268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0052 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0001  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0076  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 89 bp  73.8  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0075  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  82.95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0046  tRNA-Ser  82.95 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00798672  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.54444  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000331013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0066  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.75993  normal  0.681656 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5040  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0048  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00171886  normal  0.292826 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000507057  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>