20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_0085 on replicon NC_012029
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012029  Hlac_0085  rhodopsin  100 
 
 
254 aa  483  1e-135  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2680  rhodopsin  35.1 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.452859 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0448  rhodopsin  35.68 
 
 
238 aa  130  3e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.937786  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3441  rhodopsin  31.7 
 
 
233 aa  108  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000429167 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2037  rhodopsin  34.96 
 
 
239 aa  102  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3927  rhodopsin  30.8 
 
 
264 aa  92  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0537  rhodopsin  30.16 
 
 
252 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.326912  normal  0.015487 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1283  rhodopsin  30.77 
 
 
255 aa  81.3  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3663  rhodopsin  30.74 
 
 
259 aa  79.7  0.00000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0315  rhodopsin  27.93 
 
 
251 aa  72  0.000000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0839724  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1057  rhodopsin  31.53 
 
 
273 aa  71.6  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.307304  normal  0.254296 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0574  rhodopsin  30.71 
 
 
291 aa  61.2  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0479446  normal  0.765702 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2582  rhodopsin  27.75 
 
 
279 aa  59.3  0.00000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0874  rhodopsin  23.4 
 
 
233 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000448846 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1795  rhodopsin  31.02 
 
 
312 aa  52.4  0.000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.523347 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03361  putative bacteriorhodopsin /opsin, nopA (Eurofung)  26.87 
 
 
352 aa  51.6  0.00001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.553443  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02160  hypothetical protein  28.24 
 
 
304 aa  50.8  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1643  rhodopsin  25.42 
 
 
250 aa  50.4  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133593  normal 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00350  opsin 1, putative  23.98 
 
 
328 aa  47.4  0.0003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.534586  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2879  rhodopsin  27.91 
 
 
247 aa  43.1  0.005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>