More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_2515 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  100 
 
 
389 aa  776    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  59.36 
 
 
357 aa  336  5e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.24 
 
 
322 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  57.24 
 
 
322 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  56.89 
 
 
322 aa  316  5e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  54.17 
 
 
326 aa  304  1.0000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.47 
 
 
433 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  51.07 
 
 
350 aa  282  8.000000000000001e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2474  RNA polymerase sigma 70 family subunit  50.71 
 
 
321 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632175  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0477  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  49.12 
 
 
474 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0144971 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1549  sigma-70 region 2 domain-containing protein  49.45 
 
 
356 aa  268  1e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000354786  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2116  sigma 70 family protein  49.45 
 
 
360 aa  265  1e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00000000331512  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1859  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.23 
 
 
356 aa  258  1e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.539066  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.42 
 
 
285 aa  225  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  44.44 
 
 
284 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.82 
 
 
292 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.2 
 
 
280 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  44.07 
 
 
279 aa  219  6e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.78 
 
 
282 aa  218  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.68 
 
 
307 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.77 
 
 
307 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.77 
 
 
307 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  45.42 
 
 
307 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  44 
 
 
286 aa  216  7e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.91 
 
 
290 aa  215  9e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  44.98 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  44.77 
 
 
291 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.65 
 
 
280 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  42.03 
 
 
299 aa  212  7e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  41.97 
 
 
295 aa  211  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3743  RNA polymerase factor sigma-32  43.17 
 
 
286 aa  209  5e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  44.04 
 
 
282 aa  209  6e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.91 
 
 
340 aa  209  7e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
285 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0102  RNA polymerase factor sigma-32  43.57 
 
 
285 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.911847  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.96 
 
 
285 aa  208  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3594  RNA polymerase factor sigma-32  44.07 
 
 
284 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215308  normal  0.0848762 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.28 
 
 
285 aa  208  2e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  41.3 
 
 
295 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  44.65 
 
 
288 aa  207  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.6 
 
 
300 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.94 
 
 
300 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.6 
 
 
300 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0210  RNA polymerase factor sigma-32  43.49 
 
 
288 aa  206  6e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.000000219279  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  43.17 
 
 
299 aa  206  6e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  44.98 
 
 
306 aa  206  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  40.15 
 
 
286 aa  205  9e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  44.28 
 
 
288 aa  205  9e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  44.28 
 
 
288 aa  205  1e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  42.75 
 
 
298 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  42.75 
 
 
298 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  41.18 
 
 
295 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2113  RNA polymerase factor sigma-32  43.12 
 
 
288 aa  204  2e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3874  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
285 aa  204  3e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.81201  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  41.52 
 
 
296 aa  203  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.34 
 
 
286 aa  204  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0278  RNA polymerase factor sigma-32  41.64 
 
 
285 aa  203  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000247348  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  42.34 
 
 
286 aa  204  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  41.24 
 
 
285 aa  203  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0096  RNA polymerase factor sigma-32  42.86 
 
 
285 aa  202  6e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.54 
 
 
301 aa  202  8e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  43.96 
 
 
281 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  44.32 
 
 
300 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  39.29 
 
 
285 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2991  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.7 
 
 
281 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.965699  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1935  RpoH  42.75 
 
 
287 aa  200  3e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  42.65 
 
 
298 aa  200  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  41.91 
 
 
285 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  42.59 
 
 
300 aa  200  3.9999999999999996e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03532  RNA polymerase sigma factor  41.76 
 
 
277 aa  199  7e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0276999  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4748  RNA polymerase factor sigma-32  40.79 
 
 
284 aa  199  9e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294089  normal  0.0445386 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  45.45 
 
 
283 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.33 
 
 
289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  41.24 
 
 
308 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  41.64 
 
 
284 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
284 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  41.18 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  39.71 
 
 
284 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  39.71 
 
 
284 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  42.21 
 
 
303 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.66 
 
 
287 aa  196  4.0000000000000005e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  41.18 
 
 
285 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  41.18 
 
 
285 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  41.18 
 
 
285 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  42.28 
 
 
299 aa  196  5.000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  40.15 
 
 
285 aa  196  6e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0430  RNA polymerase sigma-32 factor  40.07 
 
 
284 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  45.05 
 
 
286 aa  196  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2662  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.11 
 
 
285 aa  196  6e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148114 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  41.45 
 
 
286 aa  196  6e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5334  RNA polymerase factor sigma-32  40.07 
 
 
284 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.020248  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  41.83 
 
 
303 aa  196  8.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03310  RNA polymerase sigma factor  42.29 
 
 
284 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3861  RNA polymerase factor sigma-32  42.29 
 
 
284 aa  195  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  39.64 
 
 
284 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3744  RNA polymerase factor sigma-32  42.29 
 
 
284 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0255  RNA polymerase factor sigma-32  42.29 
 
 
284 aa  195  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  40.44 
 
 
285 aa  195  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3943  RNA polymerase factor sigma-32  42.29 
 
 
284 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  40.81 
 
 
285 aa  195  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>