More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0688 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_0688  ribosomal protein L3  100 
 
 		 219 aa  438  9.999999999999999e-123  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  76.67 
 
 		 219 aa  330  1e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  74.18 
 
 		 216 aa  326  1.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  73.11 
 
 		 219 aa  325  5e-88  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  70.95 
 
 		 216 aa  317  1e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2975  50S ribosomal protein L3  70.95 
 
 		 216 aa  315  3e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.454423  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  71.9 
 
 		 215 aa  315  5e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  72.56 
 
 		 217 aa  314  6e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  70.48 
 
 		 216 aa  314  7e-85  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2659  50S ribosomal protein L3  71.9 
 
 		 219 aa  310  1e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  69.44 
 
 		 226 aa  306  2.0000000000000002e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  70.28 
 
 		 219 aa  306  2.0000000000000002e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4315  50S ribosomal protein L3  70.67 
 
 		 219 aa  301  4.0000000000000003e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341518 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  67.43 
 
 		 219 aa  301  6.000000000000001e-81  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0582  50S ribosomal protein L3  67.14 
 
 		 235 aa  300  9e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  65.89 
 
 		 223 aa  300  1e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3923  50S ribosomal protein L3  69.71 
 
 		 219 aa  298  5e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3143  ribosomal protein L3  70.67 
 
 		 220 aa  295  3e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  70.53 
 
 		 221 aa  295  4e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  67.77 
 
 		 213 aa  291  4e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  68.1 
 
 		 216 aa  291  6e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  65.26 
 
 		 218 aa  290  8e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6049  50S ribosomal protein L3  65.71 
 
 		 236 aa  290  9e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.185718  normal  0.220559 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  67.14 
 
 		 220 aa  288  4e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  63.38 
 
 		 216 aa  286  2e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  68.25 
 
 		 218 aa  285  5e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  63.85 
 
 		 216 aa  284  5.999999999999999e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1185  50S ribosomal protein L3  68.84 
 
 		 220 aa  284  9e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  68.1 
 
 		 218 aa  283  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  67.14 
 
 		 217 aa  281  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  67.14 
 
 		 217 aa  281  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  67.14 
 
 		 217 aa  281  5.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  63.33 
 
 		 217 aa  278  7e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  62.26 
 
 		 222 aa  274  6e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  61.9 
 
 		 218 aa  273  1.0000000000000001e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  65.71 
 
 		 217 aa  271  6e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1707  50S ribosomal protein L3  59.62 
 
 		 213 aa  256  1e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00287886  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0255  50S ribosomal protein L3  58.41 
 
 		 216 aa  252  3e-66  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  50.97 
 
 		 206 aa  217  1e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  52.43 
 
 		 206 aa  214  9.999999999999999e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000608869  hitchhiker  0.0000000000269964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 		 214 aa  212  3.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 211 aa  211  4.9999999999999996e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  52.17 
 
 		 209 aa  210  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 		 212 aa  208  5e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1938  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 		 205 aa  207  1e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  50.73 
 
 		 209 aa  207  1e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  47.83 
 
 		 209 aa  205  5e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 209 aa  205  5e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  48.8 
 
 		 209 aa  204  6e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16240  LSU ribosomal protein L3P  54.37 
 
 		 206 aa  204  8e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0560879  hitchhiker  0.00000737829 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0398  ribosomal protein L3  48.54 
 
 		 213 aa  204  9e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 209 aa  203  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  50 
 
 		 206 aa  202  2e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  50.24 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  52.11 
 
 		 212 aa  202  3e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  52.4 
 
 		 207 aa  202  4e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 209 aa  202  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 209 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 		 209 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05715  50S ribosomal protein L3  48.28 
 
 		 205 aa  201  5e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.499117  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 		 210 aa  201  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 		 210 aa  201  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  50 
 
 		 214 aa  201  6e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 210 aa  201  6e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3162  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 206 aa  201  7e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.596382 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 		 210 aa  201  7e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 211 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 		 210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  49.28 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2333  50S ribosomal protein L3  44.5 
 
 		 212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000241734  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 		 211 aa  199  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0715  ribosomal protein L3  49.28 
 
 		 204 aa  199  3e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 		 210 aa  199  3e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  51.43 
 
 		 214 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1147  50S ribosomal protein L3  48.02 
 
 		 205 aa  199  3e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000530687  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  49.52 
 
 		 211 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 209 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 209 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000330914  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 209 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 213 aa  198  3.9999999999999996e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 209 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000142393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 209 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145749  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  48.76 
 
 		 213 aa  198  5e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  48.83 
 
 		 211 aa  198  6e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0602  ribosomal protein L3  48.51 
 
 		 205 aa  198  6e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>