More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0007 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011831  Cagg_2331  DNA gyrase, A subunit  48.71 
 
 
824 aa  745  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.772308  hitchhiker  0.00342265 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4482  DNA gyrase, A subunit  46.31 
 
 
906 aa  727  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2498  DNA gyrase subunit A  44.92 
 
 
878 aa  712  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2512  DNA gyrase subunit A  45.04 
 
 
878 aa  716  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0982635 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2457  DNA gyrase subunit A  45.04 
 
 
878 aa  716  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0910619  normal  0.208896 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0096  DNA gyrase, A subunit  48.35 
 
 
827 aa  745  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180112  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0137  DNA gyrase, A subunit  47.25 
 
 
826 aa  751  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0125  DNA gyrase, A subunit  46.56 
 
 
828 aa  753  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  5.07659e-05  decreased coverage  0.00116524 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0828  hypothetical protein  43.91 
 
 
816 aa  709  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.725746 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1431  DNA gyrase subunit A  66.4 
 
 
883 aa  1154  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0027  DNA gyrase, A subunit  47.32 
 
 
848 aa  744  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000124476  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0103  DNA gyrase, A subunit  48.39 
 
 
828 aa  783  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  9.29696e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0008  DNA gyrase subunit A  48.4 
 
 
807 aa  797  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.425562  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00734  DNA gyrase subunit A  43.3 
 
 
898 aa  676  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.942934  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0771  DNA gyrase subunit A  44.86 
 
 
889 aa  721  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.380841  hitchhiker  0.00768544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3009  DNA gyrase subunit A  45.18 
 
 
878 aa  714  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.354996  normal  0.0330044 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2606  DNA gyrase subunit A  44.59 
 
 
875 aa  698  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0005  DNA gyrase, A subunit  47.92 
 
 
836 aa  764  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2408  DNA gyrase subunit A  45.04 
 
 
878 aa  716  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000367831  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2616  DNA gyrase subunit A  45.04 
 
 
878 aa  716  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.341614 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0006  DNA gyrase, A subunit  48.39 
 
 
828 aa  792  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0006  DNA gyrase subunit A  49.75 
 
 
823 aa  785  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5314  DNA gyrase subunit A  49.63 
 
 
823 aa  786  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0584522  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2084  DNA gyrase, A subunit  45.76 
 
 
812 aa  725  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0894  DNA gyrase, A subunit  45.25 
 
 
845 aa  704  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4667  DNA gyrase subunit A  45.48 
 
 
853 aa  731  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0561  DNA gyrase subunit A  44.99 
 
 
857 aa  715  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0006  DNA gyrase subunit A  48.9 
 
 
823 aa  787  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.182786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2058  DNA gyrase, A subunit  44.62 
 
 
916 aa  704  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000369381  unclonable  6.93229e-12 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3041  DNA gyrase subunit A  46.41 
 
 
883 aa  724  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.894078  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1263  DNA gyrase, A subunit  43.3 
 
 
808 aa  682  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0006  DNA gyrase subunit A  49.88 
 
 
823 aa  789  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00261664  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0088  DNA gyrase subunit A  44.42 
 
 
844 aa  706  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3365  DNA gyrase subunit A  44.47 
 
 
875 aa  696  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329132  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1767  DNA gyrase subunit A  45.38 
 
 
885 aa  718  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1016  DNA gyrase, A subunit  45.25 
 
 
845 aa  704  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  9.44183e-11 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0006  DNA gyrase, A subunit  47.36 
 
 
840 aa  737  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  9.48225e-06 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0738  DNA gyrase subunit A  44.66 
 
 
859 aa  716  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.958835  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2042  DNA gyrase subunit A  43.75 
 
 
893 aa  703  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.430376  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2404  DNA gyrase, A subunit  44.74 
 
 
916 aa  706  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00637691  unclonable  1.91603e-05 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11271  DNA gyrase subunit A  44.44 
 
 
881 aa  674  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.865928 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4627  DNA gyrase, A subunit  50.98 
 
 
827 aa  776  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.116338  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0008  DNA gyrase subunit A  67.16 
 
 
839 aa  1115  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  1.16309e-06 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0673  DNA gyrase, A subunit  48.46 
 
 
830 aa  747  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.24756e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0007  DNA gyrase subunit A  66.87 
 
 
837 aa  1103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.822047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2067  DNA gyrase, A subunit  44.91 
 
 
903 aa  712  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0392339  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3269  DNA gyrase subunit A  43.62 
 
 
882 aa  702  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00267185  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2303  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  44.06 
 
 
904 aa  713  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.55743e-05 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0843  DNA gyrase subunit A  44.28 
 
 
873 aa  676  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.462106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2526  DNA gyrase subunit A  44.59 
 
 
875 aa  698  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2371  DNA gyrase subunit A  44.47 
 
 
875 aa  697  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02730  DNA gyrase subunit A  45.85 
 
 
878 aa  723  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0328  DNA gyrase, A subunit  49.63 
 
 
823 aa  734  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1459  DNA gyrase subunit A  45.31 
 
 
873 aa  679  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.371947  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1244  DNA gyrase subunit A  43.91 
 
 
875 aa  697  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0006  DNA gyrase, A subunit  48.89 
 
 
899 aa  791  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4719  DNA gyrase subunit A  43.88 
 
 
888 aa  699  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.902316 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2264  DNA gyrase subunit A  44.6 
 
 
867 aa  719  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0658  DNA gyrase, A subunit  44.66 
 
 
830 aa  687  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0920  DNA gyrase subunit A  45.52 
 
 
867 aa  723  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0820357 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1315  DNA gyrase subunit A  43.2 
 
 
902 aa  686  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  8.57491e-07  decreased coverage  3.46296e-25 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0959  DNA gyrase subunit A  44.91 
 
 
885 aa  697  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2123  DNA gyrase subunit A  43.75 
 
 
893 aa  703  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.155054  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0999  DNA gyrase subunit A  45.73 
 
 
851 aa  723  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2306  DNA gyrase, A subunit  42.68 
 
 
905 aa  696  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0379216  hitchhiker  1.00846e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1374  DNA gyrase subunit A  42.31 
 
 
923 aa  686  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2379  DNA gyrase subunit A  44.47 
 
 
875 aa  695  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.076856  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1420  DNA gyrase subunit A  44.47 
 
 
875 aa  695  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  4.67679e-06 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2846  DNA gyrase subunit A  45.05 
 
 
897 aa  709  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215176  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0008  DNA gyrase, A subunit  48.71 
 
 
812 aa  754  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  8.00696e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1358  DNA gyrase subunit A  42.5 
 
 
921 aa  681  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.832857  normal  0.422434 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0010  DNA gyrase, A subunit  48.28 
 
 
807 aa  773  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0200618  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0006  DNA gyrase subunit A  49.81 
 
 
823 aa  786  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0500902  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1310  DNA gyrase subunit A  45.05 
 
 
885 aa  709  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0388177  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1633  DNA gyrase, A subunit  43.65 
 
 
829 aa  676  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0894525  normal  0.0126179 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0531  DNA gyrase subunit A  43.27 
 
 
869 aa  693  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.897683  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0272  DNA gyrase, A subunit  46.22 
 
 
816 aa  678  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00337054  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00070  DNA gyrase subunit A  73.53 
 
 
883 aa  1257  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0008  DNA gyrase, A subunit  44.05 
 
 
819 aa  700  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163769  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1259  DNA gyrase, A subunit  44.96 
 
 
870 aa  692  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0323  DNA gyrase, A subunit  45.28 
 
 
846 aa  682  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.175043  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0007  DNA gyrase, A subunit  70.32 
 
 
839 aa  1188  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2192  DNA gyrase, A subunit  45.82 
 
 
853 aa  701  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003111  DNA gyrase subunit A  43.98 
 
 
906 aa  717  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00046231  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0006  DNA gyrase, A subunit  64.45 
 
 
827 aa  1090  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1339  DNA gyrase, A subunit  46.39 
 
 
864 aa  716  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0126105  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3211  DNA gyrase subunit A  45.09 
 
 
879 aa  719  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0006  DNA gyrase subunit A  50.99 
 
 
818 aa  783  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0006  DNA gyrase, A subunit  48.71 
 
 
802 aa  747  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.540811  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0008  DNA gyrase subunit A  64.93 
 
 
831 aa  1085  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2473  DNA gyrase, A subunit  45.98 
 
 
809 aa  725  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0007  DNA gyrase, A subunit  47.57 
 
 
811 aa  768  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1067  DNA gyrase, A subunit  48.96 
 
 
809 aa  737  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0007  DNA gyrase, A subunit  74.39 
 
 
856 aa  1216  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1512  DNA gyrase, A subunit  47.06 
 
 
809 aa  735  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.257014  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11138  DNA gyrase A subunit  45.08 
 
 
848 aa  756  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185535  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2474  DNA gyrase, A subunit  45.24 
 
 
805 aa  696  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  1.72995e-05  decreased coverage  0.00702489 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0007  DNA gyrase, A subunit  68.36 
 
 
870 aa  1137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0197472 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0007  DNA gyrase subunit A  68.71 
 
 
834 aa  1167  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.612132  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0010  DNA gyrase, A subunit  63.2 
 
 
837 aa  1088  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.783048  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>