 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3259  hypothetical protein  72.15 
 
 
80 aa  112  2e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3422  KH domain-containing protein  71.79 
 
 
80 aa  112  2e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0313217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2539  hypothetical protein  75.95 
 
 
78 aa  112  2e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.160005  normal  0.11735 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0225  hypothetical protein  73.68 
 
 
80 aa  110  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.657133  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0663  hypothetical protein  67.95 
 
 
80 aa  108  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.82455  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23740  RNA-binding protein (KH domain)  86.15 
 
 
79 aa  107  6e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.860329  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1168  RNA-binding protein (KH domain)  87.3 
 
 
79 aa  107  7e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1828  KH domain protein  67.95 
 
 
80 aa  106  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0800729 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0980  hypothetical protein  72 
 
 
75 aa  103  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.747535  normal  0.258716 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0986  KH domain protein  83.08 
 
 
79 aa  102  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  unclonable  1.16002e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09760  hypothetical protein  71.79 
 
 
79 aa  101  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0801933  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1471  KH domain protein  80.95 
 
 
79 aa  100  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0670497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1513  hypothetical protein  69.33 
 
 
79 aa  99.8  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.155704 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5925  hypothetical protein  69.23 
 
 
79 aa  99.8  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.159157  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3135  KH domain-containing protein  67.95 
 
 
77 aa  97.4  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.020256  normal  0.101558 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1149  hypothetical protein  67.95 
 
 
77 aa  97.4  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0258994 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3593  hypothetical protein  67.95 
 
 
77 aa  96.7  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4007  hypothetical protein  67.09 
 
 
78 aa  95.9  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11050  RNA-binding protein (KH domain)  64.56 
 
 
80 aa  92.8  2e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0506658  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1618  hypothetical protein  61.54 
 
 
82 aa  91.3  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0250504  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09160  RNA-binding protein (KH domain)  63.29 
 
 
81 aa  90.9  5e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.880979  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2084  hypothetical protein  62.82 
 
 
80 aa  90.5  7e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2188  hypothetical protein  61.54 
 
 
80 aa  90.1  9e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0391463  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1306  hypothetical protein  68.92 
 
 
86 aa  89.4  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1560  RNA-binding protein  66.67 
 
 
96 aa  89.4  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0831203 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12922  hypothetical protein  61.54 
 
 
80 aa  89.4  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.856852  normal  0.613221 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1195  hypothetical protein  67.57 
 
 
86 aa  89.7  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.915237 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4174  hypothetical protein  60.26 
 
 
80 aa  88.6  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1946  hypothetical protein  60.26 
 
 
80 aa  88.6  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.801249  normal  0.846266 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2012  hypothetical protein  60.26 
 
 
80 aa  88.6  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.313357 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1966  hypothetical protein  60.26 
 
 
80 aa  88.6  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.179038  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1053  hypothetical protein  63.16 
 
 
77 aa  87.4  6e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2182  KH domain-containing protein  61.33 
 
 
75 aa  86.3  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.161429  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0325  hypothetical protein  58.97 
 
 
77 aa  85.5  2e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09980  RNA-binding protein (KH domain)  72.13 
 
 
80 aa  82  2e-15  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.4486  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1370  RNA-binding protein (KH domain)  39.47 
 
 
76 aa  67.8  5e-11  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.09331e-08  normal  0.279466 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2143  hypothetical protein  43.55 
 
 
77 aa  62.8  1e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2886  hypothetical protein  45.16 
 
 
77 aa  62.8  2e-09  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3306  RNA-binding protein (KH domain)  43.55 
 
 
77 aa  61.6  3e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1802  hypothetical protein  45.61 
 
 
76 aa  61.6  4e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.116861  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0711  nucleic acid binding protein  39.47 
 
 
77 aa  60.8  6e-09  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  8.41646e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1496  nucleic acid binding protein  37.33 
 
 
78 aa  58.5  3e-08  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0525102  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2024  hypothetical protein  41.43 
 
 
77 aa  58.5  3e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000350692  normal  0.0107931 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1353  RNA-binding protein (contains KH domain)-like protein  49.18 
 
 
89 aa  58.2  3e-08  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  3.30341e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3040  hypothetical protein  40.32 
 
 
77 aa  57.8  5e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  3.54702e-05  normal  0.860771 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2998  hypothetical protein  40.32 
 
 
77 aa  57.8  5e-08  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  2.53135e-06  normal  0.811405 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0768  nucleic acid binding protein  38.67 
 
 
76 aa  57.4  7e-08  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  8.13244e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2054  hypothetical protein  38.67 
 
 
75 aa  57  8e-08  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  5.63212e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1168  hypothetical protein  37.1 
 
 
79 aa  57  9e-08  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  2.25392e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1089  nucleic acid binding protein  41.94 
 
 
83 aa  56.6  1e-07  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.85572e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1965  hypothetical protein  36 
 
 
75 aa  56.2  1e-07  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.780518  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1683  hypothetical protein  36 
 
 
75 aa  56.2  1e-07  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000180762  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1098  hypothetical protein  45.16 
 
 
77 aa  56.6  1e-07  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.337348  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0882  hypothetical protein  35.06 
 
 
77 aa  56.6  1e-07  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  1.54321e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0969  RNA-binding protein  38.03 
 
 
77 aa  56.2  2e-07  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  5.37782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1980  RNA-binding protein  40.91 
 
 
78 aa  55.8  2e-07  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1008  RNA-binding protein (KH domain)  34.33 
 
 
74 aa  55.8  2e-07  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0103799  normal  0.256823 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1198  hypothetical protein  42.62 
 
 
75 aa  55.5  2e-07  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00403857  normal  0.0990302 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0647  RNA-binding protein  32.35 
 
 
74 aa  55.8  2e-07  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.534792  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1915  hypothetical protein  42.11 
 
 
76 aa  55.1  3e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1379  KH domain protein  43.84 
 
 
84 aa  55.1  3e-07  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  1.55975e-09  normal  0.609629 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2049  hypothetical protein  42.11 
 
 
76 aa  55.1  3e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.24767  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1633  RNA-binding protein  34.25 
 
 
81 aa  54.3  5e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2308  hypothetical protein  37.7 
 
 
78 aa  54.3  5e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.63939e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2223  RNA-binding protein  40.32 
 
 
77 aa  53.9  7e-07  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.17627e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1964  hypothetical protein  42.11 
 
 
76 aa  53.9  8e-07  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1225  RNA-binding protein  36.49 
 
 
75 aa  53.1  1e-06  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  4.01296e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0021  hypothetical protein  36 
 
 
78 aa  53.5  1e-06  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.055536  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1942  hypothetical protein  54.39 
 
 
76 aa  53.1  1e-06  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1230  RNA-binding protein  36.49 
 
 
75 aa  53.1  1e-06  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  7.05626e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0968  hypothetical protein  39.71 
 
 
76 aa  52.8  2e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  6.04549e-12  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07310  nucleic acid binding protein, containing KH domain  37.84 
 
 
75 aa  52.8  2e-06  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  4.97111e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1093  R-binding protein (contains KH domain)  33.78 
 
 
80 aa  52.8  2e-06  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  5.71907e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3759  hypothetical protein  35.14 
 
 
76 aa  52  2e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0453276  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2484  hypothetical protein  45.16 
 
 
82 aa  52.4  2e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.307356  normal  0.0960176 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0657  hypothetical protein  37.5 
 
 
75 aa  52.4  2e-06  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000412714  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1536  hypothetical protein  36.84 
 
 
76 aa  51.6  3e-06  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000921217  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1711  hypothetical protein  32 
 
 
75 aa  51.6  4e-06  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.42636e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0689  RNA-binding protein (contains KH domain protein)-like protein  45.16 
 
 
100 aa  51.6  4e-06  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  4.09438e-07  hitchhiker  0.000420996 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3681  hypothetical protein  49.32 
 
 
77 aa  51.2  5e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.989233 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1665  RNA-binding protein  37.5 
 
 
75 aa  50.8  6e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00331015  hitchhiker  0.0035897 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1288  RNA-binding protein  37.5 
 
 
75 aa  50.8  6e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.5906  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1301  KH domain protein  39.66 
 
 
75 aa  50.8  6e-06  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  1.06186e-10  unclonable  4.49317e-26 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00320  RNA-binding protein (KH domain)  50 
 
 
84 aa  50.4  8e-06  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  7.39144e-06  hitchhiker  3.55006e-12 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2495  KH domain-containing protein  38.57 
 
 
75 aa  50.4  8e-06  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  2.87664e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1415  hypothetical protein  36 
 
 
75 aa  49.7  1e-05  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00178468  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3857  KH domain protein  35.48 
 
 
75 aa  50.1  1e-05  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.50741e-63 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3694  KH domain-containing protein  35.48 
 
 
75 aa  50.1  1e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  1.70601e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3602  hypothetical protein  35.48 
 
 
75 aa  50.1  1e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  1.83566e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3981  kh domain-containing protein  35.48 
 
 
75 aa  50.1  1e-05  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.03911e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1804  RNA-binding protein  32.26 
 
 
74 aa  49.7  1e-05  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  2.42663e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3584  hypothetical protein  35.48 
 
 
75 aa  50.1  1e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  7.1205e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3430  KH, type 1, domain protein  31.75 
 
 
76 aa  48.9  2e-05  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.51777e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3492  KH, type 1, domain protein  31.75 
 
 
76 aa  48.9  2e-05  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.05823e-30 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3942  KH domain protein  37.93 
 
 
75 aa  49.3  2e-05  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.26178e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2277  hypothetical protein  34.85 
 
 
72 aa  49.7  2e-05  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0054158  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3885  KH domain-containing protein  33.87 
 
 
77 aa  48.5  3e-05  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  8.01997e-11  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>