More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4953 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
369 aa  737    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  44.83 
 
 
323 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  45.14 
 
 
323 aa  242  7.999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  44.83 
 
 
318 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  43.4 
 
 
350 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.99 
 
 
343 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.35 
 
 
403 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.95 
 
 
318 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  35 
 
 
370 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.36 
 
 
403 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.36 
 
 
315 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.13 
 
 
333 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.33 
 
 
311 aa  150  2e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.86 
 
 
344 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 
311 aa  150  2e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  34.78 
 
 
370 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  28.75 
 
 
336 aa  147  3e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  34.56 
 
 
322 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  30.97 
 
 
342 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  29.73 
 
 
339 aa  146  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  33.81 
 
 
399 aa  146  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  33.75 
 
 
318 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  31.29 
 
 
346 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  32.23 
 
 
341 aa  145  1e-33  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  35.42 
 
 
358 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  33.23 
 
 
331 aa  145  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  35.1 
 
 
332 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.13 
 
 
314 aa  144  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  33.53 
 
 
329 aa  144  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  32.52 
 
 
328 aa  143  5e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  30.15 
 
 
347 aa  143  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  32.05 
 
 
325 aa  143  6e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  31.74 
 
 
362 aa  143  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.06 
 
 
320 aa  142  9e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  31.44 
 
 
345 aa  142  9.999999999999999e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.89 
 
 
315 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  30.12 
 
 
306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  30.89 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  33.82 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.42 
 
 
348 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.59 
 
 
343 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  34.86 
 
 
316 aa  140  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  32.01 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  32.01 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  32.01 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  29.11 
 
 
352 aa  140  3.9999999999999997e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.01 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.01 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.01 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.4 
 
 
319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.01 
 
 
319 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  30.72 
 
 
346 aa  139  4.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.49 
 
 
391 aa  139  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.61 
 
 
347 aa  139  7e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31 
 
 
356 aa  139  7e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.13 
 
 
333 aa  139  7e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
370 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  33.71 
 
 
342 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.82 
 
 
313 aa  138  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  31.56 
 
 
305 aa  138  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.62 
 
 
334 aa  139  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  30.72 
 
 
315 aa  138  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  34.91 
 
 
334 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.46 
 
 
303 aa  137  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.08 
 
 
319 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.71 
 
 
319 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.08 
 
 
319 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.08 
 
 
319 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.08 
 
 
319 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.08 
 
 
319 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  33.64 
 
 
325 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  29.82 
 
 
343 aa  138  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.44 
 
 
438 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  34.02 
 
 
339 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  33.94 
 
 
431 aa  137  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  30.7 
 
 
336 aa  136  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  35.33 
 
 
327 aa  136  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.71 
 
 
316 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  30.28 
 
 
326 aa  136  7.000000000000001e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  34.58 
 
 
310 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.58 
 
 
319 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  36.42 
 
 
345 aa  135  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  32.32 
 
 
310 aa  135  9e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  29.88 
 
 
330 aa  135  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  32.22 
 
 
313 aa  135  9e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.03 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 
334 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  27.96 
 
 
329 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  27.63 
 
 
329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  31.89 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2435  pseudouridine synthase, RluA family  33.54 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267395  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  37.58 
 
 
336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  28.44 
 
 
420 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  34.88 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  34.88 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  27.66 
 
 
329 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  27.66 
 
 
319 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.05 
 
 
324 aa  134  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  30.42 
 
 
348 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>