More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3368 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
503 aa  992    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.81 
 
 
487 aa  161  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  27.59 
 
 
482 aa  97.8  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  27.86 
 
 
482 aa  96.7  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  28.83 
 
 
454 aa  80.5  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  28.97 
 
 
412 aa  75.5  0.000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11563  predicted protein  26.46 
 
 
238 aa  74.7  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.684972  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.15 
 
 
231 aa  72.8  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  24.16 
 
 
482 aa  69.7  0.0000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4405  cyclic nucleotide-binding protein  33.85 
 
 
148 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  36.84 
 
 
413 aa  69.3  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5013  cyclic nucleotide-binding protein  34.88 
 
 
147 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.32822  normal  0.191008 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3019  cyclic nucleotide-binding protein  36.15 
 
 
149 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.852704  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  24.49 
 
 
801 aa  67  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  36.64 
 
 
224 aa  67  0.0000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2896  cyclic nucleotide-binding  35.38 
 
 
194 aa  66.6  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.633977  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3722  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.31 
 
 
760 aa  66.2  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.44099  normal  0.232019 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  24.48 
 
 
241 aa  66.2  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  23.19 
 
 
811 aa  66.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4167  cyclic nucleotide-binding protein  35.61 
 
 
570 aa  66.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_82287  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit)  26.39 
 
 
441 aa  66.2  0.000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.770378 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
226 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.86 
 
 
225 aa  65.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0718  cyclic nucleotide-binding  29.68 
 
 
747 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00567448  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3122  cyclic nucleotide-binding protein  35.38 
 
 
149 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.196103 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3025  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.46 
 
 
179 aa  65.1  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339332  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_4561  predicted protein  35.04 
 
 
121 aa  65.1  0.000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0295097 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.47 
 
 
154 aa  64.3  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
225 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0301  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  24.66 
 
 
858 aa  64.3  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  36.15 
 
 
225 aa  64.3  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  28.91 
 
 
155 aa  64.3  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2719  cyclic nucleotide-binding protein  34.09 
 
 
151 aa  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460468  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1892  cyclic nucleotide-binding protein  32.82 
 
 
147 aa  63.5  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.326195  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  30.6 
 
 
243 aa  63.2  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  31.97 
 
 
322 aa  63.2  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1878  cyclic nucleotide-binding protein  31.69 
 
 
275 aa  63.2  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.116046  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.12 
 
 
155 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  33.33 
 
 
226 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13268  transmembrane transport protein  34.65 
 
 
1048 aa  62  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.321047 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.06 
 
 
236 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
225 aa  62.4  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0617  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 
577 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0611  hypothetical protein  27.94 
 
 
738 aa  61.6  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.02 
 
 
226 aa  60.8  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.16 
 
 
219 aa  60.8  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37 
 
 
1056 aa  60.5  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2270  cyclic nucleotide-binding protein  30.1 
 
 
477 aa  60.1  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166052 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  31.25 
 
 
563 aa  59.7  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30628  predicted protein  30.65 
 
 
1085 aa  60.1  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27248  predicted protein  25.52 
 
 
680 aa  59.7  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.2735 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_29662  predicted protein  25.52 
 
 
680 aa  59.7  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.226582  normal  0.0425728 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3912  cyclic nucleotide-binding protein  28.87 
 
 
144 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1573  cyclic nucleotide-binding  27.21 
 
 
158 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.490025  hitchhiker  0.00990577 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  35.43 
 
 
425 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3834  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  24 
 
 
1018 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.823997 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.66 
 
 
226 aa  58.9  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.43 
 
 
425 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  30.77 
 
 
154 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  30.77 
 
 
239 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.09 
 
 
230 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  18.43 
 
 
868 aa  58.5  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.66 
 
 
228 aa  58.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2593  cyclic nucleotide-binding protein  26.69 
 
 
707 aa  57.8  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000223415 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4002  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  24.62 
 
 
1018 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5025  cyclic nucleotide-binding  33.61 
 
 
749 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0554599  normal  0.33022 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
230 aa  57.4  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1928  cyclic nucleotide-binding protein  28.79 
 
 
153 aa  57.4  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.95 
 
 
239 aa  57  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1433  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.22 
 
 
408 aa  57.4  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.532362  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.6 
 
 
242 aa  57  0.0000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_004310  BR2005  cyclic nucleotide-binding protein  28.03 
 
 
153 aa  57  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  29.06 
 
 
512 aa  57  0.0000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.46 
 
 
146 aa  56.6  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3831  cyclic nucleotide-binding protein  28.22 
 
 
435 aa  56.2  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0387698 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  32.54 
 
 
419 aa  56.2  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3195  cyclic nucleotide-binding protein  35.58 
 
 
598 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2710  cyclic nucleotide-binding protein  25.41 
 
 
388 aa  56.6  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  31.78 
 
 
412 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
246 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
230 aa  55.5  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  36.19 
 
 
355 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  29.84 
 
 
860 aa  55.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0475  bacteriocin-processing peptidase  25 
 
 
1018 aa  55.8  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.977404  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.83 
 
 
225 aa  55.5  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  34.44 
 
 
164 aa  55.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
228 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  32.35 
 
 
222 aa  55.5  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
233 aa  55.1  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  34.11 
 
 
224 aa  55.1  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1108  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.35 
 
 
1075 aa  54.7  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000733786  normal  0.267995 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.19 
 
 
224 aa  54.7  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1302  TPR domain-containing protein  34.02 
 
 
846 aa  54.3  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1374  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.11 
 
 
624 aa  54.3  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.138128  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  31.01 
 
 
225 aa  54.3  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0161  cyclic nucleotide-binding protein  29.27 
 
 
583 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102095  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  28.12 
 
 
154 aa  53.9  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  28.72 
 
 
621 aa  53.9  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4598  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
414 aa  53.9  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  31.01 
 
 
419 aa  53.9  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>