More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1067 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1148 aa  676    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  37.59 
 
 		 1164 aa  676    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1148 aa  706    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  63.34 
 
 		 1188 aa  1393    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2158  transcription-repair coupling factor  36.08 
 
 		 1162 aa  650    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0247263  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.97 
 
 		 1169 aa  799    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.33 
 
 		 1155 aa  677    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  36.32 
 
 		 1169 aa  711    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  38.28 
 
 		 1178 aa  767    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  39.25 
 
 		 1165 aa  779    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1176 aa  741    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1157 aa  665    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  36.99 
 
 		 1165 aa  639    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1476  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 		 1155 aa  689    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0179996  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1164 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1629  transcription-repair coupling factor  36.79 
 
 		 1148 aa  663    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027535  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  38.03 
 
 		 1178 aa  744    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.94 
 
 		 1176 aa  741    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  36.63 
 
 		 1153 aa  677    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  36.46 
 
 		 1153 aa  672    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1157 aa  681    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  55.53 
 
 		 1234 aa  1235    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  65.38 
 
 		 1210 aa  1555    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0369  transcriptional-repair coupling factor  34.98 
 
 		 1167 aa  663    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 		 1166 aa  661    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  37.71 
 
 		 1146 aa  639    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1148 aa  676    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  39.61 
 
 		 1188 aa  682    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  37.16 
 
 		 1162 aa  643    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1168 aa  685    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  62.39 
 
 		 1216 aa  1449    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  38.5 
 
 		 1161 aa  698    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  35.44 
 
 		 1179 aa  706    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  38.59 
 
 		 1192 aa  659    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  37.19 
 
 		 1179 aa  708    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1192 aa  655    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  39.77 
 
 		 1158 aa  719    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.73 
 
 		 1176 aa  734    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.08 
 
 		 1176 aa  743    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1630  transcription-repair coupling factor  37.43 
 
 		 1160 aa  660    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00676636  normal  0.517783 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1326  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1153 aa  676    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  36.67 
 
 		 1156 aa  637    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  39.42 
 
 		 1159 aa  729    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  39.73 
 
 		 1183 aa  763    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.43 
 
 		 1174 aa  666    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  63.63 
 
 		 1208 aa  1407    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  37.44 
 
 		 1207 aa  709    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  39.26 
 
 		 1176 aa  681    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  56.72 
 
 		 1211 aa  1261    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  41.12 
 
 		 1176 aa  749    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  36.92 
 
 		 1153 aa  662    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 		 1148 aa  715    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  37.15 
 
 		 1134 aa  668    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  62.11 
 
 		 1218 aa  1442    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  37.68 
 
 		 1148 aa  676    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 		 1179 aa  652    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  41.43 
 
 		 1246 aa  758    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1150 aa  640    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1176 aa  757    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 		 1164 aa  643    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  39.04 
 
 		 1182 aa  707    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  41.88 
 
 		 1265 aa  759    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  37.79 
 
 		 1161 aa  637    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  56.72 
 
 		 1211 aa  1259    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  36.13 
 
 		 1168 aa  685    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  36.35 
 
 		 1160 aa  657    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  37.39 
 
 		 1157 aa  671    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  100 
 
 		 1193 aa  2382    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  37.91 
 
 		 1162 aa  791    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.39 
 
 		 1162 aa  792    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1143 aa  681    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  37.13 
 
 		 1157 aa  665    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2511  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1165 aa  644    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00100471  normal  0.47703 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1160 aa  650    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  39.33 
 
 		 1166 aa  655    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 		 1178 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2864  transcription-repair coupling factor  36.78 
 
 		 1148 aa  641    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0829666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 		 1148 aa  642    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  55.33 
 
 		 1198 aa  1209    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  38.62 
 
 		 1162 aa  709    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10511  transcriptional-repair coupling factor  34.89 
 
 		 1167 aa  659    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00605187 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  38.21 
 
 		 1165 aa  716    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  35.29 
 
 		 1179 aa  659    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  37.52 
 
 		 1168 aa  649    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  62.62 
 
 		 1222 aa  1452    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1163 aa  646    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  38.73 
 
 		 1189 aa  708    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  38.63 
 
 		 1198 aa  687    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  37.28 
 
 		 1160 aa  651    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  61.14 
 
 		 1192 aa  1342    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  38.84 
 
 		 1177 aa  711    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2848  transcription-repair coupling factor  37.91 
 
 		 1164 aa  652    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420758  normal  0.818462 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2395  transcription-repair coupling factor  37.02 
 
 		 1162 aa  640    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000829473  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  63.41 
 
 		 1224 aa  1477    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  36.87 
 
 		 1155 aa  649    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  56.72 
 
 		 1211 aa  1259    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  39.86 
 
 		 1147 aa  661    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  55.6 
 
 		 1212 aa  1238    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  38 
 
 		 1173 aa  669    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>