More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0276 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0276  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 
342 aa  686    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01060  transcriptional regulator  56.29 
 
 
340 aa  346  4e-94  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0887305  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  46.99 
 
 
339 aa  269  5.9999999999999995e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  41.84 
 
 
339 aa  256  6e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0219  LacI family transcription regulator  43.38 
 
 
351 aa  253  3e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2892  transcriptional regulator, LacI family  42.09 
 
 
340 aa  253  5.000000000000001e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.207309  normal  0.956989 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3275  transcriptional regulator, LacI family  46.01 
 
 
333 aa  250  3e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183529  hitchhiker  0.00604574 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3042  transcriptional regulator, LacI family  43.37 
 
 
359 aa  245  6.999999999999999e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0495  transcriptional regulator, LacI family  40.06 
 
 
335 aa  243  5e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.448967  normal  0.778992 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1918  LacI family transcription regulator  42.18 
 
 
368 aa  241  1e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.04786  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4680  LacI family transcription regulator  41.99 
 
 
336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0406203  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6224  HTH-type transcriptional repressor PurR  43.53 
 
 
348 aa  238  9e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.348111 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4997  transcriptional regulator, LacI family  43 
 
 
372 aa  233  3e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.385337 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1860  transcriptional regulator, LacI family  45.18 
 
 
338 aa  230  3e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  41.56 
 
 
328 aa  230  3e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0241  transcriptional regulator, LacI family  42.86 
 
 
348 aa  228  1e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.268594  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4705  transcriptional regulator, LacI family  40.94 
 
 
359 aa  223  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102612  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11590  transcriptional regulator  41.16 
 
 
362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.042152 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4084  HTH-type transcriptional repressor PurR  40.66 
 
 
346 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.932111  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4716  transcriptional regulator, LacI family  39.88 
 
 
346 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0379  LacI family transcription regulator  40.8 
 
 
342 aa  207  3e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676966  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29490  transcriptional regulator  39.05 
 
 
340 aa  204  2e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2577  transcriptional regulator, LacI family  41.25 
 
 
346 aa  203  4e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.215831  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04300  transcriptional regulator, LacI family  40.06 
 
 
352 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0400  transcriptional regulator, LacI family  38.89 
 
 
346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0748  transcriptional regulator, LacI family  38.6 
 
 
346 aa  194  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0494571  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0100  transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 
348 aa  191  1e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0658146  normal  0.053402 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06590  transcriptional regulator, LacI family  36.73 
 
 
359 aa  187  2e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2947  regulatory protein LacI  38.81 
 
 
359 aa  187  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.407921  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1925  LacI family transcription regulator  36.06 
 
 
358 aa  182  6e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.149363  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  36.06 
 
 
357 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1363  lac repressor  35.05 
 
 
358 aa  179  9e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1769  lac repressor  33.94 
 
 
358 aa  172  7.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.044739  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  30.32 
 
 
343 aa  168  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.43 
 
 
335 aa  166  5e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  34.44 
 
 
357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 
336 aa  163  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1021  LacI family response repressor  32.25 
 
 
371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 
339 aa  160  3e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 
334 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.79 
 
 
335 aa  158  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0927  lac repressor  36.11 
 
 
355 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0196781  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  32.49 
 
 
332 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 
339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0930  LacI family response repressor  34.48 
 
 
328 aa  155  7e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.562853  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.87 
 
 
348 aa  155  8e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0376  lac repressor  33.93 
 
 
360 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000396722  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.72 
 
 
328 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3261  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 
363 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862656  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3280  lac repressor  33.63 
 
 
363 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0409  lac repressor  33.33 
 
 
363 aa  153  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  3.9973e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0916  transcriptional regulator, LacI family  35.95 
 
 
345 aa  153  4e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.684035  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 
353 aa  153  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1012  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 
338 aa  153  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.03718  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.18 
 
 
347 aa  153  5e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00299  lac repressor  33.84 
 
 
360 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000126874  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10002  Lactose operon repressor  33.84 
 
 
360 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000792391  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00303  hypothetical protein  33.84 
 
 
360 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00703  hypothetical protein  33.84 
 
 
360 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000122917  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  33.04 
 
 
333 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 
328 aa  152  8e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0418  lac repressor  33.84 
 
 
360 aa  152  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000822114  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.83 
 
 
325 aa  152  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0351  transcriptional regulator, LacI family  31.71 
 
 
367 aa  151  2e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0369  lac repressor  33.33 
 
 
363 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000375664  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31 
 
 
329 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 
332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0817  transcriptional regulator, LacI family  32.82 
 
 
342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.533751  normal  0.134467 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  34.69 
 
 
342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0210  LacI family transcription regulator  27.98 
 
 
353 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000188149  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  31.08 
 
 
337 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2911  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 
342 aa  147  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1283  lac repressor  32.42 
 
 
357 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.35 
 
 
332 aa  146  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0922  lac repressor  30.67 
 
 
357 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30 
 
 
334 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0976  lac repressor  30.67 
 
 
357 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 
339 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 
341 aa  144  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 
374 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3358  lac repressor  30.67 
 
 
357 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.66 
 
 
368 aa  143  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6650  transcriptional regulator, LacI family  33.94 
 
 
364 aa  143  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.17574 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.42 
 
 
342 aa  143  5e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29250  transcriptional regulator  37.87 
 
 
651 aa  143  5e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  33.04 
 
 
344 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.61 
 
 
337 aa  142  6e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.6 
 
 
337 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.849116  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  27.93 
 
 
328 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1823  transcriptional regulator, LacI family  32.33 
 
 
339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33943  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 
338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3221  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 
338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.27 
 
 
339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1071  regulatory protein, LacI  32.63 
 
 
338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  32.05 
 
 
340 aa  140  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  32.25 
 
 
332 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  32.17 
 
 
337 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1170  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 
338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.353815 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1135  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.63 
 
 
338 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  34.33 
 
 
348 aa  139  7e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>