90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0063 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_0063  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
137 aa  272  1.0000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  59.52 
 
 
133 aa  124  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6836  transcriptional regulator, XRE family  53.33 
 
 
199 aa  120  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  55.37 
 
 
147 aa  110  9e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  46.34 
 
 
139 aa  104  5e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  48.76 
 
 
140 aa  100  9e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  43.09 
 
 
131 aa  92.4  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6461  transcriptional regulator, XRE family  62.16 
 
 
137 aa  90.1  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0579  transcriptional regulator, XRE family  53.62 
 
 
70 aa  77.8  0.00000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00759938  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6835  transcriptional regulator, XRE family  40.16 
 
 
144 aa  74.7  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1224  transcriptional regulator, XRE family  43.21 
 
 
79 aa  71.2  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0288237  hitchhiker  0.00260767 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1190  transcriptional regulator, XRE family  43.21 
 
 
79 aa  70.5  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0731  transcriptional regulator, XRE family  46.38 
 
 
70 aa  70.1  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.228536  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1091  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 
79 aa  68.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0677  transcriptional regulator, XRE family  46.38 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0570  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 
79 aa  69.3  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.532171 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2893  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 
70 aa  68.2  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0147391  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2822  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 
80 aa  65.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.161107  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6604  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 
126 aa  56.2  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.608837  normal  0.251603 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.45 
 
 
120 aa  53.9  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  48.33 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 
115 aa  52  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 
252 aa  51.6  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0039  PbsX family transcriptional regulator  39.29 
 
 
111 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.81047  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2780  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
152 aa  47  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0182016  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
95 aa  47  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 
191 aa  47  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 
105 aa  46.2  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 
191 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 
191 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 
191 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
204 aa  45.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  30.47 
 
 
300 aa  46.2  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1386  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
101 aa  45.8  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  33.75 
 
 
191 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
255 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
117 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 
97 aa  44.3  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
97 aa  44.7  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 
97 aa  44.7  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  35.29 
 
 
107 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1855  XRE family transcriptional regulator  32.22 
 
 
831 aa  44.3  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  32.88 
 
 
191 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  35.16 
 
 
234 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0650  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 
110 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
188 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 
192 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 
192 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 
192 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
204 aa  43.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 
374 aa  43.5  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  26.51 
 
 
142 aa  43.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
133 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 
128 aa  43.5  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 
78 aa  42.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 
192 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  31.43 
 
 
90 aa  42.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  29.31 
 
 
118 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  38.98 
 
 
107 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  38.98 
 
 
107 aa  42.4  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
193 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 
192 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 
190 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 
107 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 
505 aa  42.4  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
83 aa  41.6  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 
76 aa  42  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 
196 aa  41.6  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  25.2 
 
 
374 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
189 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 
135 aa  41.6  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0118  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 
81 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  34.33 
 
 
140 aa  41.2  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 
97 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2402  XRE family transcriptional regulator  37.63 
 
 
152 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314707  normal  0.620084 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  25.62 
 
 
112 aa  41.2  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1900  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 
104 aa  40.8  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.43236e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 
189 aa  40.8  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  30.84 
 
 
256 aa  40.8  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2097  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 
361 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.961796  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
132 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 
190 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0777  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 
83 aa  40.4  0.007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000109093  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0017  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 
134 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2125  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 
66 aa  40.4  0.009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 
193 aa  40.4  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 
69 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 
69 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
201 aa  40  0.01  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 
69 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>