More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_5856 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 
378 aa  760  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  50.29 
 
 
372 aa  328  8e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  50.58 
 
 
372 aa  326  4e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  50.29 
 
 
372 aa  325  7e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.59 
 
 
360 aa  316  4e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.63 
 
 
351 aa  316  5e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.93 
 
 
346 aa  313  3e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  6.1721e-08  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  45.14 
 
 
369 aa  311  1e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  50.44 
 
 
377 aa  310  3e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  46.59 
 
 
377 aa  306  5e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.48 
 
 
343 aa  305  8e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.1547e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  46.89 
 
 
390 aa  303  4e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 
373 aa  302  7e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 
373 aa  301  8e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 
373 aa  301  9e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 
373 aa  301  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.79 
 
 
371 aa  301  1e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.74 
 
 
373 aa  300  3e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.45 
 
 
373 aa  300  3e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3612  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.8 
 
 
398 aa  300  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.45 
 
 
373 aa  300  4e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.18 
 
 
373 aa  300  4e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.88 
 
 
373 aa  298  7e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  47.75 
 
 
391 aa  298  8e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.88 
 
 
373 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.88 
 
 
373 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.88 
 
 
373 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.17 
 
 
373 aa  296  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.18 
 
 
358 aa  296  4e-79  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.12 
 
 
351 aa  296  4e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.15048e-35 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  46.46 
 
 
371 aa  296  5e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.12 
 
 
351 aa  296  6e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.45 
 
 
373 aa  294  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.11 
 
 
359 aa  293  2e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.17 
 
 
373 aa  293  4e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1183  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.5 
 
 
398 aa  292  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1290  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.5 
 
 
398 aa  292  6e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0421  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.5 
 
 
398 aa  292  8e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.662236  hitchhiker  0.00298691 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.54 
 
 
388 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.69 
 
 
373 aa  291  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.02 
 
 
347 aa  291  1e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  45.95 
 
 
392 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  45.51 
 
 
410 aa  291  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3855  radical SAM enzyme, Cfr family  40.29 
 
 
348 aa  291  2e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.74079  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.07 
 
 
375 aa  290  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  44.91 
 
 
406 aa  290  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2783  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.44 
 
 
388 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.355164  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2764  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.44 
 
 
388 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  40.56 
 
 
382 aa  290  3e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2720  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.44 
 
 
388 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.564025  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004351  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.67 
 
 
375 aa  290  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  46.55 
 
 
376 aa  290  3e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2895  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.44 
 
 
388 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.41 
 
 
384 aa  289  4e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.9 
 
 
372 aa  289  4e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02409  predicted enzyme  44.41 
 
 
384 aa  289  4e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.41 
 
 
384 aa  289  4e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1160  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.41 
 
 
384 aa  289  4e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0206768 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02371  hypothetical protein  44.41 
 
 
384 aa  289  4e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  44.41 
 
 
384 aa  289  4e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.41 
 
 
384 aa  289  4e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  40.56 
 
 
382 aa  289  5e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0726  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.39 
 
 
383 aa  289  6e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2677  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.68 
 
 
388 aa  289  7e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2668  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.41 
 
 
384 aa  288  8e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  45.38 
 
 
392 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  45.97 
 
 
373 aa  288  1e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0016411  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  45.38 
 
 
392 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.69 
 
 
380 aa  288  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  44.18 
 
 
429 aa  287  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1115  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.22 
 
 
392 aa  287  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3742  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.13 
 
 
384 aa  287  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  46.06 
 
 
428 aa  287  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.23 
 
 
398 aa  287  3e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1255  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.92 
 
 
400 aa  286  4e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.450874  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3017  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.92 
 
 
419 aa  285  7e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  44 
 
 
375 aa  285  8e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  45.06 
 
 
356 aa  285  8e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  42.49 
 
 
364 aa  285  8e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  41.62 
 
 
403 aa  285  9e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  46.22 
 
 
394 aa  285  9e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  43.35 
 
 
349 aa  285  1e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.55 
 
 
393 aa  284  2e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  43.42 
 
 
396 aa  284  2e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  45.11 
 
 
365 aa  284  2e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  42.32 
 
 
372 aa  283  3e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  41.95 
 
 
382 aa  283  3e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  45.94 
 
 
402 aa  283  4e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1567  hypothetical protein  45.72 
 
 
346 aa  283  4e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00430195  hitchhiker  0.00703244 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0850  radical SAM enzyme, Cfr family  41.21 
 
 
381 aa  283  5e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0880  radical SAM protein  41.21 
 
 
381 aa  283  5e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.588351  normal  0.297118 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1353  radical SAM protein  41.95 
 
 
371 aa  282  5e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.60208e-10 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0893  radical SAM protein  41.21 
 
 
381 aa  282  6e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.55307e-08 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  41.43 
 
 
378 aa  282  6e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  42.86 
 
 
379 aa  282  7e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  45.93 
 
 
425 aa  281  1e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  46.22 
 
 
425 aa  281  1e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0900  hypothetical protein  46.26 
 
 
372 aa  281  2e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  41.79 
 
 
382 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  47.97 
 
 
354 aa  281  2e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  8.83258e-08  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>