More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4016 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_2960  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.54 
 
 
1390 aa  1659  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514981  normal  0.612032 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.67 
 
 
1488 aa  1139  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.36 
 
 
1375 aa  1675  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  54.01 
 
 
1174 aa  714  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04530  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.35 
 
 
1383 aa  1588  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0997174  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3314  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.05 
 
 
1368 aa  1546  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3652  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.46 
 
 
1368 aa  1537  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.220946  hitchhiker  6.67023e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4475  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.99 
 
 
1342 aa  1575  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0736818  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1041  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.82 
 
 
1312 aa  1279  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1428  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  45.5 
 
 
1270 aa  1165  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.894677  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2848  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.24 
 
 
1368 aa  1539  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.28 
 
 
1387 aa  1669  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2106  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.56 
 
 
1384 aa  1563  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0644464  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0232  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.14 
 
 
1259 aa  1283  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.200123  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.6 
 
 
1368 aa  1548  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716165 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0042  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.03 
 
 
1366 aa  1543  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.24956e-16 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3867  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.75 
 
 
1375 aa  1526  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0196  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.36 
 
 
1312 aa  1163  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1339  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.96 
 
 
1497 aa  1362  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.61 
 
 
1286 aa  1207  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5453  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.99 
 
 
1342 aa  1575  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.182219  hitchhiker  0.00256328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2866  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.71 
 
 
1342 aa  1542  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.131495  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0490  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  59.15 
 
 
1362 aa  1630  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  1.21478e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4560  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.92 
 
 
1342 aa  1571  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  2.63321e-10 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.92 
 
 
1342 aa  1571  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0669661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0926  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.22 
 
 
1371 aa  1943  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2271  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  73.31 
 
 
1422 aa  2080  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0258  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.35 
 
 
1470 aa  1123  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0398012  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.92 
 
 
1342 aa  1571  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.4876 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4483  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.92 
 
 
1342 aa  1571  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.977508  hitchhiker  0.00153179 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.92 
 
 
1342 aa  1571  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  6.17327e-14 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0749  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.01 
 
 
1384 aa  1583  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.910245  normal  0.541943 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2679  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.12 
 
 
1303 aa  1165  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.20242  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0288  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.27 
 
 
1301 aa  1199  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.120882  normal  0.0261022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3687  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.34 
 
 
1374 aa  1665  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.335052  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.38 
 
 
1302 aa  1198  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.672728  hitchhiker  0.00209442 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2196  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.35 
 
 
1384 aa  1557  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.035759  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.86 
 
 
1374 aa  1686  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.75 
 
 
1368 aa  1553  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0158483  normal  0.343898 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0702  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  61.6 
 
 
1368 aa  1686  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.33 
 
 
1141 aa  744  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.1 
 
 
1343 aa  1550  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862378  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0277  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.7 
 
 
1342 aa  1563  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274525  normal  0.0126314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.62 
 
 
1343 aa  1544  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397573  unclonable  9.17955e-10 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.99 
 
 
1342 aa  1575  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00027001  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4220  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.99 
 
 
1342 aa  1575  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000188468  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.01 
 
 
1342 aa  1543  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.69 
 
 
1377 aa  1626  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.310876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.27 
 
 
1358 aa  1689  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2729  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  60.75 
 
 
1362 aa  1675  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.466939 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1782  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.87 
 
 
1182 aa  720  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3860  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.82 
 
 
1342 aa  1566  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00178402  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2221  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  73.16 
 
 
1416 aa  2081  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480629  decreased coverage  0.00212341 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1947  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.57 
 
 
1377 aa  1680  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.04 
 
 
1343 aa  1551  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.57 
 
 
1378 aa  1614  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.74 
 
 
1143 aa  726  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.03 
 
 
1322 aa  1538  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.146327  hitchhiker  0.0018171 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4697  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.62 
 
 
1343 aa  1547  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.117256  hitchhiker  3.43099e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3839  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.07 
 
 
1374 aa  1667  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353736  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4756  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.58 
 
 
1357 aa  1610  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4435  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.99 
 
 
1342 aa  1575  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.399722  decreased coverage  2.77463e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4038  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.99 
 
 
1342 aa  1575  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0403787  hitchhiker  0.00374316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.82 
 
 
1342 aa  1566  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.94 
 
 
1183 aa  758  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0794  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.15 
 
 
1360 aa  1644  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.235631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0477  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.73 
 
 
1357 aa  1613  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.67 
 
 
1238 aa  886  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.28 
 
 
1376 aa  1675  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.75 
 
 
1342 aa  1563  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102382  normal  0.453839 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0328  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.84 
 
 
1375 aa  1632  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.853361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0241  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.04 
 
 
1368 aa  1560  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.060417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0510  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.83 
 
 
1370 aa  1548  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301661  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3687  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.99 
 
 
1278 aa  831  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0680  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.59 
 
 
1171 aa  708  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00025  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  48.23 
 
 
1270 aa  1231  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0316  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  55.8 
 
 
1388 aa  1546  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.376898  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.06 
 
 
1342 aa  1571  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.31 
 
 
1190 aa  851  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  62.5 
 
 
1126 aa  770  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.4 
 
 
1149 aa  714  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2072  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.8 
 
 
1363 aa  1593  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.244154  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.76 
 
 
1227 aa  741  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.69 
 
 
1176 aa  858  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0714  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  60.53 
 
 
1178 aa  728  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0122097  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2781  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.11 
 
 
1363 aa  1556  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.32 
 
 
1235 aa  821  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.19 
 
 
1178 aa  707  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000134486  normal  0.250195 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20950  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.49 
 
 
1161 aa  702  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.81555  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19910  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.86 
 
 
1185 aa  717  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.168959  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0426  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.19 
 
 
1269 aa  1202  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.277885  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03800  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.59 
 
 
1170 aa  711  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  100 
 
 
1403 aa  2865  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1138  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.48 
 
 
1168 aa  710  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002173  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  56.96 
 
 
1342 aa  1545  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5116  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.51 
 
 
1155 aa  714  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.303948 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0543  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.89 
 
 
1155 aa  755  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174564  normal  0.14479 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0753  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58 
 
 
1170 aa  711  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2667  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.36 
 
 
1168 aa  713  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.31 
 
 
1173 aa  881  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>