More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hmuk_0515 on replicon NC_013202
Organism: Halomicrobium mukohataei DSM 12286



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  89.64 
 
 
521 aa  970    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  88.34 
 
 
526 aa  954    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  63.17 
 
 
531 aa  657    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  86.97 
 
 
524 aa  945    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  63.52 
 
 
542 aa  657    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  64.82 
 
 
496 aa  682    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  90.21 
 
 
521 aa  967    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  100 
 
 
520 aa  1067    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  59.12 
 
 
518 aa  625  1e-178  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  58.19 
 
 
522 aa  626  1e-178  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  59.8 
 
 
513 aa  622  1e-177  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  59.8 
 
 
513 aa  622  1e-177  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  57.25 
 
 
516 aa  606  9.999999999999999e-173  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  57.82 
 
 
503 aa  605  9.999999999999999e-173  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  51.28 
 
 
510 aa  509  1e-143  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  51.42 
 
 
499 aa  509  1e-143  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  52.6 
 
 
499 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  50.5 
 
 
499 aa  505  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  52.81 
 
 
499 aa  508  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.78 
 
 
1124 aa  469  1.0000000000000001e-131  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.85 
 
 
1124 aa  465  1e-129  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  43.76 
 
 
1130 aa  438  9.999999999999999e-123  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  42.88 
 
 
1201 aa  431  1e-119  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  44.81 
 
 
1127 aa  426  1e-118  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  44.49 
 
 
1127 aa  423  1e-117  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  43.97 
 
 
1127 aa  416  9.999999999999999e-116  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  44.12 
 
 
1127 aa  418  9.999999999999999e-116  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  44.4 
 
 
1115 aa  411  1e-113  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  42.06 
 
 
1131 aa  403  1e-111  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  35.23 
 
 
1174 aa  289  7e-77  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  30.87 
 
 
1252 aa  254  2.0000000000000002e-66  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  30.98 
 
 
1232 aa  248  2e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  31.75 
 
 
1212 aa  244  3e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  29.85 
 
 
1155 aa  235  2.0000000000000002e-60  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  29.27 
 
 
1146 aa  232  1e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  30.83 
 
 
1211 aa  230  6e-59  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  29.79 
 
 
1129 aa  211  2e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  28.79 
 
 
1193 aa  206  6e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  28.14 
 
 
1225 aa  204  3e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.73 
 
 
1090 aa  120  7e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.76 
 
 
1145 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.7 
 
 
1227 aa  114  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04361  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.8 
 
 
1097 aa  113  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.15 
 
 
1115 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.85 
 
 
1096 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.95 
 
 
1097 aa  111  3e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.64 
 
 
1095 aa  110  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18861  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.64 
 
 
1095 aa  111  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.816976  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.96 
 
 
1097 aa  110  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.83 
 
 
1141 aa  110  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.95 
 
 
1097 aa  110  7.000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16761  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.96 
 
 
1097 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.79 
 
 
1169 aa  108  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0714  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25 
 
 
1178 aa  108  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0122097  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  23.83 
 
 
1126 aa  108  3e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16651  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.96 
 
 
1097 aa  108  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16891  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.69 
 
 
1097 aa  108  3e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3155  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.29 
 
 
1169 aa  107  6e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.268483 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.21 
 
 
1217 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.97 
 
 
1183 aa  104  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.78 
 
 
1100 aa  104  4e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1705  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.77 
 
 
1124 aa  103  6e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.45 
 
 
1141 aa  103  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19910  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.74 
 
 
1185 aa  103  8e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.168959  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.55 
 
 
1149 aa  101  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1265  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.86 
 
 
1229 aa  101  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  24.45 
 
 
1107 aa  101  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3933  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.53 
 
 
1143 aa  101  4e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.854688  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.55 
 
 
1178 aa  100  6e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000134486  normal  0.250195 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.73 
 
 
1387 aa  100  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3839  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.95 
 
 
1374 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353736  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2667  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  22.47 
 
 
1168 aa  99.8  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.06 
 
 
1141 aa  99.8  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.03 
 
 
1379 aa  99  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.94 
 
 
1358 aa  98.2  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1205  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.95 
 
 
1377 aa  98.2  3e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.130962  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.95 
 
 
1377 aa  98.2  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1947  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.95 
 
 
1377 aa  98.2  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1778  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.76 
 
 
1103 aa  98.6  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  24.33 
 
 
1147 aa  98.2  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29830  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.7 
 
 
1170 aa  98.6  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.896013 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1751  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.76 
 
 
1103 aa  98.6  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  24.01 
 
 
1165 aa  98.6  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.89 
 
 
1143 aa  98.2  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0680  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.78 
 
 
1171 aa  97.4  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.87 
 
 
1141 aa  97.4  5e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3868  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.84 
 
 
1376 aa  97.4  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0444407 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.38 
 
 
1185 aa  97.4  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000686573  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1079  DNA-directed RNA polymerase  24.47 
 
 
1155 aa  97.4  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.715503  normal  0.276189 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  23.83 
 
 
1231 aa  97.4  6e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5116  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  24.44 
 
 
1155 aa  97.4  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.303948 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2707  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.68 
 
 
1227 aa  97.1  6e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.608751  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0046  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.73 
 
 
1366 aa  97.4  6e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148262  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0917  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.24 
 
 
1158 aa  97.1  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.456862 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.7 
 
 
1117 aa  97.1  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.33 
 
 
1375 aa  96.7  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.16 
 
 
1403 aa  97.1  8e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.33 
 
 
1376 aa  97.1  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0821  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  24.31 
 
 
1125 aa  97.1  8e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.264809 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4386  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.33 
 
 
1376 aa  97.1  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.282768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>