More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_1217 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 296 aa  581  1.0000000000000001e-165  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  69.42 
 
 		 422 aa  388  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  64.54 
 
 		 466 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  66.78 
 
 		 508 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  74.39 
 
 		 489 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  65.62 
 
 		 322 aa  362  6e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  66.26 
 
 		 457 aa  327  2.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  63.52 
 
 		 689 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  60.41 
 
 		 680 aa  302  6.000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  58.23 
 
 		 499 aa  301  7.000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  56.73 
 
 		 466 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  63.09 
 
 		 576 aa  300  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  62.66 
 
 		 704 aa  298  5e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  61.16 
 
 		 698 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  60.08 
 
 		 598 aa  298  9e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  60.08 
 
 		 598 aa  298  9e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.54 
 
 		 576 aa  298  9e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  61.22 
 
 		 620 aa  297  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.84 
 
 		 327 aa  297  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  58.82 
 
 		 690 aa  295  7e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  59.43 
 
 		 743 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  52.67 
 
 		 577 aa  293  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  59.26 
 
 		 687 aa  293  3e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.09 
 
 		 669 aa  291  7e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  57.68 
 
 		 674 aa  291  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  61.11 
 
 		 736 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.33 
 
 		 601 aa  287  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  60.68 
 
 		 795 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  57.98 
 
 		 293 aa  285  5e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  58.47 
 
 		 676 aa  280  2e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.94 
 
 		 247 aa  280  3e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.81 
 
 		 528 aa  276  3e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  51.99 
 
 		 372 aa  275  9e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.9 
 
 		 609 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  55.88 
 
 		 576 aa  269  5e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  60.26 
 
 		 784 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  57.08 
 
 		 264 aa  258  8e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.31 
 
 		 501 aa  256  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  53.81 
 
 		 286 aa  242  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  47.48 
 
 		 270 aa  216  4e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  48.88 
 
 		 285 aa  209  5e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.46 
 
 		 249 aa  166  4e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  44.86 
 
 		 251 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 253 aa  163  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  36.7 
 
 		 331 aa  160  3e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  39.57 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.54 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.68 
 
 		 328 aa  155  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.29 
 
 		 239 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  38.64 
 
 		 554 aa  153  2.9999999999999998e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 556 aa  153  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.45 
 
 		 240 aa  153  4e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 255 aa  153  4e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 567 aa  152  5e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  41.82 
 
 		 274 aa  152  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  42.2 
 
 		 292 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.2 
 
 		 292 aa  152  8.999999999999999e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  40 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 250 aa  151  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.47 
 
 		 258 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  43.84 
 
 		 624 aa  150  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1630  pseudouridine synthase, Rsu  42.86 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.494903  normal  0.993892 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 242 aa  149  6e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 242 aa  148  9e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 242 aa  148  9e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  36.36 
 
 		 242 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 243 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 242 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 242 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.71 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  41.26 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.22 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  35.95 
 
 		 242 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  35.95 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  37.04 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.95 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  38.86 
 
 		 243 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  35.95 
 
 		 242 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.91 
 
 		 239 aa  146  5e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 417 aa  145  6e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0802  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 268 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0903267  normal  0.0729553 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 243 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  41.41 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  35.12 
 
 		 242 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  39.65 
 
 		 587 aa  145  9e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  39.64 
 
 		 680 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  39.76 
 
 		 278 aa  145  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  35.29 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.27 
 
 		 237 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.41 
 
 		 513 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  37.41 
 
 		 554 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.7 
 
 		 239 aa  143  3e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 329 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.5 
 
 		 238 aa  144  3e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  37.41 
 
 		 554 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  38.4 
 
 		 554 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>