More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1004 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_1004  alanine racemase  100 
 
 		 378 aa  770    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.931017  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  47.29 
 
 		 358 aa  326  3e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  47.01 
 
 		 358 aa  322  8e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  46 
 
 		 358 aa  316  3e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0652  alanine racemase  46.74 
 
 		 364 aa  315  7e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0588  alanine racemase  48.15 
 
 		 365 aa  315  8e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0886157  hitchhiker  9.74231e-17 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  47.14 
 
 		 358 aa  315  9e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  48.32 
 
 		 357 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  48.04 
 
 		 357 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  48 
 
 		 357 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  46.29 
 
 		 358 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  47.01 
 
 		 358 aa  311  1e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  46.29 
 
 		 358 aa  311  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  44.29 
 
 		 358 aa  311  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  45.87 
 
 		 358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  47.43 
 
 		 358 aa  309  4e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  47.77 
 
 		 357 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  46.72 
 
 		 358 aa  309  5e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  49.17 
 
 		 361 aa  309  6.999999999999999e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  46 
 
 		 358 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  47.84 
 
 		 361 aa  308  8e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  44.79 
 
 		 364 aa  308  9e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  46 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  46 
 
 		 358 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  45.82 
 
 		 375 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  47.18 
 
 		 362 aa  306  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  46.11 
 
 		 366 aa  307  3e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  43.9 
 
 		 372 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  46.15 
 
 		 358 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  44.92 
 
 		 361 aa  303  4.0000000000000003e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  46.2 
 
 		 357 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  46.29 
 
 		 358 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  44.69 
 
 		 365 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  45.61 
 
 		 358 aa  301  9e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  46.57 
 
 		 361 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  44.44 
 
 		 358 aa  298  8e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0224  alanine racemase region  46.02 
 
 		 356 aa  298  1e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  46.84 
 
 		 357 aa  295  6e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  45.28 
 
 		 357 aa  296  6e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  42.94 
 
 		 363 aa  296  6e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  40.5 
 
 		 364 aa  295  1e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  40.5 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  43.54 
 
 		 359 aa  293  5e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  44.97 
 
 		 367 aa  292  8e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03925  alanine racemase  43.26 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  43.26 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  43.26 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0257  alanine racemase  42.54 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  43.26 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4542  alanine racemase  43.26 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03885  hypothetical protein  43.26 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182053  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  43.26 
 
 		 359 aa  290  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0708  alanine racemase  45.51 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  43.98 
 
 		 368 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4504  alanine racemase  42.54 
 
 		 359 aa  288  8e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4589  alanine racemase  42.54 
 
 		 359 aa  288  8e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4495  alanine racemase  42.54 
 
 		 359 aa  288  8e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.182607  normal  0.0659463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4641  alanine racemase  42.54 
 
 		 359 aa  288  8e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.291614 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  42.98 
 
 		 359 aa  288  9e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4590  alanine racemase  42.54 
 
 		 359 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  43.66 
 
 		 357 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  42.61 
 
 		 359 aa  285  1.0000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  45.94 
 
 		 364 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3854  alanine racemase  42.82 
 
 		 359 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00269497  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  45.89 
 
 		 367 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  45.25 
 
 		 366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3764  alanine racemase  42.82 
 
 		 359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118138  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1734  alanine racemase  45.98 
 
 		 359 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229212  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0754  alanine racemase  42.53 
 
 		 359 aa  283  4.0000000000000003e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000492133  normal  0.112637 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3499  alanine racemase  43.47 
 
 		 360 aa  281  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0445  alanine racemase  44.79 
 
 		 355 aa  281  9e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0740  alanine racemase  45.09 
 
 		 358 aa  278  1e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3637  alanine racemase  43.52 
 
 		 359 aa  277  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  39.22 
 
 		 357 aa  276  4e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0939  alanine racemase  42.61 
 
 		 359 aa  274  1.0000000000000001e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  38.94 
 
 		 357 aa  274  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  43.89 
 
 		 357 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1930  alanine racemase  42.82 
 
 		 367 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1940  alanine racemase  43.3 
 
 		 356 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466995  normal  0.712057 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1986  alanine racemase region  45.61 
 
 		 370 aa  272  7e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0131  alanine racemase  44.75 
 
 		 365 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2071  alanine racemase  43.02 
 
 		 356 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5348  alanine racemase  42.74 
 
 		 356 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3562  alanine racemase  43.54 
 
 		 367 aa  268  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  44.38 
 
 		 362 aa  267  2.9999999999999995e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  44.26 
 
 		 369 aa  266  4e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0193  alanine racemase  44.32 
 
 		 364 aa  266  5e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.326654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0229  alanine racemase  44.17 
 
 		 366 aa  265  7e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1310  alanine racemase  41.73 
 
 		 374 aa  265  7e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.183193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  40.69 
 
 		 356 aa  265  1e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1238  alanine racemase  42.17 
 
 		 356 aa  263  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.40001  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1660  alanine racemase  44.44 
 
 		 356 aa  261  1e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377716  normal  0.0463479 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2058  alanine racemase  42.17 
 
 		 356 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0773108  normal  0.717767 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  43.91 
 
 		 356 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  43.91 
 
 		 356 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2603  alanine racemase  43.91 
 
 		 356 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.139768  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  43.91 
 
 		 356 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  43.91 
 
 		 356 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  43.91 
 
 		 356 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2039  alanine racemase  42.17 
 
 		 356 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>