More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1713 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_1713  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  100 
 
 		 379 aa  780    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1963  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.85 
 
 		 375 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.333439  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1650  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.12 
 
 		 375 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1697  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.57 
 
 		 376 aa  395  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1285  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  53.97 
 
 		 374 aa  385  1e-106  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00745486  normal  0.0225207 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2640  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.84 
 
 		 376 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000831969  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2725  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.84 
 
 		 376 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.06 
 
 		 375 aa  382  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1568  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.58 
 
 		 376 aa  384  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0887  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.47 
 
 		 375 aa  379  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.848351  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00864  23S rRNA m(5)U747-methyltransferase  49.21 
 
 		 375 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0931  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.21 
 
 		 375 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2783  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  49.74 
 
 		 375 aa  377  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.720743  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2381  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.31 
 
 		 376 aa  375  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.624238  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1015  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.34 
 
 		 375 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00870  hypothetical protein  49.21 
 
 		 375 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1373  23S rRNA methyluridine methyltransferase  50.26 
 
 		 375 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0962  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.21 
 
 		 375 aa  374  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0919  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.08 
 
 		 375 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.983812  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1035  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.34 
 
 		 375 aa  373  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2737  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.21 
 
 		 375 aa  374  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  0.757831 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0955  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.21 
 
 		 376 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0987  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.08 
 
 		 375 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1016  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.08 
 
 		 375 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  50.65 
 
 		 379 aa  370  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3054  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.48 
 
 		 389 aa  367  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2472  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.41 
 
 		 375 aa  363  2e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112425  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0980  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.43 
 
 		 382 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1142  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.55 
 
 		 375 aa  362  8e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767516 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3496  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.04 
 
 		 390 aa  361  9e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0868  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.78 
 
 		 390 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1448  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.19 
 
 		 376 aa  360  3e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3619  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.04 
 
 		 390 aa  359  4e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.934094 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3424  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.04 
 
 		 390 aa  359  4e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0630  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.34 
 
 		 384 aa  358  8e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.43 
 
 		 384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3206  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.91 
 
 		 384 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0817  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.91 
 
 		 384 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000520531 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0801  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.76 
 
 		 379 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0579  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.07 
 
 		 377 aa  352  7e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2390  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.82 
 
 		 382 aa  352  8.999999999999999e-96  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.437044 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4319  23S rRNA methyluridine methyltransferase  50.13 
 
 		 372 aa  335  1e-90  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.255085 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3635  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.11 
 
 		 358 aa  330  3e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3299  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  46.52 
 
 		 411 aa  328  1.0000000000000001e-88  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03620  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.48 
 
 		 388 aa  298  1e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21720  23S rRNA methyluridine methyltransferase  44.91 
 
 		 403 aa  266  5e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14750  23S rRNA methyluridine methyltransferase  39.69 
 
 		 413 aa  263  3e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.247567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  30.81 
 
 		 485 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  31.3 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  31.16 
 
 		 470 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  29.77 
 
 		 495 aa  169  8e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  30.61 
 
 		 493 aa  162  6e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  31.65 
 
 		 465 aa  157  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2309  RNA methyltransferase  29.74 
 
 		 493 aa  157  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.12141  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  30.1 
 
 		 447 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2332  RNA methyltransferase, TrmA family  27.91 
 
 		 478 aa  156  7e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.45026 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  30.18 
 
 		 572 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  31.63 
 
 		 479 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.88 
 
 		 455 aa  148  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  27.46 
 
 		 460 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  27.49 
 
 		 451 aa  146  6e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  27.96 
 
 		 448 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  27.3 
 
 		 458 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2558  RNA methyltransferase, TrmA family  27.46 
 
 		 480 aa  143  4e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  27.08 
 
 		 457 aa  143  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  28.75 
 
 		 452 aa  142  7e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2028  23S rRNA methyltransferase/RumA  30.3 
 
 		 477 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  27.79 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  28.5 
 
 		 488 aa  140  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  26.11 
 
 		 459 aa  139  7e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.99 
 
 		 459 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  26.99 
 
 		 459 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  26.99 
 
 		 459 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.99 
 
 		 459 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.99 
 
 		 459 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1435  RNA methyltransferase  26.3 
 
 		 456 aa  138  1e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  27.44 
 
 		 459 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  27.86 
 
 		 472 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  27.84 
 
 		 457 aa  135  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  28.15 
 
 		 488 aa  136  8e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  26.54 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  26.54 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  25.57 
 
 		 453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  25.57 
 
 		 453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1095  RNA methyltransferase  30.22 
 
 		 465 aa  134  3e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.31205 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  26.54 
 
 		 459 aa  134  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2557  RNA methyltransferase, TrmA family  28.75 
 
 		 466 aa  133  5e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  30.33 
 
 		 471 aa  133  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2126  23S rRNA methyltransferase  28.26 
 
 		 476 aa  133  6e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.965938  normal  0.654469 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1688  RNA methyltransferase, TrmA family  26.38 
 
 		 476 aa  132  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.618499 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  29.31 
 
 		 462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  25.71 
 
 		 468 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3305  RNA methyltransferase, TrmA family  27.53 
 
 		 460 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0391  RNA methyltransferase, TrmA family  28.88 
 
 		 457 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4802  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.27 
 
 		 485 aa  130  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.810738  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  24.13 
 
 		 458 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  24.13 
 
 		 458 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  24.61 
 
 		 459 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2737  RNA methyltransferase  27.65 
 
 		 476 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  24.41 
 
 		 453 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>