More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0487 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  47.88 
 
 
858 aa  721    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2193  DNA topoisomerase I  46.96 
 
 
883 aa  739    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  55.84 
 
 
954 aa  947    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3876  DNA topoisomerase I  58.41 
 
 
968 aa  976    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  53.24 
 
 
943 aa  899    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.563129 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35810  DNA topoisomerase I  59.55 
 
 
921 aa  1018    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.203227 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32680  DNA topoisomerase I  65.68 
 
 
962 aa  1159    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  66.45 
 
 
913 aa  1192    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0487  DNA topoisomerase I  100 
 
 
963 aa  1924    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.957852  decreased coverage  0.00303001 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0738  DNA topoisomerase I  56.9 
 
 
978 aa  944    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0575  DNA topoisomerase I  55.58 
 
 
1031 aa  978    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0309  DNA topoisomerase I  59.08 
 
 
1023 aa  995    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.23063 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2784  DNA topoisomerase I  57.65 
 
 
906 aa  976    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1768  DNA topoisomerase I  44.59 
 
 
968 aa  703    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  61.72 
 
 
904 aa  1079    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0030  DNA topoisomerase I  48.34 
 
 
881 aa  749    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9223  DNA topoisomerase  57.99 
 
 
883 aa  962    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0571  DNA topoisomerase I  66.45 
 
 
907 aa  1138    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.600151  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1765  DNA topoisomerase I  47.78 
 
 
899 aa  721    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.125266  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0597  DNA topoisomerase I  47.49 
 
 
899 aa  722    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.577445  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  57.61 
 
 
926 aa  966    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3469  DNA topoisomerase I  57.67 
 
 
891 aa  986    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.661677  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  47.8 
 
 
877 aa  734    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3274  DNA topoisomerase I  47.08 
 
 
910 aa  753    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.384669 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0435  DNA topoisomerase I  45.58 
 
 
868 aa  662    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  48.55 
 
 
883 aa  766    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  59.14 
 
 
946 aa  1014    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4305  DNA topoisomerase I  56.54 
 
 
1049 aa  993    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18080  DNA topoisomerase I  61.58 
 
 
944 aa  1092    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5182  DNA topoisomerase I  56.71 
 
 
957 aa  953    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00490347 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13675  DNA topoisomerase I  57.36 
 
 
934 aa  961    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000348117  normal  0.0874905 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04911  DNA topoisomerase I  44.6 
 
 
868 aa  664    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.425235  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2001  DNA topoisomerase I  51.99 
 
 
964 aa  859    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4796  DNA topoisomerase I  56.71 
 
 
957 aa  953    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04331  DNA topoisomerase I  45.74 
 
 
899 aa  696    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0369496  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  47.8 
 
 
877 aa  734    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  64.99 
 
 
923 aa  1139    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04601  DNA topoisomerase I  44.82 
 
 
868 aa  668    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  47.79 
 
 
874 aa  791    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4408  DNA topoisomerase I  52.59 
 
 
949 aa  881    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0610462 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25040  DNA topoisomerase I  61.55 
 
 
963 aa  1125    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1273  DNA topoisomerase  53.96 
 
 
948 aa  927    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.188892 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06301  DNA topoisomerase I  46.98 
 
 
916 aa  675    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.059761 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1276  topoisomerase I  53.1 
 
 
1028 aa  891    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8444  DNA topoisomerase I  60.63 
 
 
944 aa  1041    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0264145 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1921  DNA topoisomerase I  49.95 
 
 
850 aa  803    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  47.75 
 
 
872 aa  770    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0497  DNA topoisomerase I  53.91 
 
 
919 aa  892    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.324618  normal  0.923376 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3355  DNA topoisomerase I  61.47 
 
 
911 aa  1085    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0291  DNA topoisomerase I  58.49 
 
 
923 aa  1013    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0344  DNA topoisomerase I  64.7 
 
 
924 aa  1124    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1394  DNA topoisomerase I  55.87 
 
 
941 aa  942    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.590373 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1972  DNA topoisomerase I  56.88 
 
 
898 aa  937    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3149  DNA topoisomerase I  61.7 
 
 
912 aa  1089    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04981  DNA topoisomerase I  45.36 
 
 
870 aa  671    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.225706  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0378  DNA topoisomerase I  58.69 
 
 
905 aa  980    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.381193  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  46.45 
 
 
895 aa  723    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4882  DNA topoisomerase I  56.71 
 
 
957 aa  953    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.010742 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04911  DNA topoisomerase I  44.59 
 
 
968 aa  705    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.624674 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5396  DNA topoisomerase I  56.22 
 
 
955 aa  949    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.585871  normal  0.0823046 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  40.23 
 
 
909 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  41.38 
 
 
849 aa  556  1e-157  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  38.94 
 
 
894 aa  555  1e-156  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  38.83 
 
 
869 aa  555  1e-156  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  40.23 
 
 
901 aa  551  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  40 
 
 
849 aa  552  1e-155  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  38.79 
 
 
914 aa  547  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  39.71 
 
 
910 aa  548  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  39.71 
 
 
910 aa  547  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  39.13 
 
 
904 aa  543  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  39.36 
 
 
857 aa  536  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  39.8 
 
 
915 aa  538  1e-151  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  37.93 
 
 
885 aa  534  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  38.97 
 
 
888 aa  535  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  40.5 
 
 
880 aa  534  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  38.57 
 
 
884 aa  531  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  38.67 
 
 
884 aa  532  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  37.9 
 
 
877 aa  525  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1005  DNA topoisomerase I  39.41 
 
 
894 aa  525  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.387965  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  38.53 
 
 
913 aa  524  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  38.98 
 
 
907 aa  523  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  38.13 
 
 
845 aa  524  1e-147  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  40.13 
 
 
884 aa  522  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  40.13 
 
 
884 aa  521  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  39.04 
 
 
924 aa  520  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  37.69 
 
 
877 aa  521  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3826  DNA topoisomerase I  40.58 
 
 
852 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.801079  normal  0.0383535 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  38.66 
 
 
911 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  40.88 
 
 
859 aa  518  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  39.12 
 
 
936 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  39.67 
 
 
851 aa  514  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  37.64 
 
 
900 aa  507  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  39.15 
 
 
911 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  38.28 
 
 
867 aa  508  9.999999999999999e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  40.41 
 
 
854 aa  507  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  39.14 
 
 
823 aa  506  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  38.21 
 
 
830 aa  505  1e-141  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  39.16 
 
 
916 aa  506  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  39.46 
 
 
922 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  38.86 
 
 
914 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>