More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0036 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0036  diguanylate cyclase  100 
 
 
394 aa  754  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0492  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.5 
 
 
754 aa  122  2e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.32 
 
 
612 aa  117  4e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.1 
 
 
450 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  43.85 
 
 
817 aa  116  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  43.85 
 
 
817 aa  115  1e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.866609 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  40.27 
 
 
701 aa  115  2e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.47 
 
 
686 aa  113  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.8 
 
 
687 aa  113  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.25746  normal  0.789676 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.31 
 
 
745 aa  112  8e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.43 
 
 
763 aa  112  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0233  cyclic nucleotide-binding protein  38.38 
 
 
592 aa  112  1e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  8.91781e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  40.64 
 
 
523 aa  112  1e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
442 aa  112  1e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.36 
 
 
884 aa  110  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36 
 
 
1093 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.72 
 
 
833 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  35.68 
 
 
923 aa  110  4e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5060  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.45 
 
 
838 aa  110  5e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.08 
 
 
1327 aa  110  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.43 
 
 
905 aa  110  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.75 
 
 
898 aa  110  6e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.96 
 
 
832 aa  109  8e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.92 
 
 
764 aa  109  9e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  42.55 
 
 
572 aa  109  9e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 
862 aa  109  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00808  hypothetical protein  40.21 
 
 
578 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.68 
 
 
652 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.05 
 
 
921 aa  108  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  40.64 
 
 
513 aa  109  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5045  diguanylate cyclase  42.31 
 
 
400 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.68 
 
 
652 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1028  diguanylate cyclase  41.76 
 
 
421 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306514  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.5 
 
 
693 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.36 
 
 
828 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.532868  normal  0.92327 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  31.27 
 
 
614 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.94 
 
 
693 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.21 
 
 
818 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.376785  normal  0.0371729 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.26 
 
 
571 aa  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
718 aa  107  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.73 
 
 
1054 aa  107  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  38.97 
 
 
627 aa  107  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  1.17316e-05 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3580  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.43 
 
 
873 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.22 
 
 
508 aa  106  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37 
 
 
716 aa  106  6e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.7 
 
 
1101 aa  106  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.83 
 
 
1665 aa  106  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  33.67 
 
 
961 aa  106  8e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4198  diguanylate cyclase  39.9 
 
 
514 aa  105  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0953262  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.62 
 
 
717 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.58 
 
 
919 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3769  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.89 
 
 
732 aa  105  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  40.11 
 
 
612 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2379  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.17 
 
 
573 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  36.98 
 
 
873 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  34.33 
 
 
703 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0429  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.97 
 
 
874 aa  105  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3683  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.02 
 
 
564 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.280959 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.81 
 
 
1413 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2686  diguanylate cyclase  37 
 
 
556 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.8 
 
 
700 aa  104  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.133326  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.58 
 
 
758 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.58 
 
 
770 aa  104  3e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.15856e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  40.31 
 
 
803 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  35.29 
 
 
792 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3867  diguanylate cyclase  38.54 
 
 
700 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200227 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05220  diguanylate cyclase  34.44 
 
 
501 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.141837  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2963  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.7 
 
 
1251 aa  103  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.246733 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1983  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.42 
 
 
1353 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.103002  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
496 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.84 
 
 
694 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.26 
 
 
331 aa  103  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2039  diguanylate cyclase  47.33 
 
 
432 aa  103  5e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  3.19282e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  37.8 
 
 
601 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5454  RNase II stability modulator  36.9 
 
 
689 aa  103  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  38.5 
 
 
425 aa  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5159  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.4 
 
 
750 aa  103  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0655785  normal  0.0151156 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.15 
 
 
949 aa  103  6e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4411  GAF domain/GGDEF domain/EAL domain-containing protein  36.02 
 
 
831 aa  103  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.523822  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  38.5 
 
 
436 aa  103  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.78 
 
 
292 aa  103  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  8.80766e-10 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3142  diguanylate cyclase  36.27 
 
 
566 aa  103  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.429492  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.99 
 
 
778 aa  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0575  diguanylate cyclase  39.23 
 
 
586 aa  103  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  38.5 
 
 
433 aa  103  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3854  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.67 
 
 
516 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.353141  normal  0.927825 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.36 
 
 
883 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.660449  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.12 
 
 
760 aa  103  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.67 
 
 
516 aa  103  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.44489 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.47 
 
 
874 aa  102  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  35.82 
 
 
737 aa  103  8e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8066  hypothetical protein  36.98 
 
 
314 aa  103  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0556463  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  45.67 
 
 
653 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0186  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.16 
 
 
740 aa  102  9e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.789311  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.77 
 
 
726 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.75 
 
 
1107 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0330  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.76 
 
 
679 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  31.89 
 
 
768 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.5 
 
 
1143 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3943  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
495 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>