More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0997 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  598  1e-170  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 295 aa  142  9e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  35.12 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 314 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  139  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 329 aa  136  4e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.67 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 329 aa  135  7.000000000000001e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 310 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 311 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.33 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 		 321 aa  132  5e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 336 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 315 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 334 aa  129  7.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  34.01 
 
 		 321 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 307 aa  128  9.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  31.44 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  126  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 313 aa  125  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 320 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 432 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  27.45 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 327 aa  124  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  28.09 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  32 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 317 aa  122  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.81 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 322 aa  122  8e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  34.34 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  29.33 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 318 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 316 aa  119  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.44 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.28 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>