More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_4034 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 301 aa  606  9.999999999999999e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  67.77 
 
 		 301 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  66.78 
 
 		 301 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  67.67 
 
 		 304 aa  409  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  67.77 
 
 		 301 aa  408  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  65.67 
 
 		 302 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  58.39 
 
 		 298 aa  322  6e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  54.07 
 
 		 307 aa  298  7e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 310 aa  289  4e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  47.99 
 
 		 324 aa  279  4e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  47.99 
 
 		 324 aa  279  4e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  47.68 
 
 		 324 aa  278  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  47.47 
 
 		 318 aa  276  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  48.2 
 
 		 310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  47.87 
 
 		 310 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  51.66 
 
 		 363 aa  272  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  51.01 
 
 		 341 aa  269  5e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 342 aa  268  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 341 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  50.34 
 
 		 341 aa  267  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  48.72 
 
 		 312 aa  267  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  49.66 
 
 		 354 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  49.33 
 
 		 335 aa  265  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  48.23 
 
 		 310 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 		 366 aa  260  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  46.25 
 
 		 387 aa  255  7e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  46.91 
 
 		 358 aa  252  6e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  46.91 
 
 		 368 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  46.73 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  46.08 
 
 		 412 aa  249  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 299 aa  249  3e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  47.21 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  46.41 
 
 		 366 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 320 aa  236  3e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 311 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  37.87 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 344 aa  210  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  41.12 
 
 		 318 aa  206  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  45.1 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  40.2 
 
 		 306 aa  203  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  42.64 
 
 		 323 aa  199  5e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.54 
 
 		 308 aa  199  6e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  43.12 
 
 		 317 aa  199  7e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  44.62 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  41.6 
 
 		 307 aa  197  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 314 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 308 aa  195  9e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  42.54 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 324 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  42.38 
 
 		 318 aa  193  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  38.18 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  40.52 
 
 		 318 aa  192  5e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  39.06 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 		 317 aa  192  6e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  41.85 
 
 		 315 aa  192  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 319 aa  192  7e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 		 317 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  38.89 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 		 303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 317 aa  189  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  38.89 
 
 		 314 aa  189  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  38.66 
 
 		 315 aa  189  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 307 aa  188  9e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  43.89 
 
 		 315 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  39.26 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  40.8 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  40.15 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  41.79 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  41.26 
 
 		 318 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 311 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  40.2 
 
 		 304 aa  187  3e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  38.52 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>