More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0301 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_0301  cold-shock DNA-binding domain protein  100 
 
 		 67 aa  140  6e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00253542  normal  0.0688177 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0103  cold-shock DNA-binding domain protein  92.31 
 
 		 67 aa  127  6e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02480  cold-shock DNA-binding protein family  86.36 
 
 		 67 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0472  cold-shock DNA-binding protein family protein  86.36 
 
 		 67 aa  122  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.16014  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0641  cold-shock DNA-binding domain protein  84.85 
 
 		 67 aa  121  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  84.85 
 
 		 67 aa  120  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.16024  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  83.33 
 
 		 67 aa  119  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  81.82 
 
 		 67 aa  119  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02500  cold-shock DNA-binding protein family  85.25 
 
 		 62 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.169268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  80.3 
 
 		 67 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3141  cold-shock DNA-binding domain protein  77.61 
 
 		 67 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0244532  hitchhiker  0.00153434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 67 aa  108  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07120  cold-shock DNA-binding protein family  78.46 
 
 		 67 aa  107  4.0000000000000004e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976007  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1042  cold-shock DNA-binding domain protein  75 
 
 		 68 aa  107  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1775  cold-shock protein, DNA-binding  75.76 
 
 		 67 aa  107  6e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.76 
 
 		 67 aa  107  6e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 67 aa  107  8.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1131  cold-shock DNA-binding domain protein  73.85 
 
 		 67 aa  106  9.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.294478 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4798  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5184  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00427326 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1392  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.124556  normal  0.329269 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26130  cold-shock DNA-binding protein family  74.24 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4884  cold-shock DNA-binding protein family protein  75.38 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.71911  normal  0.101787 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.262283  normal  0.0908383 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1267  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  104  3e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.922504  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2965  cold-shock DNA-binding domain protein  71.64 
 
 		 68 aa  105  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138264 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 		 67 aa  104  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1580  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.507056  normal  0.495998 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  76.92 
 
 		 67 aa  104  5e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01731  hypothetical protein  71.21 
 
 		 68 aa  103  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.66 
 
 		 72 aa  103  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  73.44 
 
 		 67 aa  103  7e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  75.38 
 
 		 67 aa  103  8e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.7 
 
 		 68 aa  103  8e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13677  cold shock protein A cspA  72.31 
 
 		 67 aa  103  9e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0108357  normal  0.108106 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3392  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 		 68 aa  102  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5929  putative cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.380899  normal  0.0156128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2426  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 67 aa  102  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.386206  normal  0.184038 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 67 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0521  Cold-shock protein DNA-binding protein  75 
 
 		 79 aa  102  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.49245  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0521  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  101  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  67.16 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6800  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  101  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 67 aa  100  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0560  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 67 aa  100  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1668  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 67 aa  100  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000281076  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5269  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 67 aa  100  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0859722 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  66.67 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0476  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.528893 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  66.67 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  66.67 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3591  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  66.67 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0434  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.157399  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2602  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0673828  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0408  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125835  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  66.67 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0503  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.16 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2894  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0694911  normal  0.905374 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  66.67 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  66.67 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0218  putative cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  98.6  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.230692  hitchhiker  0.00399283 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7382  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.18 
 
 		 77 aa  98.6  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5230  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.05 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.244858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  72.31 
 
 		 67 aa  99.4  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 67 aa  99  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2466  cold shock-like transcription regulator protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.4868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0590  cold-shock protein  65.67 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.000832642  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2735  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.723886  normal  0.792546 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1681  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.248337  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2053  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.203977  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.67 
 
 		 68 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0742  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  unclonable  0.0000000000274746 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2345  cold-shock DNA-binding domain protein  65.67 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.574294  normal  0.405321 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37160  cold-shock DNA-binding protein family  70.77 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0943216 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2880  cold-shock DNA-binding domain protein  69.84 
 
 		 68 aa  97.4  5e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000807571  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2376  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 84 aa  97.4  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000357457  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  64.18 
 
 		 67 aa  97.4  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1263  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 		 66 aa  97.1  7e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  67.16 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 67 aa  96.7  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>