207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0004 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.889028 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  93.98 
 
 		 83 bp  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  95.71 
 
 		 83 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  95.65 
 
 		 83 bp  113  7.000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0003  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00190656 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0003  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  107  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0003  tRNA-Leu  92.54 
 
 		 83 bp  93.7  6e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  92.96 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0035  tRNA-Leu  92.96 
 
 		 84 bp  93.7  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0037  tRNA-Leu  92.96 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  normal  0.020013 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  89.7  9e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  89.7  9e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  89.7  9e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 86 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  89.7  9e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0036  tRNA-Leu  91.55 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0619619  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0037  tRNA-Leu  91.55 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0612357  normal  0.0343105 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  91.55 
 
 		 84 bp  85.7  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13650  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00181798  normal  0.743101 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  90.28 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0040  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0360515  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0038  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000434442 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 88 bp  79.8  0.00000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  90.41 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0003  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0112279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0056  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.177317  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0003  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0033  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.34016  normal  0.730319 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  92.45 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0028  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.380759  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  90.28 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0030  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0040  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00145069  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0027  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.994542  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  92.73 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0024  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.478295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0029  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0024  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0036  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0003  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0003    88.06 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0039  tRNA-Leu  84.81 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0003  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.337564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0003  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.257366  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0055  tRNA-Leu  86.57 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0868413 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  86.3 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0002  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0063  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 89 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 86 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0003  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 86 bp  60  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 86 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0072  tRNA-Leu  89.04 
 
 		 89 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20010  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  88.46 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0025  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.316898  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>