More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1025 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_7876  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.35 
 
 
737 aa  1121    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.017282 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5823  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.86 
 
 
747 aa  1093    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.410349  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1189  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.36 
 
 
729 aa  1058    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.266903 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1518  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  82.51 
 
 
744 aa  1221    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.734214  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23380  guanosine pentaphosphate synthetase I/polynucleotide phosphorylase  85.31 
 
 
735 aa  1232    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0262857 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1068  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  72.44 
 
 
773 aa  1068    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.63376  normal  0.0171355 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3954  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  76.01 
 
 
762 aa  1097    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0796905  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1664  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.68 
 
 
913 aa  1003    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.123997  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2164  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  74.69 
 
 
759 aa  1085    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00328934  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.13 
 
 
753 aa  1125    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0664507  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0784  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.55 
 
 
767 aa  1089    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1025  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
735 aa  1488    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0643  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  56.21 
 
 
792 aa  747    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1466  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  81.78 
 
 
746 aa  1179    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.859477  normal  0.095353 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2221  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.38 
 
 
750 aa  1080    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000781302  normal  0.116464 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1439  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  80.38 
 
 
752 aa  1170    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000130923 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0213  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  67.86 
 
 
926 aa  1005    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.35 
 
 
786 aa  1023    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133995  hitchhiker  0.000450974 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3555  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.15 
 
 
729 aa  1058    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.50127 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2350  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.59 
 
 
754 aa  1057    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.78802  decreased coverage  0.00350864 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2132  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  72.86 
 
 
773 aa  1101    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2478  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  81.26 
 
 
744 aa  1211    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0963383  normal  0.320365 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5112  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  70.15 
 
 
825 aa  1001    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191033  normal  0.121153 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2083  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.94 
 
 
759 aa  1068    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.408201  normal  0.158604 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09250  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.17 
 
 
842 aa  1153    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.94 
 
 
759 aa  1068    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0644051  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1217  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  84.39 
 
 
744 aa  1186    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.118879  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4023  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.76 
 
 
756 aa  1061    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.688268  normal  0.0248792 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3583  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  72.85 
 
 
770 aa  1076    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1738  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  74.9 
 
 
750 aa  1092    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3324  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.67 
 
 
775 aa  1085    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.109983  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14690  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.04 
 
 
823 aa  1091    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.423913  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1434  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  79.29 
 
 
746 aa  1180    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.153931  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0035  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  81.48 
 
 
791 aa  1185    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1381  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.19 
 
 
785 aa  1017    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.491374  normal  0.832187 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10380  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.45 
 
 
753 aa  1106    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0265534  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1508  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.18 
 
 
782 aa  1065    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.604737  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3177  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.18 
 
 
742 aa  1120    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.94 
 
 
759 aa  1068    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0744177 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12796  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.42 
 
 
752 aa  1073    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.92 
 
 
686 aa  590  1e-167  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.23 
 
 
703 aa  584  1.0000000000000001e-165  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.82 
 
 
705 aa  583  1.0000000000000001e-165  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.79 
 
 
703 aa  576  1.0000000000000001e-163  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.99 
 
 
755 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.27 
 
 
700 aa  575  1.0000000000000001e-162  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.26 
 
 
723 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.49 
 
 
701 aa  571  1e-161  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.05 
 
 
718 aa  571  1e-161  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.49 
 
 
718 aa  572  1e-161  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.67 
 
 
700 aa  571  1e-161  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.52 
 
 
747 aa  566  1e-160  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.76 
 
 
718 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.49 
 
 
722 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.59 
 
 
714 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.05 
 
 
722 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.73 
 
 
735 aa  563  1.0000000000000001e-159  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.99 
 
 
701 aa  560  1e-158  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.32 
 
 
739 aa  560  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.61 
 
 
777 aa  560  1e-158  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.19 
 
 
747 aa  559  1e-158  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.97 
 
 
752 aa  557  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.97 
 
 
745 aa  557  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.79 
 
 
746 aa  556  1e-157  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.89 
 
 
748 aa  556  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.33 
 
 
740 aa  558  1e-157  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.94 
 
 
712 aa  558  1e-157  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.89 
 
 
710 aa  553  1e-156  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.72 
 
 
733 aa  553  1e-156  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.8 
 
 
715 aa  553  1e-156  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.56 
 
 
745 aa  552  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.44 
 
 
698 aa  550  1e-155  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.07 
 
 
692 aa  551  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.71 
 
 
725 aa  549  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.09 
 
 
713 aa  548  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.8 
 
 
732 aa  551  1e-155  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.63 
 
 
725 aa  549  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.07 
 
 
690 aa  551  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.78 
 
 
761 aa  551  1e-155  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.44 
 
 
698 aa  550  1e-155  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  45.29 
 
 
720 aa  551  1e-155  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.65 
 
 
711 aa  549  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.81 
 
 
734 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.24 
 
 
714 aa  547  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.26 
 
 
712 aa  548  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10960  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  44.46 
 
 
743 aa  547  1e-154  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000522629  unclonable  0.00000000397306 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.34 
 
 
715 aa  547  1e-154  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.32 
 
 
746 aa  547  1e-154  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.68 
 
 
730 aa  546  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  43.81 
 
 
734 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.76 
 
 
720 aa  548  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0861  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.33 
 
 
720 aa  548  1e-154  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2047  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.27 
 
 
769 aa  547  1e-154  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0512862  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.09 
 
 
711 aa  545  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.55 
 
 
714 aa  543  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.95 
 
 
714 aa  545  1e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.09 
 
 
711 aa  545  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.63 
 
 
716 aa  545  1e-153  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.09 
 
 
706 aa  543  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.52 
 
 
714 aa  542  1e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>