185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0115 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0115  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
478 aa  970  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132691  normal  0.193469 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3623  extracellular solute-binding protein family 1  52.38 
 
 
442 aa  470  1e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00170169  normal  0.0768086 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5608  extracellular solute-binding protein family 1  54.66 
 
 
427 aa  446  1e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.959607  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6532  extracellular solute-binding protein family 1  53.43 
 
 
427 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0178193 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3613  extracellular solute-binding protein family 1  49.02 
 
 
429 aa  386  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.249837  normal  0.747368 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4889  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.27 
 
 
429 aa  118  2e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.278868  normal  0.377169 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2914  extracellular solute-binding protein family 1  28.08 
 
 
440 aa  103  8e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0237  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 
444 aa  100  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.368483 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  24.08 
 
 
423 aa  97.8  4e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  27.88 
 
 
417 aa  89  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 
408 aa  88.2  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.92518e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  29.2 
 
 
444 aa  87  7e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
408 aa  80.9  5e-14  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.09 
 
 
458 aa  80.1  7e-14  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.197851  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  25.41 
 
 
424 aa  79  2e-13  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3350  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 
461 aa  79  2e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.87 
 
 
434 aa  79.3  2e-13  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  26.12 
 
 
422 aa  75.9  2e-12  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4547  extracellular solute-binding protein  27.41 
 
 
423 aa  75.5  2e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.909678  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  26.07 
 
 
434 aa  74.7  3e-12  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
419 aa  74.3  4e-12  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  3.95876e-05 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  30.73 
 
 
456 aa  73.9  5e-12  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 
420 aa  71.2  4e-11  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  27.86 
 
 
470 aa  70.9  5e-11  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 
429 aa  68.9  2e-10  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  21.69 
 
 
414 aa  68.2  3e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  24.94 
 
 
410 aa  67.4  5e-10  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 
431 aa  67.8  5e-10  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  25.12 
 
 
413 aa  66.6  1e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  25.12 
 
 
399 aa  66.2  1e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 
452 aa  66.6  1e-09  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.22 
 
 
380 aa  65.5  2e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  25.3 
 
 
425 aa  65.9  2e-09  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 
408 aa  64.3  4e-09  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2265  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 
418 aa  63.5  7e-09  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 
427 aa  62.4  2e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 
631 aa  62.4  2e-08  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 
434 aa  62.4  2e-08  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  31.45 
 
 
442 aa  61.2  4e-08  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 
427 aa  61.2  4e-08  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4059  extracellular solute-binding protein family 1  29.65 
 
 
440 aa  61.2  4e-08  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  25.88 
 
 
437 aa  60.8  5e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  26.21 
 
 
434 aa  60.8  5e-08  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 
427 aa  60.8  5e-08  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4609  extracellular solute-binding protein family 1  26.27 
 
 
427 aa  60.5  6e-08  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.72 
 
 
436 aa  60.5  6e-08  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3675  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 
447 aa  60.1  8e-08  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4033  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 
429 aa  60.1  8e-08  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 
445 aa  59.3  1e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 
419 aa  58.2  4e-07  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  25.56 
 
 
427 aa  57.8  4e-07  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6933  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.49 
 
 
412 aa  57  7e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0038808  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 
445 aa  56.2  1e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  22.95 
 
 
423 aa  56.6  1e-06  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 
455 aa  55.5  2e-06  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 
415 aa  55.5  2e-06  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  27.83 
 
 
428 aa  55.8  2e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
452 aa  55.1  3e-06  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2657  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 
422 aa  55.1  3e-06  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  1.00934e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0996  extracellular solute-binding protein family 1  22.67 
 
 
455 aa  55.1  3e-06  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 
424 aa  55.1  3e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1485  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  22.09 
 
 
429 aa  54.7  4e-06  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 
417 aa  54.3  4e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  26.81 
 
 
466 aa  54.7  4e-06  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3285  hypothetical protein  25.32 
 
 
431 aa  54.3  5e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.339711  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4454  extracellular solute-binding protein family 1  27.23 
 
 
466 aa  54.3  5e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 
412 aa  53.9  6e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 
412 aa  53.9  6e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3246  extracellular solute-binding protein family 1  25.55 
 
 
443 aa  53.5  8e-06  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.53 
 
 
427 aa  52.8  1e-05  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  22.82 
 
 
412 aa  52.8  1e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0998  extracellular solute-binding protein family 1  22.49 
 
 
451 aa  52.8  1e-05  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 
417 aa  52.8  1e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  21.92 
 
 
412 aa  52.8  1e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 
415 aa  53.1  1e-05  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  27.18 
 
 
431 aa  53.1  1e-05  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  2.38529e-08  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 
433 aa  52  2e-05  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 
424 aa  51.6  3e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06560  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.47 
 
 
453 aa  51.6  3e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2983  extracellular solute-binding protein family 1  29.11 
 
 
425 aa  52  3e-05  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1494  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  21.74 
 
 
438 aa  51.6  3e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24620  carbohydrate-binding protein  23.7 
 
 
424 aa  51.6  3e-05  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  23.74 
 
 
454 aa  51.6  3e-05  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03920  carbohydrate-binding protein  27.75 
 
 
437 aa  51.2  4e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1490  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26.46 
 
 
442 aa  51.2  4e-05  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.095095  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16660  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.67 
 
 
406 aa  50.8  5e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.613471  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  21.5 
 
 
444 aa  50.4  6e-05  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  3.99953e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  23.23 
 
 
411 aa  50.8  6e-05  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  20.72 
 
 
441 aa  50.8  6e-05  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
435 aa  50.4  7e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0127  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 
442 aa  50.4  7e-05  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5441  extracellular solute-binding protein family 1  24.56 
 
 
452 aa  50.4  7e-05  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2906  extracellular solute-binding protein family 1  28.44 
 
 
419 aa  50.4  7e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194008  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  28.7 
 
 
415 aa  50.4  7e-05  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 
414 aa  50.4  8e-05  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  29.19 
 
 
412 aa  50.4  8e-05  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
440 aa  50.1  9e-05  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2646  extracellular solute-binding protein family 1  26.85 
 
 
419 aa  50.1  9e-05  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0628324  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
435 aa  49.7  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3860  extracellular solute-binding protein family 1  22.08 
 
 
463 aa  49.7  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.952749  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>