237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4933 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 442 aa  863    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  46.01 
 
 		 527 aa  361  2e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  48.15 
 
 		 512 aa  359  5e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  52.82 
 
 		 513 aa  286  4e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  53.11 
 
 		 513 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  40.79 
 
 		 517 aa  268  1e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51.64 
 
 		 509 aa  264  3e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  48.36 
 
 		 511 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  47.48 
 
 		 508 aa  252  9.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  47.02 
 
 		 506 aa  250  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  54.14 
 
 		 513 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  47.66 
 
 		 534 aa  246  6e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  49.85 
 
 		 520 aa  244  3e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  49.85 
 
 		 520 aa  244  3e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  49.85 
 
 		 520 aa  244  3e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  56.55 
 
 		 519 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  49.84 
 
 		 537 aa  240  2.9999999999999997e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  49.26 
 
 		 507 aa  240  4e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  46.73 
 
 		 539 aa  234  2.0000000000000002e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  43.84 
 
 		 507 aa  232  9e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  46.8 
 
 		 522 aa  226  4e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  46.75 
 
 		 503 aa  225  2e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  45.68 
 
 		 510 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  43.86 
 
 		 509 aa  199  7.999999999999999e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  46.1 
 
 		 592 aa  176  9.999999999999999e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.11 
 
 		 553 aa  173  5e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.88 
 
 		 610 aa  166  6.9999999999999995e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.83 
 
 		 562 aa  162  1e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  35.36 
 
 		 568 aa  162  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.46 
 
 		 556 aa  160  3e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.7 
 
 		 592 aa  160  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.34 
 
 		 594 aa  157  3e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.11 
 
 		 573 aa  156  8e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.55 
 
 		 531 aa  152  1e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.07 
 
 		 573 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  38.78 
 
 		 576 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.18 
 
 		 573 aa  146  8.000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.93 
 
 		 567 aa  145  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.58 
 
 		 573 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.55 
 
 		 552 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  35.45 
 
 		 601 aa  138  2e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  32.18 
 
 		 603 aa  134  3.9999999999999996e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  35.18 
 
 		 547 aa  132  9e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.12 
 
 		 582 aa  129  8.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  31.36 
 
 		 549 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  34.34 
 
 		 584 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.02 
 
 		 550 aa  126  6e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.8 
 
 		 601 aa  125  2e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  31.75 
 
 		 584 aa  124  3e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.47 
 
 		 590 aa  123  8e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.27 
 
 		 588 aa  123  8e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  34.4 
 
 		 583 aa  122  9e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  33.33 
 
 		 546 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  34.58 
 
 		 584 aa  119  9e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.35 
 
 		 548 aa  116  6e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.57 
 
 		 583 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  29.73 
 
 		 598 aa  108  3e-22  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.23 
 
 		 1017 aa  99.8  8e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  28.79 
 
 		 816 aa  98.6  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  26.85 
 
 		 664 aa  90.9  5e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  31.43 
 
 		 719 aa  86.7  7e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  29.68 
 
 		 803 aa  86.7  8e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  27.8 
 
 		 514 aa  84  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  27.91 
 
 		 584 aa  75.1  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  36.22 
 
 		 343 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  25.38 
 
 		 545 aa  70.5  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  28.26 
 
 		 534 aa  66.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  40.31 
 
 		 574 aa  65.1  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  25.11 
 
 		 530 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  34.58 
 
 		 550 aa  65.5  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  39.06 
 
 		 522 aa  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  26.27 
 
 		 532 aa  63.9  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  37.06 
 
 		 321 aa  63.5  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  24.68 
 
 		 932 aa  62.4  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  27.27 
 
 		 651 aa  61.6  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  26.59 
 
 		 552 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  27.7 
 
 		 551 aa  61.6  0.00000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  29.61 
 
 		 828 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0596  ATP dependent DNA ligase  34.46 
 
 		 310 aa  61.2  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360914  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  25.4 
 
 		 538 aa  60.8  0.00000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  27.46 
 
 		 553 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  23.3 
 
 		 533 aa  60.1  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  26.83 
 
 		 552 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  30.82 
 
 		 568 aa  59.7  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  29.17 
 
 		 532 aa  59.7  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  32.71 
 
 		 532 aa  59.7  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0365  ATP dependent DNA ligase  31.03 
 
 		 324 aa  59.3  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0278595  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  32.21 
 
 		 359 aa  59.3  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  35.29 
 
 		 376 aa  59.3  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  27.41 
 
 		 533 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  33.9 
 
 		 531 aa  58.2  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  36.55 
 
 		 815 aa  58.2  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  35.29 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.83 
 
 		 495 aa  57.4  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  27.3 
 
 		 561 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  34.42 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  34.81 
 
 		 353 aa  57  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  30.19 
 
 		 570 aa  57  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  34.81 
 
 		 353 aa  57  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  22.81 
 
 		 546 aa  57  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>