More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0544 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013530  Xcel_0474  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  78.44 
 
 
448 aa  707    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  76.35 
 
 
428 aa  648    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232944  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2690  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  76.09 
 
 
438 aa  694    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0544  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  100 
 
 
448 aa  920    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.789941 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2711  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  81.46 
 
 
444 aa  706    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  74.63 
 
 
439 aa  638    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3224  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  73.24 
 
 
439 aa  642    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762011 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4413  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  75.79 
 
 
433 aa  655    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07430  NADH dehydrogenase subunit F  86.14 
 
 
449 aa  778    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0432719 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0286  NADH-quinone oxidoreductase subunit F  75.86 
 
 
428 aa  640    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0525  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  70.19 
 
 
440 aa  614  1e-175  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  73.28 
 
 
434 aa  616  1e-175  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7686  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  71.43 
 
 
441 aa  613  9.999999999999999e-175  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  70.07 
 
 
706 aa  605  9.999999999999999e-173  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6677  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  69.36 
 
 
431 aa  598  1e-170  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13171  NADH dehydrogenase I chain F nuoF (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain F)  70.12 
 
 
445 aa  599  1e-170  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1545  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  69.81 
 
 
438 aa  598  1e-170  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.349481  normal  0.139293 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4486  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  71.01 
 
 
438 aa  596  1e-169  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.144316  hitchhiker  0.0024852 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03210  NADH dehydrogenase subunit F  69.21 
 
 
424 aa  596  1e-169  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589987  normal  0.53715 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1575  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  69.57 
 
 
438 aa  597  1e-169  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1599  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  69.57 
 
 
438 aa  597  1e-169  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160681  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1880  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  69.32 
 
 
441 aa  585  1e-166  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4553  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  65.36 
 
 
442 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  66.26 
 
 
443 aa  573  1.0000000000000001e-162  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  65.52 
 
 
447 aa  567  1e-160  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3173  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  63.72 
 
 
446 aa  551  1e-156  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4060  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  63.99 
 
 
443 aa  550  1e-155  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.306589 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4458  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  64.48 
 
 
443 aa  550  1e-155  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0979  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  65.6 
 
 
439 aa  542  1e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1279  NADH-quinone oxidoreductase F subunit  60.34 
 
 
438 aa  525  1e-148  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.325517  normal  0.538152 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1044  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  55.61 
 
 
434 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3084  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  56.17 
 
 
422 aa  453  1.0000000000000001e-126  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.66 
 
 
421 aa  451  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0991  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.6 
 
 
425 aa  439  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.315379  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4083  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.49 
 
 
446 aa  437  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.323862  normal  0.192714 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1096  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.77 
 
 
425 aa  437  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.763284  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.38 
 
 
427 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.38 
 
 
427 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000522116 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2238  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  55.28 
 
 
449 aa  432  1e-120  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0713  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.22 
 
 
426 aa  430  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.591559  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1278  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  55.16 
 
 
444 aa  430  1e-119  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.327335  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.35 
 
 
441 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.35 
 
 
441 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3391  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  55.03 
 
 
451 aa  431  1e-119  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  52.35 
 
 
441 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1760  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.36 
 
 
426 aa  428  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0914  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.7 
 
 
446 aa  426  1e-118  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1872  NADH-quinone oxidoreductase F subunit  53.25 
 
 
438 aa  424  1e-117  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.901047  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2560  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.46 
 
 
427 aa  422  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.652928  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4348  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  53.58 
 
 
441 aa  424  1e-117  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.548898  normal  0.181766 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3630  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  55.19 
 
 
424 aa  422  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.414875 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1959  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.62 
 
 
429 aa  419  1e-116  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00121653  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2831  NADH dehydrogenase I chain F  49.76 
 
 
425 aa  417  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2700  NADH dehydrogenase I chain F  49.76 
 
 
425 aa  417  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1154  NADH dehydrogenase (quinone)  50.37 
 
 
436 aa  415  9.999999999999999e-116  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1241  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.12 
 
 
456 aa  413  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0962  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50 
 
 
453 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089517 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0954  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.52 
 
 
442 aa  412  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.613915 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0877  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50 
 
 
453 aa  412  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0822  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.87 
 
 
426 aa  414  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.76792  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1268  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.25 
 
 
452 aa  411  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.262247  normal  0.27645 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2161  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.12 
 
 
440 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.615795  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5175  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.02 
 
 
452 aa  409  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.82972  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4077  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.7 
 
 
454 aa  411  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856999  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1925  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.46 
 
 
445 aa  410  1e-113  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1886  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.75 
 
 
431 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.415851  normal  0.35892 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2004  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.12 
 
 
442 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462519  normal  0.256027 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2209  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  49.75 
 
 
431 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.377911 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2988  NADH dehydrogenase I subunit F  51.5 
 
 
432 aa  411  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.437641  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1311  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.79 
 
 
439 aa  410  1e-113  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02209  NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F  48.67 
 
 
445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1373  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.67 
 
 
445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00215992  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2268  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.87 
 
 
436 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.121706  normal  0.072136 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1368  NADH dehydrogenase I subunit F  48.67 
 
 
445 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104051  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2057  NADH dehydrogenase I chain F  49.49 
 
 
431 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.728933  normal  0.0269366 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02169  hypothetical protein  48.67 
 
 
445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5572  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.87 
 
 
436 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.294569  normal  0.298665 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2808  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.78 
 
 
452 aa  408  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.318521 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2438  NADH dehydrogenase I subunit F  48.67 
 
 
445 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1066  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.36 
 
 
436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0842517  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2295  NADH dehydrogenase I subunit F  50.75 
 
 
428 aa  405  1.0000000000000001e-112  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2577  NADH dehydrogenase I subunit F  48.67 
 
 
445 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85076  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5103  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.29 
 
 
446 aa  405  1.0000000000000001e-112  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1632  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.61 
 
 
436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3423  NADH dehydrogenase I subunit F  48.67 
 
 
445 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1965  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.51 
 
 
425 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.789602  normal  0.0852998 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2660  NADH dehydrogenase I subunit F  48.67 
 
 
445 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.142172  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1295  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.36 
 
 
436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2433  NADH dehydrogenase I subunit F  48.67 
 
 
445 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2282  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.87 
 
 
436 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.502286  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2244  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.61 
 
 
436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1458  NADH dehydrogenase I subunit F  48.24 
 
 
461 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1440  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.36 
 
 
436 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0584655  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1408  NADH dehydrogenase (quinone)  49.5 
 
 
448 aa  402  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344302  normal  0.160337 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2463  NADH dehydrogenase I subunit F  48.67 
 
 
445 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.560534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1498  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.41 
 
 
458 aa  404  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.275368  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1135  NADH dehydrogenase I, F subunit  48.36 
 
 
436 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.305748  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1304  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.36 
 
 
436 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2552  NADH dehydrogenase I subunit F  48.67 
 
 
445 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2563  NADH dehydrogenase I subunit F  48.67 
 
 
445 aa  404  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>