More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2407 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2407  mandelate racemase/muconate-lactonizing protein  100 
 
 		 409 aa  842    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360808  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2983  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.38 
 
 		 411 aa  667    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0331585  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3318  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  79.17 
 
 		 411 aa  677    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0708913 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  85.33 
 
 		 409 aa  753    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0504  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  86.8 
 
 		 409 aa  739    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03730  D-mannonate dehydratase  70.39 
 
 		 411 aa  614  1e-175  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.723045 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4132  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  70.42 
 
 		 407 aa  608  1e-173  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0168136  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4403  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.59 
 
 		 406 aa  599  1e-170  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.73485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01410  D-mannonate dehydratase  64.98 
 
 		 412 aa  559  1e-158  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  56.97 
 
 		 404 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  56.97 
 
 		 404 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.97 
 
 		 404 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.05 
 
 		 405 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.97 
 
 		 404 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  56.97 
 
 		 404 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  56.97 
 
 		 404 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  56.97 
 
 		 404 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.48 
 
 		 404 aa  513  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  58.44 
 
 		 402 aa  511  1e-144  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3563  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.48 
 
 		 404 aa  514  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.851149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3278  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  60.15 
 
 		 403 aa  510  1e-143  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.75 
 
 		 404 aa  509  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1036  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.72 
 
 		 404 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0048  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.09 
 
 		 405 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.396103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.75 
 
 		 404 aa  505  9.999999999999999e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0487555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0802  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.99 
 
 		 404 aa  503  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1675  starvation sensing protein RspA  56.23 
 
 		 404 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1607  starvation sensing protein RspA  56.48 
 
 		 404 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1834  starvation sensing protein RspA  56.23 
 
 		 404 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.768737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1616  starvation sensing protein RspA  56.23 
 
 		 404 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4722  Galactonate dehydratase  57.21 
 
 		 402 aa  500  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44454  normal  0.932737 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  55.99 
 
 		 404 aa  500  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.71 
 
 		 402 aa  501  1e-140  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.48 
 
 		 403 aa  500  1e-140  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1835  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.09 
 
 		 403 aa  498  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0553665 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4500  starvation sensing protein  54.52 
 
 		 404 aa  496  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.244455  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0510  starvation sensing protein RspA  57.46 
 
 		 402 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.631035  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.21 
 
 		 404 aa  492  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3978  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  56.34 
 
 		 403 aa  492  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.610383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  57.99 
 
 		 402 aa  494  9.999999999999999e-139  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2883  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.32 
 
 		 403 aa  494  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0617503  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2096  starvation sensing protein RspA  57.46 
 
 		 402 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2001  starvation sensing protein RspA  57.46 
 
 		 402 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.97 
 
 		 402 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2128  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.99 
 
 		 402 aa  489  1e-137  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1427  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.75 
 
 		 403 aa  488  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.97 
 
 		 402 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0766  starvation sensing protein RspA  56.97 
 
 		 402 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0583  starvation sensing protein RspA  56.97 
 
 		 402 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0980874  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3561  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.34 
 
 		 431 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0694  starvation sensing protein RspA  56.97 
 
 		 402 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.58786  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1648  starvation sensing protein RspA  56.97 
 
 		 402 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0037  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.5 
 
 		 403 aa  487  1e-136  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1693  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.21 
 
 		 402 aa  482  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.721451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1889  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  56.72 
 
 		 402 aa  479  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0204033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1424  mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme  54.28 
 
 		 402 aa  481  1e-134  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2974  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  55.5 
 
 		 403 aa  479  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0179307  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.99 
 
 		 402 aa  481  1e-134  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1364  starvation sensing protein  54.28 
 
 		 402 aa  481  1e-134  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.185612  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1064  galactokinase  53.79 
 
 		 402 aa  460  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.32364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03854  starvation sensing protein  54.3 
 
 		 419 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3675  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.5 
 
 		 402 aa  460  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468042  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  50.85 
 
 		 423 aa  433  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0398096  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.2 
 
 		 412 aa  318  2e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.213701  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0947  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.93 
 
 		 417 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0680792  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5328  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.59 
 
 		 415 aa  299  6e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0932  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.48 
 
 		 399 aa  296  6e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1541  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C- domain protein  36.63 
 
 		 417 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.315954  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1377  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.84 
 
 		 438 aa  291  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.488669 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0977  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.94 
 
 		 399 aa  286  4e-76  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000913378  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0192  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.5 
 
 		 399 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.25 
 
 		 399 aa  283  5.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.851358  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.41 
 
 		 415 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4063  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.25 
 
 		 399 aa  281  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.546488  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3948  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.27 
 
 		 451 aa  277  3e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1008  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.45 
 
 		 450 aa  275  8e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.570237  normal  0.309423 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4410  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.47 
 
 		 429 aa  271  1e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.164749  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0909  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.73 
 
 		 433 aa  253  5.000000000000001e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.598164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.41 
 
 		 388 aa  213  7e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  28.23 
 
 		 382 aa  193  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  31.37 
 
 		 382 aa  192  8e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  31.69 
 
 		 382 aa  192  8e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  28.71 
 
 		 382 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  30.14 
 
 		 382 aa  190  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.46 
 
 		 384 aa  189  5.999999999999999e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  29.43 
 
 		 382 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  28.23 
 
 		 382 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  29.43 
 
 		 382 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  29.43 
 
 		 382 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  29.43 
 
 		 382 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  29.43 
 
 		 382 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  29.38 
 
 		 382 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  29.43 
 
 		 382 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  29.43 
 
 		 382 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  28.71 
 
 		 382 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  28.71 
 
 		 382 aa  187  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  28.95 
 
 		 382 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  28.95 
 
 		 382 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  28.95 
 
 		 382 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  29.45 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>