285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_0003 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 382 aa  766    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  38.29 
 
 		 364 aa  256  6e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.94 
 
 		 364 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  40 
 
 		 364 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  38.85 
 
 		 365 aa  243  6e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  39.04 
 
 		 374 aa  233  3e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.94 
 
 		 369 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  37.8 
 
 		 365 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  37.26 
 
 		 370 aa  223  4e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.43 
 
 		 372 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.25 
 
 		 372 aa  217  2e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.92 
 
 		 372 aa  217  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.9 
 
 		 372 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  35.11 
 
 		 375 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  32.96 
 
 		 361 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  32.96 
 
 		 361 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  35.01 
 
 		 371 aa  212  7.999999999999999e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  35.01 
 
 		 370 aa  212  9e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  35.01 
 
 		 370 aa  212  9e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  34.27 
 
 		 375 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  34.45 
 
 		 373 aa  211  1e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  34.27 
 
 		 375 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  34.27 
 
 		 375 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  34.27 
 
 		 375 aa  211  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  34.27 
 
 		 375 aa  210  3e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  33.99 
 
 		 375 aa  210  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  33.99 
 
 		 375 aa  210  4e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  33.99 
 
 		 375 aa  210  4e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  33.99 
 
 		 375 aa  209  5e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  34.07 
 
 		 366 aa  209  8e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  34.74 
 
 		 368 aa  209  9e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  32.72 
 
 		 369 aa  207  2e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  34.12 
 
 		 372 aa  207  4e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.45 
 
 		 377 aa  206  6e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.69 
 
 		 373 aa  206  7e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.77 
 
 		 360 aa  204  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  32.22 
 
 		 362 aa  205  1e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  31.05 
 
 		 374 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  33.8 
 
 		 374 aa  196  5.000000000000001e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.09 
 
 		 376 aa  196  6e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  35.29 
 
 		 363 aa  196  7e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  33.8 
 
 		 374 aa  195  1e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  37.64 
 
 		 386 aa  192  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  32.63 
 
 		 375 aa  191  2e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.81 
 
 		 386 aa  189  5e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  36.9 
 
 		 399 aa  189  7e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  36.07 
 
 		 398 aa  187  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.79 
 
 		 363 aa  186  5e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  31.94 
 
 		 369 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.93 
 
 		 391 aa  184  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.41 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  36.72 
 
 		 377 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  34.64 
 
 		 371 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  36.21 
 
 		 401 aa  182  1e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  35.29 
 
 		 390 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  38.17 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  37.25 
 
 		 389 aa  181  2e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  36.8 
 
 		 380 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  36.8 
 
 		 380 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  36.8 
 
 		 380 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.11 
 
 		 380 aa  180  4e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31.88 
 
 		 359 aa  180  4e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.16 
 
 		 371 aa  179  4.999999999999999e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.74 
 
 		 362 aa  178  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.36 
 
 		 381 aa  177  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  30 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.09 
 
 		 414 aa  176  5e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  32.42 
 
 		 369 aa  176  7e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.38 
 
 		 399 aa  176  8e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  34.08 
 
 		 402 aa  176  8e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.51 
 
 		 397 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  34.89 
 
 		 401 aa  174  2.9999999999999996e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  32.15 
 
 		 365 aa  172  5.999999999999999e-42  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  32.4 
 
 		 371 aa  172  7.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  24.38 
 
 		 358 aa  172  1e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.29 
 
 		 397 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  31.77 
 
 		 414 aa  169  5e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  31.18 
 
 		 364 aa  169  6e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.84 
 
 		 370 aa  168  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.88 
 
 		 379 aa  167  4e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.28 
 
 		 358 aa  167  4e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.91 
 
 		 401 aa  166  8e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  36.78 
 
 		 377 aa  165  9e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.07 
 
 		 378 aa  165  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  28.77 
 
 		 373 aa  165  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  27.93 
 
 		 359 aa  163  5.0000000000000005e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  33.75 
 
 		 394 aa  163  6e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  29.89 
 
 		 367 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0003  recombination protein F  29.87 
 
 		 367 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000153172  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  28.38 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.62 
 
 		 370 aa  160  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 		 390 aa  160  4e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.61 
 
 		 367 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  33.8 
 
 		 376 aa  158  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  30.17 
 
 		 367 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  30.13 
 
 		 367 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  30.13 
 
 		 367 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  37.25 
 
 		 376 aa  158  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.84 
 
 		 360 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>