22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_R0034 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_R0034    100 
 
 		 189 bp  375  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00364064  hitchhiker  0.00265886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0072  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 214 bp  58  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.944702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    96.97 
 
 		 199 bp  58  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0063    100 
 
 		 206 bp  56  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0023  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 209 bp  56  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568613  normal  0.0699635 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0060    100 
 
 		 205 bp  56  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0036    100 
 
 		 209 bp  56  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5021  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (iron)  100 
 
 		 1155 bp  52  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0722878  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0045    100 
 
 		 198 bp  50.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0033    85.71 
 
 		 209 bp  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  96.43 
 
 		 215 bp  48.1  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0061    96.43 
 
 		 223 bp  48.1  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0049    96.43 
 
 		 208 bp  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.127314  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0757  hypothetical protein  100 
 
 		 417 bp  48.1  0.0009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0616812  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0041  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 213 bp  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0025    96.43 
 
 		 212 bp  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.378241  normal  0.0216252 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0017  Cobalamin riboswitch  96.43 
 
 		 193 bp  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0011  Cobalamin riboswitch  96.43 
 
 		 203 bp  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.364566 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0019    96.43 
 
 		 215 bp  48.1  0.0009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.267707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0026  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 216 bp  46.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0077    96.3 
 
 		 194 bp  46.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0046    96.3 
 
 		 256 bp  46.1  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>