123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_0614 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 401 aa  827    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  40 
 
 		 413 aa  170  4e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1576  type I restriction-modification system, S subunit  39.92 
 
 		 399 aa  159  7e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200835  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  30.89 
 
 		 395 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3569  restriction modification system DNA specificity domain  32.33 
 
 		 395 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0185936  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  37.3 
 
 		 363 aa  136  8e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  30.18 
 
 		 387 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  30.18 
 
 		 390 aa  116  6.9999999999999995e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.59 
 
 		 419 aa  113  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  35.43 
 
 		 576 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  23.01 
 
 		 495 aa  103  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  24.74 
 
 		 453 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  26.85 
 
 		 400 aa  101  3e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  32.5 
 
 		 577 aa  95.1  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  25.26 
 
 		 236 aa  94  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.07 
 
 		 406 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  26.6 
 
 		 393 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.76 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  25.63 
 
 		 439 aa  80.5  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  22.41 
 
 		 402 aa  79.7  0.00000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.89 
 
 		 456 aa  77.4  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  24.38 
 
 		 425 aa  76.6  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  24.46 
 
 		 425 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  26.13 
 
 		 364 aa  75.5  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.08 
 
 		 400 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  26.02 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.59 
 
 		 495 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 		 426 aa  70.1  0.00000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.74 
 
 		 438 aa  68.6  0.0000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.49 
 
 		 439 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  23.92 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  27.13 
 
 		 492 aa  64.7  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  22.7 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  21.02 
 
 		 587 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  22.07 
 
 		 479 aa  62  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  22.82 
 
 		 442 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.22 
 
 		 556 aa  62  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  22.04 
 
 		 428 aa  60.8  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  23.38 
 
 		 460 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  19.82 
 
 		 385 aa  59.3  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.97 
 
 		 464 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.13 
 
 		 392 aa  58.2  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  27.34 
 
 		 563 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  27.34 
 
 		 561 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.96 
 
 		 442 aa  57.8  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  23.08 
 
 		 364 aa  57.8  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  23.88 
 
 		 422 aa  57.4  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  21.23 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.45 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.45 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1500  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.18 
 
 		 398 aa  56.2  0.0000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.100633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.22 
 
 		 464 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.27 
 
 		 459 aa  55.8  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  37.23 
 
 		 477 aa  55.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.92 
 
 		 442 aa  55.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  24.75 
 
 		 456 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0080  restriction modification system DNA specificity subunit  20.99 
 
 		 392 aa  54.3  0.000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2740  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  29.25 
 
 		 162 aa  53.5  0.000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0987272  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  28.5 
 
 		 416 aa  53.5  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  21.88 
 
 		 404 aa  53.5  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 		 616 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  22.95 
 
 		 469 aa  53.5  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  23.34 
 
 		 387 aa  53.1  0.000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.9 
 
 		 528 aa  53.1  0.000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  26.37 
 
 		 429 aa  53.1  0.000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 420 aa  52.8  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  25.98 
 
 		 397 aa  52.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  26 
 
 		 432 aa  52.8  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  24.23 
 
 		 589 aa  52.4  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.24 
 
 		 237 aa  52.8  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  20.63 
 
 		 411 aa  52.8  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 493 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  24.48 
 
 		 590 aa  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.89 
 
 		 390 aa  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  26.73 
 
 		 427 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  28.24 
 
 		 501 aa  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.18 
 
 		 408 aa  51.2  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  21.22 
 
 		 453 aa  50.8  0.00004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.79 
 
 		 520 aa  51.2  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  23.24 
 
 		 456 aa  50.4  0.00005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  22.07 
 
 		 386 aa  50.4  0.00006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  21.64 
 
 		 547 aa  49.7  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.67 
 
 		 443 aa  49.7  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  23.13 
 
 		 417 aa  49.3  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  21.27 
 
 		 399 aa  48.9  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  22.51 
 
 		 612 aa  49.3  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.8 
 
 		 477 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.92 
 
 		 565 aa  49.3  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2033  N-6 DNA methylase  22.88 
 
 		 775 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.599209  normal  0.628554 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.57 
 
 		 401 aa  48.9  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  19.22 
 
 		 392 aa  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  23.28 
 
 		 419 aa  47.8  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  31.63 
 
 		 532 aa  47.4  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  20.14 
 
 		 444 aa  47.4  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  25.52 
 
 		 401 aa  47.4  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  21.48 
 
 		 429 aa  47.4  0.0004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3081  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.06 
 
 		 415 aa  47.4  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.758933 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  24 
 
 		 388 aa  47.4  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  23.32 
 
 		 405 aa  47.4  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>