More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3478 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  100 
 
 
200 aa  387  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0624  riboflavin synthase subunit alpha  53.77 
 
 
215 aa  204  6e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00110444  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1689  riboflavin synthase subunit alpha  53.57 
 
 
217 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.1872  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1446  riboflavin synthase subunit alpha  50.52 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0547  riboflavin synthase subunit alpha  44.72 
 
 
217 aa  197  6e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0531  riboflavin synthase subunit alpha  44.72 
 
 
217 aa  197  7.999999999999999e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.990747  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2299  riboflavin synthase subunit alpha  51.55 
 
 
221 aa  194  7e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.433385  hitchhiker  0.00000264198 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  51.55 
 
 
216 aa  194  1e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1981  riboflavin synthase subunit alpha  51.55 
 
 
216 aa  192  3e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1073  riboflavin synthase subunit alpha  44.39 
 
 
215 aa  191  5e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1221  riboflavin synthase subunit alpha  47.24 
 
 
226 aa  190  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.464139  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0105  riboflavin synthase subunit alpha  45.36 
 
 
218 aa  188  4e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  46.73 
 
 
217 aa  187  5.999999999999999e-47  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1379  riboflavin synthase subunit alpha  49.75 
 
 
220 aa  187  1e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1421  riboflavin synthase subunit alpha  48.24 
 
 
220 aa  187  1e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00972231  normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1560  riboflavin synthase, alpha subunit  47.98 
 
 
220 aa  186  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1595  riboflavin synthase subunit alpha  47.98 
 
 
213 aa  186  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000438085  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0397  riboflavin synthase subunit alpha  49.48 
 
 
216 aa  185  4e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.174246  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1017  riboflavin synthase subunit alpha  45.88 
 
 
217 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.743536  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1657  riboflavin synthase subunit alpha  48.47 
 
 
219 aa  182  3e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.389961  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0177  riboflavin synthase subunit alpha  44.1 
 
 
210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.767417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1312  riboflavin synthase subunit alpha  41.84 
 
 
221 aa  180  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.903669  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1097  riboflavin synthase subunit alpha  43.3 
 
 
218 aa  180  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107827  normal  0.803042 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1163  riboflavin synthase subunit alpha  43.3 
 
 
218 aa  180  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.166605  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07100  riboflavin synthase, alpha subunit  48.21 
 
 
223 aa  179  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.283211 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2833  Riboflavin synthase  50.76 
 
 
202 aa  179  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.351084  normal  0.0191477 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2182  riboflavin synthase subunit alpha  46.43 
 
 
215 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000398274  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3707  riboflavin synthase, alpha subunit  50.51 
 
 
196 aa  179  2.9999999999999997e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0123  riboflavin synthase, alpha subunit  44.44 
 
 
239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1188  riboflavin synthase subunit alpha  43.81 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0484679  normal  0.881373 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0916  riboflavin synthase subunit alpha  48.45 
 
 
217 aa  178  4e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00048096  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1097  riboflavin synthase subunit alpha  42.78 
 
 
218 aa  178  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146706  normal  0.608902 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4221  riboflavin synthase subunit alpha  44.33 
 
 
214 aa  178  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0386  riboflavin synthase subunit alpha  47.42 
 
 
214 aa  178  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3468  riboflavin synthase subunit alpha  42.78 
 
 
218 aa  178  5.999999999999999e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2005  riboflavin synthase subunit alpha  44.9 
 
 
218 aa  177  5.999999999999999e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0140108  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1016  riboflavin synthase subunit alpha  43.81 
 
 
214 aa  176  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2766  riboflavin synthase, alpha subunit  50 
 
 
201 aa  176  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.210112  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0009  riboflavin synthase subunit alpha  47 
 
 
208 aa  177  1e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0568  riboflavin synthase subunit alpha  44.9 
 
 
221 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2809  riboflavin synthase subunit alpha  46.91 
 
 
214 aa  176  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.352562  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04399  riboflavin synthase subunit alpha  47.18 
 
 
200 aa  176  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2777  riboflavin synthase subunit alpha  43.3 
 
 
218 aa  177  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0829317  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1036  riboflavin synthase subunit alpha  43.3 
 
 
219 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00015592  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2092  riboflavin synthase subunit alpha  54.94 
 
 
187 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0515  riboflavin synthase subunit alpha  44.9 
 
 
221 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01419  riboflavin synthase subunit alpha  41.84 
 
 
220 aa  176  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000127826  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2024  riboflavin synthase subunit alpha  44.9 
 
 
218 aa  176  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0550  riboflavin synthase subunit alpha  44.9 
 
 
221 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0561  riboflavin synthase subunit alpha  44.9 
 
 
221 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1145  riboflavin synthase subunit alpha  42.05 
 
 
217 aa  176  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000276723  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2030  riboflavin synthase, alpha subunit  48.48 
 
 
211 aa  176  2e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2809  riboflavin synthase subunit alpha  42.78 
 
 
214 aa  176  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004264  riboflavin synthase alpha chain  42.21 
 
 
217 aa  176  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000121594  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0167  riboflavin synthase subunit alpha  46.97 
 
 
223 aa  176  2e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18150  riboflavin synthase, alpha subunit  49.75 
 
 
200 aa  176  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0923  riboflavin synthase subunit alpha  41 
 
 
218 aa  176  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2189  riboflavin synthase subunit alpha  50.26 
 
 
201 aa  175  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000572802 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1399  riboflavin synthase subunit alpha  42.21 
 
 
221 aa  175  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.706898  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1383  riboflavin synthase subunit alpha  42.5 
 
 
220 aa  175  4e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00417649  hitchhiker  0.000000386622 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0061  riboflavin synthase subunit alpha  49 
 
 
218 aa  175  5e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.201459  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1860  riboflavin synthase subunit alpha  41.71 
 
 
217 aa  175  5e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0164931  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3158  riboflavin synthase subunit alpha  43.3 
 
 
218 aa  175  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00280959  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1212  riboflavin synthase subunit alpha  42.78 
 
 
218 aa  174  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.254692 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01167  riboflavin synthase subunit alpha  40 
 
 
217 aa  174  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3159  riboflavin synthase subunit alpha  42.78 
 
 
218 aa  174  6e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00317838  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4279  riboflavin synthase, alpha subunit  46.97 
 
 
203 aa  174  6e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0272577 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1750  riboflavin synthase, alpha subunit  45.18 
 
 
213 aa  174  9e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.206972  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0298  riboflavin synthase, alpha subunit  47.42 
 
 
218 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3023  riboflavin synthase subunit alpha  42.35 
 
 
214 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.20126  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0474  riboflavin synthase, alpha subunit  47.42 
 
 
218 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000469056 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1227  riboflavin synthase subunit alpha  42.35 
 
 
214 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00725897 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1619  riboflavin synthase subunit alpha  47.69 
 
 
218 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0904946  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1046  riboflavin synthase subunit alpha  44.39 
 
 
219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1765  riboflavin synthase, alpha subunit  51.28 
 
 
214 aa  172  2.9999999999999996e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3302  riboflavin synthase subunit alpha  42.27 
 
 
218 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.121431  decreased coverage  0.000098078 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5018  riboflavin synthase subunit alpha  43.88 
 
 
220 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1847  riboflavin synthase subunit alpha  47.94 
 
 
200 aa  172  3.9999999999999995e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  47.42 
 
 
219 aa  171  5e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11410  riboflavin synthase subunit alpha  43.88 
 
 
219 aa  171  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.593747  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06730  riboflavin synthase subunit alpha  44.9 
 
 
219 aa  171  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1441  riboflavin synthase subunit alpha  38.27 
 
 
220 aa  171  6.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2946  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 
205 aa  171  6.999999999999999e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.175022  normal  0.644585 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1372  riboflavin synthase subunit alpha  49.23 
 
 
199 aa  171  7.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.336061  normal  0.17313 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1163  riboflavin synthase subunit alpha  42.27 
 
 
221 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000497127  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3094  riboflavin synthase subunit alpha  46.53 
 
 
230 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.112712 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1907  riboflavin synthase subunit alpha  48.72 
 
 
200 aa  170  2e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11441  riboflavin synthase subunit alpha  51.52 
 
 
201 aa  169  2e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.370285 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1868  riboflavin synthase subunit alpha  45.96 
 
 
220 aa  169  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3107  riboflavin synthase, alpha subunit  46.27 
 
 
223 aa  170  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.409641 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2996  riboflavin synthase, alpha subunit  48.19 
 
 
202 aa  168  4e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.427798  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0376  riboflavin synthase subunit alpha  47.94 
 
 
221 aa  169  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0815037 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2252  riboflavin synthase subunit alpha  44.16 
 
 
200 aa  168  5e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.743387 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1274  riboflavin synthase subunit alpha  41.75 
 
 
220 aa  167  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000236102  hitchhiker  0.00000000155009 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0747  riboflavin synthase subunit alpha  42.78 
 
 
216 aa  167  7e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3959  riboflavin synthase, alpha subunit  47.29 
 
 
207 aa  167  7e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0989485 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1868  riboflavin synthase, alpha subunit  41.84 
 
 
216 aa  167  8e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0165858  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2078  riboflavin synthase, alpha subunit  44.67 
 
 
216 aa  167  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00424988  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  47.15 
 
 
196 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  46.67 
 
 
197 aa  167  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0426247 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>