More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene JJD26997_1571 on replicon NC_009707
Organism: Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  100 
 
 
165 aa  328  2e-89  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  93.94 
 
 
165 aa  311  3e-84  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  93.33 
 
 
165 aa  310  4e-84  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0535  shikimate kinase  48.48 
 
 
165 aa  159  2e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  47.59 
 
 
170 aa  143  1e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  48.45 
 
 
174 aa  142  2e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  47.31 
 
 
184 aa  141  3e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  45.18 
 
 
173 aa  133  1e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  43.98 
 
 
177 aa  124  7e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  34.52 
 
 
190 aa  105  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  38.32 
 
 
187 aa  104  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  37.58 
 
 
173 aa  104  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  38.32 
 
 
187 aa  104  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  38.69 
 
 
166 aa  102  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  33.33 
 
 
189 aa  102  2e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  37.13 
 
 
173 aa  102  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  37.82 
 
 
208 aa  100  6e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  33.13 
 
 
182 aa  100  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  34.76 
 
 
199 aa  100  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  34.76 
 
 
209 aa  99.8  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  34.76 
 
 
184 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  34.76 
 
 
177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  34.76 
 
 
177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  34.76 
 
 
177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  34.76 
 
 
177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  34.76 
 
 
177 aa  99.4  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  41.33 
 
 
175 aa  99.8  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  41.33 
 
 
175 aa  99.8  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  39.02 
 
 
172 aa  97.8  6e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  36.14 
 
 
174 aa  97.4  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  34.15 
 
 
183 aa  97.4  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  37.5 
 
 
207 aa  96.7  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  34.76 
 
 
172 aa  96.3  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  32.1 
 
 
184 aa  96.3  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  32.93 
 
 
183 aa  95.5  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  2.52706e-08 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  33.94 
 
 
165 aa  95.1  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0495  shikimate kinase  39.35 
 
 
171 aa  94.7  5e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  34.91 
 
 
172 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  32.93 
 
 
183 aa  94.4  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  32.93 
 
 
184 aa  93.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  32.93 
 
 
184 aa  93.2  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  35.48 
 
 
172 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  35.03 
 
 
179 aa  93.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  34.55 
 
 
169 aa  93.2  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  33.54 
 
 
184 aa  93.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  35.48 
 
 
172 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  34.91 
 
 
172 aa  93.6  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  35.03 
 
 
179 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  37.21 
 
 
172 aa  91.7  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  33.13 
 
 
185 aa  92  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  32.92 
 
 
229 aa  91.3  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1593  shikimate kinase  41.28 
 
 
186 aa  91.7  5e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  34.76 
 
 
172 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  30.54 
 
 
181 aa  91.3  6e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  33.33 
 
 
196 aa  90.9  7e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  36.9 
 
 
168 aa  90.9  7e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  35.1 
 
 
186 aa  90.9  8e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  33.14 
 
 
171 aa  90.9  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  34.34 
 
 
171 aa  90.1  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.04187e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  30.81 
 
 
172 aa  89.7  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.93059e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  35.76 
 
 
186 aa  90.1  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  32.5 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  32.92 
 
 
179 aa  90.5  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  33.33 
 
 
189 aa  90.1  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  90.1  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  1.06668e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  34.97 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  34.97 
 
 
179 aa  90.1  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  34.15 
 
 
172 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0938  shikimate kinase  28.05 
 
 
172 aa  89.7  2e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.108411  normal  0.830566 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  32.5 
 
 
225 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.28588e-09  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  33.13 
 
 
165 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  30.91 
 
 
166 aa  89.7  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  33.73 
 
 
190 aa  89.4  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  33.33 
 
 
170 aa  89.4  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  32.5 
 
 
225 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  5.38429e-10  normal  0.0827574 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  32.5 
 
 
225 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  2.63169e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  32.32 
 
 
170 aa  89.4  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  34.32 
 
 
190 aa  89.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  34.13 
 
 
171 aa  89.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  3.17623e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  32.34 
 
 
170 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  33.76 
 
 
167 aa  89  3e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  30.23 
 
 
174 aa  89  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.84461e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01390  shikimate kinase  29.7 
 
 
185 aa  88.6  3e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0536542  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  33.73 
 
 
167 aa  88.6  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  1.3813e-08  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  35.9 
 
 
169 aa  88.2  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  2.8278e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  7.16125e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  5.04262e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  33.94 
 
 
183 aa  87.8  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  34.84 
 
 
172 aa  88.2  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  32.92 
 
 
192 aa  88.2  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  32.5 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  33.75 
 
 
183 aa  87.8  6e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  35.33 
 
 
171 aa  87.4  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  31.87 
 
 
173 aa  87.4  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>