296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_2251 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.22 
 
 
1034 aa  919  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  100 
 
 
1044 aa  2123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.03 
 
 
1026 aa  929  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  39.58 
 
 
1061 aa  707  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.06 
 
 
1072 aa  719  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.02 
 
 
1052 aa  899  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.92 
 
 
1029 aa  918  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  44.67 
 
 
1084 aa  929  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  45.5 
 
 
1022 aa  909  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.1 
 
 
1070 aa  975  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.59 
 
 
1060 aa  976  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.73 
 
 
1084 aa  848  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  76.63 
 
 
1040 aa  1639  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  47.6 
 
 
1028 aa  933  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.54 
 
 
1067 aa  917  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.85 
 
 
1074 aa  924  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.68 
 
 
1046 aa  898  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.89 
 
 
1042 aa  926  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.27 
 
 
1029 aa  976  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  50.33 
 
 
1046 aa  996  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.4 
 
 
1003 aa  687  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.98 
 
 
1066 aa  678  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.61 
 
 
1085 aa  781  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  42.55 
 
 
1031 aa  833  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  45.02 
 
 
1061 aa  889  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.39 
 
 
1044 aa  914  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  46.54 
 
 
1040 aa  910  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.73 
 
 
1079 aa  894  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.65 
 
 
1032 aa  941  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  39.26 
 
 
1074 aa  714  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  44.83 
 
 
1053 aa  890  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  50.37 
 
 
1210 aa  749  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  48.06 
 
 
1044 aa  994  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  45.5 
 
 
1022 aa  909  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.22 
 
 
1084 aa  826  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.69 
 
 
855 aa  727  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  39.55 
 
 
1097 aa  709  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  44.2 
 
 
1068 aa  876  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.46 
 
 
1032 aa  935  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  49.58 
 
 
1042 aa  979  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.87 
 
 
1035 aa  699  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.35 
 
 
1045 aa  921  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  44.56 
 
 
1068 aa  822  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.97 
 
 
1041 aa  790  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.38 
 
 
1028 aa  962  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  2.41298e-05 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.16 
 
 
1003 aa  686  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  49.44 
 
 
1051 aa  1014  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.03 
 
 
1060 aa  470  1e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  30.03 
 
 
1076 aa  461  1e-128  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  32.16 
 
 
1088 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.78 
 
 
1068 aa  454  1e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.79 
 
 
1065 aa  453  1e-125  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  30.45 
 
 
1060 aa  449  1e-124  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2995  type I site-specific deoxyribonuclease  45.49 
 
 
539 aa  448  1e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.23 
 
 
1077 aa  443  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.77 
 
 
1108 aa  430  1e-119  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.3 
 
 
1010 aa  432  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.77 
 
 
1108 aa  430  1e-119  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.93 
 
 
1046 aa  429  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.57 
 
 
1046 aa  409  1e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.56 
 
 
1079 aa  399  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  29.7 
 
 
1059 aa  390  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.17 
 
 
1012 aa  385  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.43 
 
 
1022 aa  384  1e-105  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.04 
 
 
1075 aa  363  1e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.08 
 
 
1042 aa  356  1e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.49 
 
 
1067 aa  354  5e-96  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.75 
 
 
1067 aa  351  5e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.02 
 
 
1044 aa  347  6e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.92 
 
 
920 aa  345  2e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  32.64 
 
 
1033 aa  334  6e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  29.04 
 
 
1072 aa  334  6e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.73 
 
 
1067 aa  329  2e-88  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.57 
 
 
1000 aa  323  1e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.93 
 
 
993 aa  323  1e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  32.37 
 
 
967 aa  322  3e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  32.37 
 
 
967 aa  321  4e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.55 
 
 
1053 aa  316  1e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  31.74 
 
 
984 aa  315  3e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.68 
 
 
984 aa  312  2e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.48 
 
 
1000 aa  310  1e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.16 
 
 
995 aa  309  2e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  9.57293e-14 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.44 
 
 
1111 aa  303  9e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.65 
 
 
1089 aa  285  3e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.91 
 
 
1024 aa  284  6e-75  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.89 
 
 
1020 aa  282  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.2 
 
 
1006 aa  278  4e-73  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.01 
 
 
1042 aa  278  6e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.06 
 
 
1020 aa  275  5e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.97 
 
 
986 aa  273  1e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.7 
 
 
1034 aa  273  1e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  26.73 
 
 
1069 aa  270  7e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.22 
 
 
1030 aa  269  2e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  29.54 
 
 
1421 aa  269  2e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.06 
 
 
982 aa  268  3e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.09 
 
 
1023 aa  267  7e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.03 
 
 
1084 aa  266  2e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.33 
 
 
1110 aa  263  9e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.76 
 
 
1070 aa  263  9e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.45 
 
 
1403 aa  261  4e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>