More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0580 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011729  PCC7424_0741  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.18 
 
 
1096 aa  1207  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.78 
 
 
1342 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  6.17327e-14 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf212  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.63 
 
 
1197 aa  788  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3687  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.16 
 
 
1374 aa  736  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.335052  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0965  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.92 
 
 
1187 aa  1678  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.17 
 
 
1375 aa  705  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  55.53 
 
 
1174 aa  1301  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3652  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.16 
 
 
1368 aa  666  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.220946  hitchhiker  6.67023e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4475  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.26 
 
 
1342 aa  691  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0736818  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1041  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.91 
 
 
1312 aa  810  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1428  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.14 
 
 
1270 aa  862  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.894677  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2848  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.65 
 
 
1368 aa  677  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.03 
 
 
1387 aa  703  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0232  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.32 
 
 
1259 aa  708  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.200123  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.49 
 
 
1368 aa  671  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716165 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57 
 
 
1374 aa  694  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.83 
 
 
1368 aa  671  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0158483  normal  0.343898 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4483  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.78 
 
 
1342 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.977508  hitchhiker  0.00153179 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.78 
 
 
1342 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.4876 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2271  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.28 
 
 
1422 aa  728  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0391  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.58 
 
 
1155 aa  1012  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1751  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.87 
 
 
1103 aa  1197  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0123  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.45 
 
 
1177 aa  1050  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00273838  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3868  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.17 
 
 
1376 aa  710  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0444407 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.6 
 
 
1343 aa  699  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.918938  hitchhiker  0.000472151 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  51.62 
 
 
1070 aa  1122  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0133  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.45 
 
 
1177 aa  1051  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  4.46144e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0178  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.84 
 
 
1434 aa  797  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.74 
 
 
1379 aa  699  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.347511 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2960  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.63 
 
 
1390 aa  676  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514981  normal  0.612032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5453  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.26 
 
 
1342 aa  691  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.182219  hitchhiker  0.00256328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2866  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.01 
 
 
1342 aa  671  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.131495  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0490  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  54.66 
 
 
1362 aa  672  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  1.21478e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4560  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.78 
 
 
1342 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  2.63321e-10 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.78 
 
 
1342 aa  686  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0669661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0926  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.64 
 
 
1371 aa  697  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4697  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.18 
 
 
1343 aa  689  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.117256  hitchhiker  3.43099e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3839  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.72 
 
 
1374 aa  701  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353736  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4756  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.9 
 
 
1357 aa  670  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  72.61 
 
 
1143 aa  1738  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.56 
 
 
1378 aa  681  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0702  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.6 
 
 
1368 aa  686  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  75.87 
 
 
1141 aa  1796  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.33 
 
 
1343 aa  687  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862378  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0277  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.84 
 
 
1342 aa  690  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274525  normal  0.0126314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.86 
 
 
1343 aa  682  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397573  unclonable  9.17955e-10 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.26 
 
 
1342 aa  691  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00027001  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4220  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.26 
 
 
1342 aa  691  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000188468  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.2 
 
 
1342 aa  678  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.46 
 
 
1245 aa  792  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0310456  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.78 
 
 
1377 aa  700  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.310876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.89 
 
 
1358 aa  717  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2729  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.54 
 
 
1362 aa  696  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.466939 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1782  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.28 
 
 
1182 aa  993  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3860  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.84 
 
 
1342 aa  683  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00178402  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.2 
 
 
1217 aa  1066  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.09 
 
 
1096 aa  1184  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.6 
 
 
1322 aa  698  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.146327  hitchhiker  0.0018171 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4435  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.26 
 
 
1342 aa  691  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.399722  decreased coverage  2.77463e-06 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0477  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.86 
 
 
1263 aa  862  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4038  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.26 
 
 
1342 aa  691  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0403787  hitchhiker  0.00374316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.84 
 
 
1342 aa  683  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.05 
 
 
1183 aa  1379  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0794  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.05 
 
 
1360 aa  696  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.235631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0477  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.07 
 
 
1357 aa  674  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.17 
 
 
1238 aa  1097  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.33 
 
 
1177 aa  1048  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.33 
 
 
1376 aa  709  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.84 
 
 
1342 aa  682  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102382  normal  0.453839 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0328  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.59 
 
 
1375 aa  699  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.853361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0241  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.49 
 
 
1368 aa  671  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.060417 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0355  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.86 
 
 
1187 aa  879  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0510  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.72 
 
 
1370 aa  673  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301661  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3687  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  66.83 
 
 
1278 aa  1071  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2221  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.8 
 
 
1416 aa  720  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480629  decreased coverage  0.00212341 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.81 
 
 
1122 aa  1179  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0481  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  54.44 
 
 
1152 aa  999  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4338  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  75.43 
 
 
1160 aa  1820  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1108  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  52.67 
 
 
1279 aa  684  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.10244  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002173  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  50 
 
 
1342 aa  689  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1138  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  71.86 
 
 
1168 aa  1699  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.96 
 
 
1403 aa  699  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.51 
 
 
1342 aa  678  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.27 
 
 
1190 aa  1058  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  60.23 
 
 
1126 aa  1365  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  72.46 
 
 
1149 aa  1705  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2072  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.52 
 
 
1363 aa  718  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.244154  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.69 
 
 
1227 aa  1374  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  64.18 
 
 
1176 aa  1077  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0714  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  61.57 
 
 
1178 aa  1410  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0122097  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1170  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  55.82 
 
 
1171 aa  1290  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0809825  unclonable  1.72992e-07 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0580  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 
1170 aa  2380  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0311917 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2949  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.51 
 
 
1148 aa  1042  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29830  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  88.63 
 
 
1170 aa  2143  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.896013 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1192  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  51.6 
 
 
1201 aa  1159  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0821  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  50.43 
 
 
1125 aa  1083  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.264809 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5116  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  74.93 
 
 
1155 aa  1779  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.303948 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0543  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  77.03 
 
 
1155 aa  1847  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174564  normal  0.14479 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0753  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  72.22 
 
 
1170 aa  1694  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2667  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  85.3 
 
 
1168 aa  2038  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>