More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4406 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  505  9.999999999999999e-143  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.410481  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  77.47 
 
 
253 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  74.31 
 
 
253 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  73.91 
 
 
253 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  75.1 
 
 
253 aa  381  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  73.52 
 
 
253 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  73.91 
 
 
253 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  70.63 
 
 
253 aa  364  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43180  short chain dehydrogenase  76.28 
 
 
253 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.350844 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
252 aa  251  6e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  51.37 
 
 
255 aa  248  5e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  53.63 
 
 
251 aa  238  6.999999999999999e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 
257 aa  237  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  50.4 
 
 
249 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
272 aa  233  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  46.77 
 
 
256 aa  229  2e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
253 aa  228  6e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
255 aa  228  7e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.75 
 
 
256 aa  226  4e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
258 aa  225  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.5 
 
 
265 aa  220  1.9999999999999999e-56  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
250 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.12 
 
 
248 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.67 
 
 
253 aa  214  9.999999999999999e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 
255 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
282 aa  211  1e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.71 
 
 
262 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
255 aa  207  9e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
252 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
255 aa  206  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
252 aa  205  5e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
257 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 
250 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.24 
 
 
256 aa  201  9.999999999999999e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
251 aa  199  3e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.4 
 
 
251 aa  198  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
251 aa  198  6e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
252 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
258 aa  198  7e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
251 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.24 
 
 
255 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 
252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
253 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.024976  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.09 
 
 
252 aa  195  5.000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.191751  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  46.56 
 
 
251 aa  194  8.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
264 aa  193  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
254 aa  193  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  46.3 
 
 
253 aa  192  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
260 aa  192  4e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
252 aa  192  5e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
254 aa  190  1e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
248 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  45.56 
 
 
248 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 
263 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
250 aa  190  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
248 aa  189  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.849975  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
255 aa  189  4e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.259784  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
248 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
252 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.566971  normal  0.585219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
283 aa  187  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.11 
 
 
255 aa  187  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.68 
 
 
246 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.15 
 
 
274 aa  185  8e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0720968  normal  0.127644 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
271 aa  185  8e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
246 aa  184  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
252 aa  182  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
265 aa  181  7e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
250 aa  181  8.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
252 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 
246 aa  181  8.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.9 
 
 
246 aa  181  8.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
252 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  42.23 
 
 
257 aa  181  1e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
252 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
258 aa  180  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
256 aa  179  2.9999999999999997e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  44.26 
 
 
262 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
252 aa  179  4e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
257 aa  178  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
258 aa  178  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
269 aa  178  7e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.255418  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
258 aa  178  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
252 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
252 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
267 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 
253 aa  177  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  0.414505 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.75 
 
 
246 aa  177  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
252 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2879  putative alcohol dehydrogenase, zinc-independent  42.25 
 
 
265 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.575303  normal  0.558378 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>