More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1103 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1103  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 233 aa  479  1e-134  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0433779  normal  0.928932 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22440  translation initiation factor 3  83.65 
 
 		 329 aa  356  9.999999999999999e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1624  translation initiation factor IF-3  85.79 
 
 		 415 aa  328  4e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.640548 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1316  translation initiation factor IF-3  83.52 
 
 		 351 aa  311  3.9999999999999997e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3169  translation initiation factor IF-3  84.12 
 
 		 277 aa  302  3.0000000000000004e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  78.19 
 
 		 199 aa  295  6e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1477  translation initiation factor 3  74.46 
 
 		 396 aa  289  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0613769  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2385  translation initiation factor IF-3  74.26 
 
 		 192 aa  288  3e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.157849  normal  0.289584 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  62.95 
 
 		 401 aa  286  1e-76  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5483  translation initiation factor IF-3  68.6 
 
 		 250 aa  285  4e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1480  translation initiation factor IF-3  75.98 
 
 		 356 aa  285  4e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000187235 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  70.98 
 
 		 243 aa  281  8.000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  81.71 
 
 		 222 aa  276  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  71.35 
 
 		 212 aa  275  5e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  80.84 
 
 		 227 aa  275  6e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  77.65 
 
 		 225 aa  274  7e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  79.64 
 
 		 204 aa  273  2.0000000000000002e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  68.04 
 
 		 238 aa  265  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  68.04 
 
 		 238 aa  265  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  67.82 
 
 		 243 aa  265  5.999999999999999e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  68.04 
 
 		 238 aa  264  7e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  71.82 
 
 		 205 aa  264  1e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  72.88 
 
 		 196 aa  263  2e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2139  translation initiation factor IF-3  81.13 
 
 		 177 aa  262  3e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0045601  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  71.43 
 
 		 201 aa  261  8e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21910  translation initiation factor 3  69.06 
 
 		 208 aa  259  3e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.559617  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  68.78 
 
 		 182 aa  259  4e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2066  translation initiation factor 3  75.45 
 
 		 179 aa  258  8e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.383221  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  75.61 
 
 		 239 aa  256  2e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0475  translation initiation factor IF-3  66.67 
 
 		 253 aa  255  3e-67  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12250  translation initiation factor 3  69.77 
 
 		 195 aa  251  8.000000000000001e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109497  normal  0.154931 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  75.16 
 
 		 204 aa  250  1e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  65.41 
 
 		 182 aa  250  1e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25690  translation initiation factor 3  76.1 
 
 		 168 aa  245  4e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0232  translation initiation factor 3  66.87 
 
 		 211 aa  226  2e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.627991  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1728  initiation factor 3  76.3 
 
 		 149 aa  219  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00351932  hitchhiker  0.00163995 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3542  initiation factor 3  72.66 
 
 		 175 aa  213  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.407448  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  53 
 
 		 357 aa  212  2.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  56.1 
 
 		 207 aa  201  8e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  50.56 
 
 		 197 aa  192  3e-48  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1301  translation initiation factor 3  53.71 
 
 		 175 aa  192  4e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.444006  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  54.27 
 
 		 198 aa  191  6e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  54.88 
 
 		 198 aa  182  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 		 173 aa  181  6e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  50.9 
 
 		 184 aa  181  8.000000000000001e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 		 194 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 		 194 aa  180  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  48.62 
 
 		 202 aa  180  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  52.41 
 
 		 173 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  51.81 
 
 		 178 aa  178  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  48.35 
 
 		 194 aa  177  9e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  52.15 
 
 		 174 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_002620  TC0221  translation initiation factor IF-3  46.24 
 
 		 186 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.00015702  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 		 165 aa  174  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  47.53 
 
 		 179 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  45.93 
 
 		 178 aa  173  1.9999999999999998e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1678  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 170 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0127847  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  44.22 
 
 		 238 aa  172  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3163  translation initiation factor IF-3  50.91 
 
 		 252 aa  171  7.999999999999999e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0170352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  51.52 
 
 		 182 aa  171  7.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000264089  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 		 177 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 		 183 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  49.71 
 
 		 193 aa  171  1e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000692532  hitchhiker  0.000000579185 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 		 183 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 		 183 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  51.97 
 
 		 154 aa  170  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  50.91 
 
 		 169 aa  171  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  51.19 
 
 		 174 aa  170  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2038  translation initiation factor IF-3  46.67 
 
 		 177 aa  170  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.369536 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  51.5 
 
 		 190 aa  170  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  45.5 
 
 		 219 aa  169  3e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 173 aa  169  3e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0441  translation initiation factor IF-3  46.67 
 
 		 179 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.077533  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  47.83 
 
 		 171 aa  169  5e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  51.53 
 
 		 174 aa  168  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 		 204 aa  168  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4675  translation initiation factor IF-3  46.06 
 
 		 177 aa  168  7e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.361003  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 		 178 aa  167  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  48.48 
 
 		 172 aa  167  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  48.8 
 
 		 169 aa  167  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 187 aa  167  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  49.08 
 
 		 173 aa  166  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0713  translation initiation factor 3  46.95 
 
 		 249 aa  167  2e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.814826 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  47.59 
 
 		 178 aa  166  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  47.59 
 
 		 178 aa  166  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0488  translation initiation factor IF-3  48.15 
 
 		 184 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.270402  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 		 178 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0964  translation initiation factor IF-3  52.56 
 
 		 156 aa  165  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.698743  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1509  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 		 204 aa  166  4e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00441613  normal  0.913408 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0201  translation initiation factor IF-3  52.56 
 
 		 156 aa  165  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00116998  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  50.93 
 
 		 177 aa  165  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1924  translation initiation factor IF-3  48.48 
 
 		 177 aa  165  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 		 173 aa  165  5.9999999999999996e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  45.36 
 
 		 225 aa  164  8e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  47.28 
 
 		 192 aa  164  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  51.92 
 
 		 156 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  51.92 
 
 		 156 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  51.92 
 
 		 156 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  51.92 
 
 		 156 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  51.92 
 
 		 156 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>