297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1020 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 153 aa  305  2.0000000000000002e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  66.67 
 
 		 154 aa  198  3e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  67.36 
 
 		 147 aa  191  4e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  63.95 
 
 		 169 aa  186  9e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  63.12 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  61.31 
 
 		 160 aa  168  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  55.63 
 
 		 156 aa  161  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  56.58 
 
 		 162 aa  160  7e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3964  ribosome-binding factor A  56.93 
 
 		 171 aa  154  5.0000000000000005e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  55.8 
 
 		 171 aa  152  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  60.14 
 
 		 159 aa  149  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07020  ribosome-binding factor A  53.1 
 
 		 148 aa  144  5e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  51.02 
 
 		 168 aa  143  9e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  52.78 
 
 		 189 aa  140  5e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11490  ribosome-binding factor A  50.72 
 
 		 143 aa  136  8.999999999999999e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0871158  normal  0.911894 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  54.61 
 
 		 147 aa  136  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1063  ribosome-binding factor A  58.73 
 
 		 164 aa  135  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0689148  normal  0.0406746 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1427  ribosome-binding factor A  50.74 
 
 		 175 aa  132  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000533542 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  52.21 
 
 		 150 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4038  ribosome-binding factor A  44.72 
 
 		 168 aa  131  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.173989  normal  0.432163 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1417  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 169 aa  129  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0421454  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2315  ribosome-binding factor A  45.86 
 
 		 163 aa  129  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0767134 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1372  ribosome-binding factor A  44.52 
 
 		 156 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.589597  normal  0.116766 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  53.24 
 
 		 151 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  45.27 
 
 		 156 aa  127  8.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7740  ribosome-binding factor A  53.73 
 
 		 152 aa  125  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14590  ribosome-binding factor A  48.53 
 
 		 153 aa  118  3.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0231222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2083  ribosome-binding factor A  48.57 
 
 		 171 aa  118  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2066  ribosome-binding factor A  48.57 
 
 		 171 aa  118  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0366548  normal  0.808495 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2129  ribosome-binding factor A  48.57 
 
 		 171 aa  118  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.200805  normal  0.0220711 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2209  ribosome-binding factor A  50.36 
 
 		 193 aa  117  7e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000323925  decreased coverage  0.000414746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5832  ribosome-binding factor A  47.86 
 
 		 149 aa  117  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.154912  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1744  ribosome-binding factor A  44.53 
 
 		 157 aa  114  3.9999999999999997e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.388944  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1717  ribosome-binding factor A  42.76 
 
 		 157 aa  113  8.999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.264807  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2153  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 151 aa  111  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.10459  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0286  ribosome-binding factor A  46.04 
 
 		 184 aa  110  6e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 127 aa  98.2  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 118 aa  95.5  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 118 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 118 aa  94.7  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 126 aa  94.7  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1451  ribosome-binding factor A  39.74 
 
 		 145 aa  94.7  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.10477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 118 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 118 aa  94.4  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 118 aa  94.4  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  41.51 
 
 		 118 aa  94  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 118 aa  94  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 118 aa  94  7e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12853  ribosome-binding factor A  46.77 
 
 		 183 aa  92.4  2e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.73354e-17  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 118 aa  91.3  4e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 118 aa  91.3  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 122 aa  91.7  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  39.62 
 
 		 122 aa  90.1  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 		 119 aa  89.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  39.83 
 
 		 119 aa  90.1  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 118 aa  89.7  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 126 aa  89.7  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  39.29 
 
 		 118 aa  89.4  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 		 119 aa  89.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 131 aa  88.2  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  44.04 
 
 		 123 aa  87.8  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  48.84 
 
 		 121 aa  87.8  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 127 aa  87.4  7e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 116 aa  85.5  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 130 aa  85.1  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 116 aa  85.5  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 		 117 aa  84  8e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  33.78 
 
 		 147 aa  83.6  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  39.25 
 
 		 119 aa  82.4  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 120 aa  81.3  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  44.32 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  45.45 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  39.62 
 
 		 122 aa  77.8  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  37.8 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 133 aa  77.4  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  41.96 
 
 		 131 aa  77.4  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 129 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  37.4 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 128 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  37.4 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  37.29 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  37.4 
 
 		 132 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  42.11 
 
 		 132 aa  76.6  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  43.33 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  35 
 
 		 122 aa  75.5  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  31.9 
 
 		 143 aa  75.1  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 141 aa  74.7  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  37.39 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 138 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  38.32 
 
 		 140 aa  73.9  0.0000000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  32.77 
 
 		 129 aa  73.9  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>