More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1020 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1020  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 
226 aa  438  1e-122  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00378459  normal  0.248016 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3778  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.52 
 
 
232 aa  287  1e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0820994  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  62.95 
 
 
230 aa  285  5e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  65.78 
 
 
226 aa  275  3e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  62.33 
 
 
231 aa  273  2e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27020  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  69.06 
 
 
233 aa  273  2e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.357837 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  62.22 
 
 
228 aa  268  5e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  60 
 
 
226 aa  268  5e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0299  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.99 
 
 
231 aa  267  9e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.867846 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  60.44 
 
 
224 aa  264  8e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  58.48 
 
 
240 aa  263  1e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5029  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.18 
 
 
225 aa  262  4e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4608  two component transcriptional regulator  61.78 
 
 
226 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4230  two component transcriptional regulator  61.78 
 
 
226 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.285059  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4296  two component transcriptional regulator  61.78 
 
 
226 aa  259  3e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0135013  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3248  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.22 
 
 
224 aa  258  6e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3050  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 
224 aa  257  9e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.519152  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3804  response regulator receiver protein  56.89 
 
 
222 aa  256  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0687952  normal  0.157721 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.56 
 
 
240 aa  251  7e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.42123e-13 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1514  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.51 
 
 
229 aa  248  5e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0313038  normal  0.23375 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0437  response regulator receiver protein  59.11 
 
 
222 aa  246  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6795  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.47 
 
 
233 aa  244  5e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.510223  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6788  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.26 
 
 
230 aa  244  9e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.241896 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1436  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.78 
 
 
374 aa  244  9e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.235107  normal  0.196067 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4329  two component transcriptional regulator  57.08 
 
 
236 aa  236  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.077082  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2021  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.65 
 
 
236 aa  227  9e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.48021  normal  0.282737 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1633  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.66 
 
 
254 aa  227  1e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1879  two component transcriptional regulator  54.87 
 
 
224 aa  224  7e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0517799  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  52.25 
 
 
231 aa  224  1e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  51.13 
 
 
234 aa  223  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3551  two component transcriptional regulator, winged helix family  56 
 
 
224 aa  219  2e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.375493 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3288  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
272 aa  219  2e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.234797 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5362  two component transcriptional regulator  52.68 
 
 
230 aa  219  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0748621 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  51.54 
 
 
236 aa  218  5e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.12 
 
 
225 aa  218  6e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.12 
 
 
225 aa  218  6e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  49.12 
 
 
225 aa  218  7e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.67 
 
 
225 aa  218  9e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  48.67 
 
 
225 aa  217  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 
235 aa  217  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  48.67 
 
 
225 aa  217  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.67 
 
 
225 aa  216  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.11 
 
 
235 aa  216  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0287  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
237 aa  216  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0371836  normal  0.118342 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.67 
 
 
225 aa  216  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.66 
 
 
225 aa  215  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.42 
 
 
231 aa  214  6e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  4.20296e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 
234 aa  214  8e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  49.34 
 
 
235 aa  214  1e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3284  two component transcriptional regulator  57.45 
 
 
232 aa  214  1e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0682203  normal  0.363076 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.32 
 
 
234 aa  214  1e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 
231 aa  214  1e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 
230 aa  213  2e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.49 
 
 
231 aa  213  2e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 
232 aa  213  2e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1159  two component transcriptional regulator  48.44 
 
 
230 aa  212  4e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.04 
 
 
231 aa  212  5e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
230 aa  211  8e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0386  two component transcriptional regulator  51.8 
 
 
229 aa  211  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 
227 aa  211  9e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  48 
 
 
228 aa  210  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.42 
 
 
230 aa  210  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  48.87 
 
 
234 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  48.87 
 
 
234 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  48.87 
 
 
232 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  48.87 
 
 
232 aa  209  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  48.87 
 
 
234 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  48.87 
 
 
234 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  48.87 
 
 
234 aa  209  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  51.12 
 
 
228 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3557  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.88 
 
 
230 aa  208  4e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  48.42 
 
 
234 aa  208  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3717  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  49.33 
 
 
244 aa  207  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 
232 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2927  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 
228 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.96 
 
 
232 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 
233 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 
230 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1884  response regulator receiver protein  48.89 
 
 
244 aa  205  4e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.365735  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  49.32 
 
 
231 aa  205  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.43 
 
 
225 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  46.43 
 
 
225 aa  205  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  47.14 
 
 
225 aa  205  6e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.98 
 
 
225 aa  204  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.98 
 
 
225 aa  204  9e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 
231 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 
235 aa  204  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  45.54 
 
 
226 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
232 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10580  Response regulator  45.05 
 
 
229 aa  203  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  47.75 
 
 
230 aa  202  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  48.42 
 
 
231 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0195  two component transcriptional regulator  47.3 
 
 
243 aa  202  3e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  48.66 
 
 
230 aa  202  4e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3578  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.08 
 
 
209 aa  202  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.693422  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1155  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.08 
 
 
209 aa  202  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.232679  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.32 
 
 
232 aa  202  4e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  47.77 
 
 
231 aa  202  4e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
232 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1102  DNA-binding transcriptional activator KdpE  48.08 
 
 
209 aa  202  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  6.03864e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>