More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2537 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2537  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 1072 aa  2162    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.95 
 
 		 459 aa  331  5.0000000000000004e-89  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.61093  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11423  probable diaminopimelate decarboxylase  32.98 
 
 		 470 aa  279  2e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3904  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.72 
 
 		 467 aa  179  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3685  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.2 
 
 		 482 aa  152  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.429983  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0632  putative ornithine/diaminopimelate PLP dependent decarboxylase  29.21 
 
 		 456 aa  146  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3753  diaminopimelate decarboxylase  29.45 
 
 		 432 aa  122  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0331776  normal  0.212108 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4291  hypothetical protein  27.11 
 
 		 483 aa  118  6.9999999999999995e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.814822  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  28.63 
 
 		 401 aa  92.4  4e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  28.7 
 
 		 430 aa  90.9  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  27.16 
 
 		 433 aa  89.4  3e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  24.25 
 
 		 425 aa  84  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  28.88 
 
 		 412 aa  83.6  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  26.81 
 
 		 429 aa  83.6  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  28.27 
 
 		 432 aa  83.6  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  27.2 
 
 		 412 aa  82.4  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  30.22 
 
 		 430 aa  82  0.00000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 		 402 aa  82  0.00000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  28.15 
 
 		 430 aa  81.6  0.00000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  23.73 
 
 		 436 aa  80.9  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 		 402 aa  81.3  0.0000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3018  hypothetical protein  30.37 
 
 		 603 aa  81.3  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0249937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0823  hypothetical protein  29.49 
 
 		 651 aa  80.9  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03600  hypothetical protein  28.81 
 
 		 651 aa  80.5  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  27.8 
 
 		 423 aa  80.5  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  24.68 
 
 		 402 aa  79.3  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  29.96 
 
 		 443 aa  79  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  21.98 
 
 		 420 aa  78.6  0.0000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  27.07 
 
 		 403 aa  78.6  0.0000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  27 
 
 		 416 aa  78.2  0.0000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  26.84 
 
 		 407 aa  78.2  0.0000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  29.05 
 
 		 451 aa  77.8  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  23.2 
 
 		 436 aa  78.2  0.0000000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2744  hypothetical protein  29.17 
 
 		 580 aa  78.2  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0706789  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  28.02 
 
 		 432 aa  77.4  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  28.63 
 
 		 416 aa  77.4  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  27.8 
 
 		 423 aa  77.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  26.83 
 
 		 418 aa  77.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  25.43 
 
 		 416 aa  77.8  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  27.78 
 
 		 399 aa  76.6  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  29.07 
 
 		 420 aa  76.6  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  29.07 
 
 		 443 aa  77  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  23.62 
 
 		 414 aa  76.6  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  22.49 
 
 		 435 aa  76.6  0.000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  22.94 
 
 		 416 aa  76.3  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11418  hypothetical protein  25.17 
 
 		 580 aa  75.9  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.227142  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  26.46 
 
 		 422 aa  76.3  0.000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0676  hypothetical protein  28.38 
 
 		 659 aa  75.9  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.758616  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1473  diaminopimelate decarboxylase  22.75 
 
 		 436 aa  75.5  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  25 
 
 		 445 aa  75.5  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  28.72 
 
 		 419 aa  75.1  0.000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  26.16 
 
 		 422 aa  75.1  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  26.39 
 
 		 435 aa  74.7  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0238  diaminopimelate decarboxylase  29.75 
 
 		 414 aa  74.3  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.24058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1859  FAD(NAD)-dependent oxidoreductase  23.02 
 
 		 623 aa  74.3  0.00000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  30.93 
 
 		 415 aa  73.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0666  diaminopimelate decarboxylase  24.57 
 
 		 434 aa  73.2  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  24.27 
 
 		 416 aa  72.8  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  26.67 
 
 		 415 aa  73.2  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  26.83 
 
 		 434 aa  72.4  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  26.55 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  25.65 
 
 		 403 aa  72.8  0.00000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  25.17 
 
 		 427 aa  72.4  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1101  diaminopimelate decarboxylase  23.55 
 
 		 457 aa  72.4  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  30.74 
 
 		 414 aa  72  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  30.74 
 
 		 414 aa  72  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  28.14 
 
 		 420 aa  72  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2176  diaminopimelate decarboxylase  28.34 
 
 		 430 aa  72  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  27.39 
 
 		 419 aa  72  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0732  diaminopimelate decarboxylase  26.03 
 
 		 443 aa  72  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0125  diaminopimelate decarboxylase  27.43 
 
 		 417 aa  71.6  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.788285  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  30 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.34 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  28.27 
 
 		 422 aa  71.2  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1050  hypothetical protein  27.64 
 
 		 618 aa  71.6  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.526264  normal  0.107352 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  29.26 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  28.82 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1600  diaminopimelate decarboxylase  27.55 
 
 		 422 aa  70.9  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.458641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  26.67 
 
 		 417 aa  70.9  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0351  diaminopimelate decarboxylase  26.96 
 
 		 420 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  27.07 
 
 		 427 aa  70.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0050  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 		 423 aa  70.1  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  22.66 
 
 		 433 aa  70.1  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  26.2 
 
 		 427 aa  69.7  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  30.33 
 
 		 414 aa  69.7  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3377  diaminopimelate decarboxylase  27.97 
 
 		 452 aa  69.7  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411773  normal  0.115373 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  30.33 
 
 		 414 aa  69.7  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0314  diaminopimelate decarboxylase  31.63 
 
 		 417 aa  68.9  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2505  diaminopimelate decarboxylase  21.43 
 
 		 402 aa  69.3  0.0000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.296438  normal  0.747447 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3606  diaminopimelate decarboxylase  27.71 
 
 		 420 aa  69.3  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00198954  hitchhiker  0.0000000450016 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  27.97 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  25.73 
 
 		 415 aa  68.9  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  25.73 
 
 		 415 aa  68.9  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  25.73 
 
 		 415 aa  68.6  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  29.67 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0992  diaminopimelate decarboxylase  24.47 
 
 		 427 aa  68.6  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1721  diaminopimelate decarboxylase  28.32 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  26.29 
 
 		 421 aa  68.2  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3031  diaminopimelate decarboxylase  26.29 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  28.4 
 
 		 414 aa  67.8  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>