More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_2211 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_2211  phytoene desaturase  100 
 
 
531 aa  1077    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.931782  normal  0.130578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3577  zeta-phytoene desaturase  64.17 
 
 
504 aa  626  1e-178  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0557125  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1712  phytoene desaturase  57.72 
 
 
504 aa  573  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.678565  normal  0.384259 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3185  zeta-phytoene desaturase  55.33 
 
 
492 aa  546  1e-154  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00134863  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1816  amine oxidase  54.16 
 
 
492 aa  525  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3134  amine oxidase  54.38 
 
 
492 aa  513  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.954476  normal  0.604257 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6445  phytoene dehydrogenase (phytoene desaturase)  52.64 
 
 
512 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.691802 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2970  phytoene desaturase  50.2 
 
 
493 aa  478  1e-133  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576965 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  49.29 
 
 
511 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  49.6 
 
 
511 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2843  phytoene desaturase  51.93 
 
 
507 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105114  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  48.99 
 
 
511 aa  458  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1699  phytoene desaturase  48.1 
 
 
511 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258971  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  49.9 
 
 
508 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  51.43 
 
 
508 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1619  phytoene dehydrogenase-related protein  50.61 
 
 
508 aa  448  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1585  zeta-phytoene desaturase  48.04 
 
 
492 aa  438  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1598  phytoene desaturase  49.7 
 
 
505 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02162  phytoene dehydrogenase  46.84 
 
 
537 aa  437  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0493  phytoene desaturase  48.5 
 
 
507 aa  437  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.145536  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2820  phytoene desaturase  48.2 
 
 
498 aa  434  1e-120  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0943  phytoene dehydrogenase-related protein  48.58 
 
 
495 aa  432  1e-120  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.988075 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3236  phytoene desaturase  49.2 
 
 
508 aa  429  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.689878  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3011  phytoene desaturase  49.8 
 
 
508 aa  431  1e-119  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.194152  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1000  phytoene desaturase  45.11 
 
 
549 aa  422  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2710  phytoene desaturase  43.96 
 
 
546 aa  418  9.999999999999999e-116  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.487747 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0143  amine oxidase  44.83 
 
 
519 aa  417  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3488  zeta-phytoene desaturase  43.97 
 
 
552 aa  416  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2155  phytoene dehydrogenase-related protein  43.47 
 
 
553 aa  409  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.774687  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1024  phytoene dehydrogenase-related protein  42.66 
 
 
518 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0271  phytoene dehydrogenase  42.71 
 
 
518 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1914  phytoene dehydrogenase-related protein  42.71 
 
 
518 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.603026 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3508  phytoene dehydrogenase  43.2 
 
 
524 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.691648  normal  0.885719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2029  phytoene desaturase  45.62 
 
 
496 aa  378  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0524  amine oxidase  41.59 
 
 
556 aa  371  1e-101  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.599626 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2268  phytoene desaturase  37.04 
 
 
497 aa  291  3e-77  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0845  amine oxidase  36.18 
 
 
492 aa  276  5e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2637  squalene synthase  30.63 
 
 
502 aa  267  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.359925  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2583  squalene synthase  30.63 
 
 
502 aa  267  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.063443  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  31.67 
 
 
494 aa  266  8e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2742  phytoene desaturase  31.85 
 
 
553 aa  251  2e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2704  phytoene desaturase  34.6 
 
 
498 aa  248  1e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3632  phytoene desaturase  32.36 
 
 
512 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.109765  normal  0.0371662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3745  phytoene desaturase  32.28 
 
 
512 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5031  phytoene desaturase  33.2 
 
 
509 aa  243  7e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3436  phytoene desaturase  32.28 
 
 
512 aa  243  7.999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5197  phytoene desaturase  33.86 
 
 
525 aa  238  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3573  phytoene desaturase  33.94 
 
 
509 aa  238  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3075  putative phytoene desaturase  35.33 
 
 
506 aa  238  3e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.873802  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2128  phytoene desaturase  31.62 
 
 
504 aa  231  2e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.423753  decreased coverage  0.0000406201 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1810  phytoene dehydrogenase family protein  25.05 
 
 
499 aa  231  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.149228  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4929  zeta-phytoene desaturase  32.77 
 
 
492 aa  229  1e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.258823  normal  0.799895 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1847  phytoene dehydrogenase-related protein  33 
 
 
503 aa  228  3e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26410  UDP-galactopyranose mutase  33.98 
 
 
507 aa  226  7e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.739873 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4439  phytoene dehydrogenase-related protein  32.14 
 
 
492 aa  226  8e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3441  phytoene desaturase  32.54 
 
 
530 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.826621  normal  0.0554878 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1578  phytoene dehydrogenase-related protein  31.98 
 
 
504 aa  222  9.999999999999999e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0475016 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3750  phytoene desaturase  32.27 
 
 
530 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3809  phytoene desaturase  34.76 
 
 
492 aa  219  7.999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1399  phytoene desaturase  34.76 
 
 
502 aa  219  1e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1001  phytoene desaturase  31.75 
 
 
527 aa  219  1e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.917372  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2740  phytoene desaturase  31.16 
 
 
518 aa  219  1e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1811  phytoene dehydrogenase-related protein  32.57 
 
 
502 aa  217  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000642179  normal  0.0141145 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2535  zeta-phytoene desaturase  32.24 
 
 
491 aa  218  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00482984  unclonable  0.000000000435247 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5075  amine oxidase  32.38 
 
 
512 aa  217  5e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5163  phytoene dehydrogenase-related protein  32.38 
 
 
512 aa  217  5e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.134146  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3228  Zeta-phytoene desaturase  32.24 
 
 
519 aa  215  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.285222  normal  0.0185992 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5454  phytoene dehydrogenase-related protein  32.38 
 
 
512 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1897  phytoene desaturase  31.63 
 
 
499 aa  213  4.9999999999999996e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.29228 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5128  zeta-phytoene desaturase  32.8 
 
 
506 aa  214  4.9999999999999996e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.146602 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3156  phytoene desaturase  31.42 
 
 
509 aa  212  1e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.205158  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1684  phytoene desaturase  31.1 
 
 
506 aa  211  2e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127101  normal  0.929667 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3637  phytoene desaturase  30.35 
 
 
530 aa  210  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.197726  normal  0.0326307 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00915  CrtI1  30.04 
 
 
488 aa  210  6e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185647  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  30.04 
 
 
490 aa  207  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5038  phytoene desaturase  30.96 
 
 
529 aa  207  5e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710499  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0116  phytoene dehydrogenase-related protein  28.51 
 
 
491 aa  206  1e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3827  phytoene desaturase  32.87 
 
 
489 aa  205  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.47122  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0470  phytoene desaturase  32.41 
 
 
496 aa  205  2e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.605444  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5960  phytoene desaturase  29.42 
 
 
490 aa  203  5e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2030  phytoene desaturase  27.86 
 
 
501 aa  203  8e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1387  amine oxidase  31.82 
 
 
503 aa  202  9.999999999999999e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.600466  hitchhiker  0.00651843 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2502  phytoene desaturase  31.87 
 
 
494 aa  201  3.9999999999999996e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000691138  hitchhiker  0.00865975 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1360  phytoene desaturase  29.86 
 
 
500 aa  198  2.0000000000000003e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.259348 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5620  phytoene desaturase  27.96 
 
 
497 aa  197  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.476172 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0609  zeta-phytoene desaturase  29.27 
 
 
495 aa  194  3e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.392694  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2373  phytoene desaturase  28.27 
 
 
519 aa  194  3e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.145608  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0057  phytoene dehydrogenase-related protein  24.24 
 
 
488 aa  189  1e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2983  phytoene desaturase  30.64 
 
 
495 aa  187  5e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00166806  normal  0.0111696 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  26.49 
 
 
493 aa  183  6e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3309  phytoene desaturase  30.66 
 
 
494 aa  181  4e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1606  phytoene desaturase  25.11 
 
 
511 aa  180  7e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000200105  unclonable  6.43078e-23 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2891  phytoene desaturase  31.74 
 
 
550 aa  175  1.9999999999999998e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.101189 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3491  phytoene desaturase  32.02 
 
 
551 aa  173  5.999999999999999e-42  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4005  FAD dependent oxidoreductase  28.9 
 
 
516 aa  173  9e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.665607  hitchhiker  0.00234507 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0796  phytoene desaturase  26.18 
 
 
475 aa  172  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04430  phytoene desaturase  30.39 
 
 
548 aa  171  4e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2545  phytoene desaturase  29.63 
 
 
536 aa  169  1e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.139145  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3760  FAD dependent oxidoreductase  28.52 
 
 
524 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00569391 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13830  phytoene desaturase  27.85 
 
 
552 aa  164  5.0000000000000005e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.000359632  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>