More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0912 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0912  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  100 
 
 
321 aa  632  1e-180  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0472746 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4020  RNA methyltransferase  65.53 
 
 
314 aa  403  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.980605  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0672  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  64.65 
 
 
333 aa  375  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.927716  hitchhiker  0.000812989 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2952  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  59.51 
 
 
327 aa  364  1e-99  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.844398  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31740  rRNA methylase, putative, group 3  61.19 
 
 
339 aa  364  1e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.29916  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0974  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  60.68 
 
 
316 aa  363  3e-99  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0793749  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03770  rRNA methylase, putative, group 3  58.72 
 
 
323 aa  362  5.0000000000000005e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.1456 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5337  RNA methyltransferase  61.3 
 
 
314 aa  358  5e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0781  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  63.38 
 
 
324 aa  357  9.999999999999999e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.208015  normal  0.241731 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4924  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  61.42 
 
 
326 aa  356  2.9999999999999997e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0856  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.89 
 
 
329 aa  355  3.9999999999999996e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1447  RNA methyltransferase  60.62 
 
 
314 aa  351  1e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.812422 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0731  RNA methyltransferase  54.38 
 
 
328 aa  345  4e-94  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.883902  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2067  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  57.58 
 
 
326 aa  345  8e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12700  rRNA methylase, putative, group 3  56.29 
 
 
320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5122  RNA methyltransferase  61.92 
 
 
314 aa  335  5e-91  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.696919  normal  0.220958 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4736  RNA methyltransferase TrmH, group 3  61.92 
 
 
314 aa  335  5e-91  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281401  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4822  RNA methyltransferase  61.92 
 
 
314 aa  335  5e-91  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945978  normal  0.837173 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0606  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.51 
 
 
324 aa  333  2e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.158472  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0359  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  59.13 
 
 
321 aa  332  4e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13612  tRNA/rRNA methyltransferase  58.44 
 
 
322 aa  331  1e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.288349 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8152  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.41 
 
 
339 aa  326  4.0000000000000003e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  55.11 
 
 
322 aa  326  4.0000000000000003e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0655  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  58.97 
 
 
319 aa  325  5e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.229838  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  55.1 
 
 
320 aa  315  8e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35140  rRNA methylase, putative, group 3  55.45 
 
 
312 aa  311  1e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.939533 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4246  RNA methyltransferase TrmH, group 3  50.68 
 
 
363 aa  305  6e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  56.29 
 
 
322 aa  305  7e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  50.86 
 
 
386 aa  298  1e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4658  RNA methyltransferase  47.97 
 
 
372 aa  293  4e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.277573  normal  0.477344 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4221  RNA methyltransferase  48.65 
 
 
373 aa  292  4e-78  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.601015 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  54.19 
 
 
306 aa  292  5e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1346  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  50 
 
 
331 aa  288  6e-77  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00762958 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03800  rRNA methylase, putative, group 3  51.83 
 
 
329 aa  286  2.9999999999999996e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.395862  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0213  RNA methyltransferase TrmH, group 3  50.93 
 
 
324 aa  280  2e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1473  rRNA methylase  47.35 
 
 
330 aa  279  4e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0353  RNA methyltransferase TrmH family, group 3  51.09 
 
 
339 aa  274  2.0000000000000002e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0083  RNA methyltransferase  51.01 
 
 
250 aa  223  2e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3320  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.92 
 
 
315 aa  206  4e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000334493  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  41.54 
 
 
277 aa  204  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2285  TrmA family RNA methyltransferase  40.15 
 
 
323 aa  199  5e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.240402  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4413  RNA methyltransferase TrmH, group 3  41.5 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0265  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.29 
 
 
292 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0264  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.29 
 
 
292 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2629  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.26 
 
 
387 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.821515 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1155  RNA methyltransferase TrmH, group 3  46.22 
 
 
542 aa  192  7e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.623752  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15801  rRNA methylase  40.27 
 
 
536 aa  189  7e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0092  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  40.16 
 
 
245 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607271  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1336  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.63 
 
 
249 aa  187  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000822091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0196  RNA methyltransferase  43.62 
 
 
243 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000588208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0267  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  44.03 
 
 
246 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000223613  normal  0.011395 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0401  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.62 
 
 
246 aa  188  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000436094  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4146  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.39 
 
 
310 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0091  RNA methyltransferase  42.86 
 
 
247 aa  187  2e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00797863  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0091  RNA methyltransferase  42.86 
 
 
247 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.678867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0088  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  42.86 
 
 
247 aa  187  2e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000158072  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0087  TrmH family tRNA methyltransferase  42.86 
 
 
247 aa  187  2e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528227  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0112  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.86 
 
 
247 aa  187  2e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0011476  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0091  RNA methyltransferase  42.86 
 
 
247 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000227809  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0086  RNA methyltransferase  43.21 
 
 
247 aa  187  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0239075  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0122  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.86 
 
 
247 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000258465  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0102  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.86 
 
 
247 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.238e-61 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1304  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.08 
 
 
652 aa  187  3e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5214  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  42.45 
 
 
247 aa  187  3e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000196945  unclonable  9.19298e-26 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2734  RNA methyltransferase  37.04 
 
 
289 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1677  RNA methyltransferase  42.5 
 
 
251 aa  185  9e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.756814  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2420  RNA methyltransferase  36.63 
 
 
289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00228978  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2796  RNA methyltransferase  43.39 
 
 
242 aa  183  3e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.125421  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0086  RNA methyltransferase  41.56 
 
 
247 aa  183  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000284808  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2889  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  43.8 
 
 
248 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1462  RNA methyltransferase  42.98 
 
 
245 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0405731  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0851  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.49 
 
 
336 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.367945  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40 
 
 
349 aa  182  6e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.988579  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2313  RNA methyltransferase  40.16 
 
 
288 aa  182  7e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3322  RNA methyltransferase  42.92 
 
 
248 aa  182  7e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.752431  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1356  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.39 
 
 
250 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000394989  hitchhiker  8.416419999999999e-20 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09121  RNA methyltransferase TrmH, group 3  38.49 
 
 
335 aa  181  1e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09101  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.17 
 
 
334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0262  RNA methyltransferase TrmH, group 3  35.6 
 
 
416 aa  179  7e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09311  RNA methyltransferase TrmH, group 3  37.87 
 
 
442 aa  179  8e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0566162 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_06961  RNA methyltransferase TrmH, group 3  40.43 
 
 
413 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.1089  normal  0.124675 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0416  RNA methyltransferase  42.92 
 
 
246 aa  178  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.896719  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2119  RNA methyltransferase TrmH, group 3  42.46 
 
 
519 aa  177  2e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.383182 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1822  rRNA methylase  38.68 
 
 
249 aa  177  3e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0088  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  41.39 
 
 
246 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4711  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.75 
 
 
243 aa  175  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2481  RNA methyltransferase TrmH, group 3  44.49 
 
 
246 aa  175  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000314444  hitchhiker  0.00338936 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1474  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.75 
 
 
239 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0162513  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04047  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  45.28 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3813  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  45.28 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5696  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.28 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4651  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.28 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.326823 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3833  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.28 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000869352 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4740  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.28 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.504113  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04009  hypothetical protein  45.28 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4424  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.28 
 
 
243 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  50.52 
 
 
245 aa  173  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4637  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.28 
 
 
243 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4730  23S rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase  45.28 
 
 
243 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653349  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  45.5 
 
 
261 aa  173  3.9999999999999995e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>