More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1935 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1174 aa  721    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  35.47 
 
 		 1164 aa  641    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  37.07 
 
 		 1148 aa  678    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  39.47 
 
 		 1157 aa  670    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  37.46 
 
 		 1148 aa  686    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0884  transcription-repair coupling factor  58.5 
 
 		 1216 aa  1382    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  35.78 
 
 		 1155 aa  657    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  35.68 
 
 		 1169 aa  691    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  39.28 
 
 		 1265 aa  731    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4624  transcription-repair coupling factor  53.65 
 
 		 1211 aa  1181    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1176 aa  740    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1594  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1131 aa  669    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4404  transcription-repair coupling factor  35.37 
 
 		 1166 aa  643    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1148 aa  640    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  37.51 
 
 		 1165 aa  692    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0140  transcription-repair coupling factor  38.6 
 
 		 1159 aa  714    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00133746  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1176 aa  740    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  37.97 
 
 		 1178 aa  742    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.96 
 
 		 1176 aa  739    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1543  transcription-repair coupling factor  37.76 
 
 		 1157 aa  656    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00144396  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 		 1179 aa  679    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11038  transcription-repair coupling factor mfd  52.32 
 
 		 1234 aa  1153    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.970521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  39.82 
 
 		 1170 aa  803    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  38.15 
 
 		 1163 aa  642    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  58.18 
 
 		 1210 aa  1377    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1148 aa  640    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  35.89 
 
 		 1148 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  35.47 
 
 		 1148 aa  639    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2767  transcription-repair coupling factor  35.94 
 
 		 1188 aa  660    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  37.63 
 
 		 1174 aa  644    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  37.65 
 
 		 1176 aa  738    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  53.09 
 
 		 1194 aa  1225    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2578  transcription-repair coupling factor  37.62 
 
 		 1165 aa  637    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1161 aa  652    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  38.16 
 
 		 1161 aa  649    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07020  transcription-repair coupling factor Mfd  60.28 
 
 		 1244 aa  1415    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0711584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1176  transcription-repair coupling factor  36.23 
 
 		 1192 aa  639    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.141232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1148 aa  640    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1300  transcription-repair coupling factor  37.82 
 
 		 1192 aa  646    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  39.16 
 
 		 1158 aa  702    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  50.07 
 
 		 1182 aa  675    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1176 aa  740    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  35.58 
 
 		 1148 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  39.12 
 
 		 1176 aa  712    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05560  transcription-repair coupling factor Mfd  55.91 
 
 		 1218 aa  1227    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1705  transcription-repair coupling factor  36.31 
 
 		 1174 aa  710    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  38.8 
 
 		 1183 aa  734    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0067  transcription-repair coupling factor  36.34 
 
 		 1196 aa  701    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0538  transcription-repair coupling factor  35.12 
 
 		 1168 aa  693    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3926  transcription-repair coupling factor  60.28 
 
 		 1208 aa  1340    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.892466 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 		 1176 aa  740    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  39.65 
 
 		 1246 aa  750    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1013  transcription-repair coupling factor  70.91 
 
 		 1205 aa  1670    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0526678 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  37.93 
 
 		 1177 aa  698    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13430  transcription-repair coupling factor Mfd  58.89 
 
 		 1211 aa  1394    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0858576  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0665  transcription-repair coupling factor  56.84 
 
 		 1187 aa  1299    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  37.21 
 
 		 1178 aa  762    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  37.1 
 
 		 1201 aa  639    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1176 aa  731    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0188  transcription-repair coupling factor  61.07 
 
 		 1182 aa  1451    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  35.56 
 
 		 1164 aa  640    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  37.09 
 
 		 1207 aa  679    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  37.74 
 
 		 1165 aa  775    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  38.22 
 
 		 1164 aa  650    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  37.66 
 
 		 1169 aa  676    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  43.96 
 
 		 1141 aa  648    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  53.65 
 
 		 1211 aa  1181    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  35.47 
 
 		 1148 aa  637    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2504  transcription-repair coupling factor  38.34 
 
 		 1167 aa  653    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0917157  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  35.89 
 
 		 1148 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  40.29 
 
 		 1169 aa  802    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  38.25 
 
 		 1162 aa  788    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  38.14 
 
 		 1162 aa  785    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1067  transcription-repair coupling factor  65.71 
 
 		 1193 aa  1541    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  38.1 
 
 		 1176 aa  740    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  36.89 
 
 		 1160 aa  639    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  36.8 
 
 		 1160 aa  639    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1948  transcription-repair coupling factor  52.26 
 
 		 1198 aa  1140    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  37.25 
 
 		 1178 aa  649    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1358  transcription-repair coupling factor  38.36 
 
 		 1157 aa  660    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450147  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1298  transcription-repair coupling factor  61.27 
 
 		 1220 aa  1437    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000122104 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0525  transcription-repair coupling factor  35.12 
 
 		 1168 aa  693    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  35.89 
 
 		 1148 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  37.35 
 
 		 1162 aa  706    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0803  transcription-repair coupling factor  60.15 
 
 		 1188 aa  1331    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0214899 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  34.73 
 
 		 1165 aa  678    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  37.75 
 
 		 1176 aa  738    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  36.58 
 
 		 1168 aa  639    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1245  transcription-repair coupling factor  60.36 
 
 		 1222 aa  1425    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.877482  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.29 
 
 		 1189 aa  675    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  38.12 
 
 		 1176 aa  753    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  36.62 
 
 		 1160 aa  639    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1913  transcription-repair coupling factor  57.66 
 
 		 1192 aa  1281    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  37.62 
 
 		 1177 aa  702    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  35.62 
 
 		 1179 aa  699    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32300  transcription-repair coupling factor Mfd  57.51 
 
 		 1199 aa  1287    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.742659  normal  0.328282 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0924  transcription-repair coupling factor  59.04 
 
 		 1224 aa  1397    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.410165  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0131  transcription-repair coupling factor  40.09 
 
 		 1197 aa  750    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.10317  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  53.65 
 
 		 1211 aa  1181    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.376638 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0829  transcription-repair coupling factor  58.59 
 
 		 1218 aa  1380    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.46683  normal  0.375475 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>