More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4167 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_4167  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
205 aa  412  1e-114  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.209234  normal  0.395118 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2486  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.05 
 
 
202 aa  144  7.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  34.41 
 
 
193 aa  125  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.77 
 
 
199 aa  125  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.98 
 
 
199 aa  123  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.98 
 
 
199 aa  123  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.98 
 
 
199 aa  123  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.98 
 
 
199 aa  123  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  37.23 
 
 
199 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.98 
 
 
199 aa  123  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.17 
 
 
199 aa  122  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.17 
 
 
199 aa  122  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  122  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.46 
 
 
199 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  121  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  33.33 
 
 
193 aa  121  7e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.05 
 
 
192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2611  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.15 
 
 
184 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
190 aa  119  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.22 
 
 
191 aa  118  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.34816  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  36.17 
 
 
392 aa  118  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
192 aa  118  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
192 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.26 
 
 
193 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.11 
 
 
199 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.23 
 
 
203 aa  115  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
193 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.05 
 
 
169 aa  115  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2251  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.18 
 
 
193 aa  115  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000015974  normal  0.140687 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.81 
 
 
192 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.45 
 
 
208 aa  114  8.999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  35.45 
 
 
208 aa  114  8.999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1471  RNA polymerase sigma factor RpoE  34.76 
 
 
192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.72 
 
 
193 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4232  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  34.66 
 
 
180 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.000395934  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.79 
 
 
223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.97 
 
 
191 aa  112  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.98 
 
 
198 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.81 
 
 
192 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
192 aa  112  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.39 
 
 
211 aa  111  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  32.09 
 
 
201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2942  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.31 
 
 
192 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00874185  normal  0.936687 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.15 
 
 
193 aa  109  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5489  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.57 
 
 
189 aa  108  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.749845 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.79 
 
 
191 aa  108  6e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.12 
 
 
200 aa  107  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1342  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
192 aa  107  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3171  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
181 aa  107  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
192 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0729603  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
192 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0097263  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3032  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.27 
 
 
192 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207774  normal  0.587259 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.18 
 
 
200 aa  107  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0312752  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  35.42 
 
 
194 aa  107  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.52 
 
 
220 aa  107  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02467  RNA polymerase, sigma 24 (sigma E) factor  31.15 
 
 
191 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1095  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.15 
 
 
191 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.066922  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1153  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.73 
 
 
192 aa  106  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000609864  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.16 
 
 
200 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.8 
 
 
200 aa  106  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1104  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.15 
 
 
191 aa  107  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451168  normal  0.962862 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1261  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
189 aa  106  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.782588  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.91 
 
 
199 aa  107  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2859  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.15 
 
 
191 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0265071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02431  hypothetical protein  31.15 
 
 
191 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2728  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.15 
 
 
191 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.134182  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1194  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.57 
 
 
189 aa  106  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000462206  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.13 
 
 
177 aa  106  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2938  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.15 
 
 
191 aa  106  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.497445  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5681  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.93 
 
 
199 aa  106  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.232887  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2726  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.15 
 
 
191 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11882  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3810  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.15 
 
 
191 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0374939  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3060  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  106  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26324  hitchhiker  0.000187341 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2750  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.405161  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2362  sigma-24 (FecI-like)  35.84 
 
 
200 aa  105  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000744354 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2832  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2854  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.249889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2850  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718935  normal  0.190623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2966  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
191 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3118  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
192 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.239779  normal  0.0316292 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1195  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.41 
 
 
192 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>